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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ABHD8_chr19_17287131_17308425	17289592	G G	T T	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG01109.hp2 HG01109.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0005 a0001c0001t0005	a0001c0001t0005g0089 a0001c0001t0005g0089	1	386	0.0026	0	c.30 others(5): Show c.3069C>A	ABHD8	ENSG00000127220.6	transcript	ENST00000247706.4	protein_coding	2539	chr19	TogoVar
ABHD8_chr19_17287131_17308425	17289593	G G	T T	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG01081.hp1 HG01081.hp2 HG01255.hp2 others(8): Show HG01081.hp1 HG01081.hp2 HG01255.hp2 HG01256.hp1 HG01258.hp2 HG01346.hp2 HG01361.hp2 HG01934.hp2 HG02300.hp1 NA19063.hp1 NA19085.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0013 a0001c0001t0001g0014 others(3): Show a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0013 a0001c0001t0001g0014 a0001c0001t0001g0245 a0001c0001t0001g0253 a0001c0001t0001g0254	11	386	0.0285	0	c.30 others(5): Show c.3068C>A	ABHD8	ENSG00000127220.6	transcript	ENST00000247706.4	protein_coding	2538	chr19	TogoVar
ABHD8_chr19_17287131_17308425	17289644	A A	G G	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00140.hp1 HG00140.hp2 HG00280.hp1 others(75): Show HG00140.hp1 HG00140.hp2 HG00280.hp1 HG00673.hp2 HG00733.hp1 HG00741.hp1 HG00741.hp2 HG01070.hp1 HG01099.hp2 HG01109.hp1 HG01167.hp2 HG01168.hp1 HG01168.hp2 HG01169.hp1 HG01175.hp2 HG01192.hp2 HG01358.hp1 HG01978.hp2 HG02027.hp2 HG02074.hp2 HG02083.hp1 HG02135.hp1 HG02155.hp2 HG02165.hp2 HG02257.hp2 HG02300.hp2 HG02486.hp1 HG02523.hp1 HG02559.hp1 HG02683.hp2 HG02698.hp1 HG02717.hp1 HG02717.hp2 HG02723.hp2 HG02735.hp1 HG02738.hp2 HG03130.hp1 HG03516.hp1 HG03654.hp1 HG03710.hp1 HG03710.hp2 HG03942.hp1 HG04115.hp2 HG04184.hp1 HG04204.hp1 HG04204.hp2 HG04228.hp1 HG04228.hp2 NA18940.hp2 NA18952.hp1 NA18952.hp2 NA18953.hp1 NA18959.hp2 NA18961.hp1 NA18961.hp2 NA18963.hp1 NA18964.hp2 NA18969.hp2 NA18970.hp2 NA18971.hp2 NA18979.hp1 NA18981.hp1 NA18985.hp2 NA18994.hp2 NA18997.hp1 NA19058.hp1 NA19062.hp2 NA19065.hp1 NA19076.hp1 NA19077.hp2 NA19079.hp1 NA19081.hp1 NA19084.hp2 NA19088.hp1 NA20129.hp2 NA20752.hp1 NA20752.hp2 NA20905.hp1	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0001c0003 a0002c0002 a0001c0001 a0001c0003 a0002c0002	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0006 others(4): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0006 a0001c0003t0001 a0001c0003t0003 a0001c0003t0007 a0002c0002t0002	a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0012 a0001c0001t0001g0027 others(58): Show a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0012 a0001c0001t0001g0027 a0001c0001t0001g0028 a0001c0001t0001g0030 a0001c0001t0001g0031 a0001c0001t0001g0190 a0001c0001t0001g0199 a0001c0001t0001g0215 a0001c0001t0001g0234 a0001c0001t0001g0235 a0001c0001t0001g0236 a0001c0001t0001g0237 a0001c0001t0001g0286 a0001c0001t0002g0138 a0001c0001t0006g0290 a0001c0003t0001g0189 a0001c0003t0003g0003 a0001c0003t0003g0008 a0001c0003t0003g0018 a0001c0003t0003g0038 a0001c0003t0003g0040 a0001c0003t0003g0041 a0001c0003t0003g0042 a0001c0003t0003g0043 a0001c0003t0003g0045 a0001c0003t0003g0046 a0001c0003t0003g0047 a0001c0003t0003g0050 a0001c0003t0003g0051 a0001c0003t0003g0052 a0001c0003t0003g0053 a0001c0003t0003g0054 a0001c0003t0003g0055 a0001c0003t0003g0057 a0001c0003t0003g0059 a0001c0003t0003g0060 a0001c0003t0003g0061 a0001c0003t0003g0062 a0001c0003t0003g0063 a0001c0003t0003g0066 a0001c0003t0003g0067 a0001c0003t0003g0069 a0001c0003t0003g0070 a0001c0003t0003g0071 a0001c0003t0003g0073 a0001c0003t0003g0077 a0001c0003t0003g0081 a0001c0003t0003g0083 a0001c0003t0003g0084 a0001c0003t0003g0085 a0001c0003t0007g0039 a0001c0003t0007g0048 a0001c0003t0007g0049 a0001c0003t0007g0056 a0001c0003t0007g0058 a0001c0003t0007g0068 a0001c0003t0007g0078 a0001c0003t0007g0079 a0001c0003t0007g0080 a0002c0002t0002g0177	78	386	0.2021	0	c.30 others(5): Show c.3017T>C	ABHD8	ENSG00000127220.6	transcript	ENST00000247706.4	protein_coding	2487	chr19	TogoVar
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ABHD8_chr19_17287131_17308425	17289956	T T	C C	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00099.hp2 HG00280.hp2 HG00323.hp1 others(41): Show HG00099.hp2 HG00280.hp2 HG00323.hp1 HG00639.hp2 HG00642.hp2 HG00738.hp1 HG01123.hp2 HG01167.hp1 HG01169.hp2 HG01243.hp1 HG01257.hp1 HG01258.hp1 HG01981.hp2 HG02145.hp1 HG02145.hp2 HG02293.hp2 HG02451.hp2 HG02486.hp2 HG02559.hp2 HG02630.hp1 HG02630.hp2 HG02735.hp2 HG02896.hp2 HG02897.hp2 HG02970.hp2 HG02976.hp2 HG03017.hp2 HG03041.hp1 HG03139.hp1 HG03225.hp1 HG03239.hp1 HG03453.hp1 HG03453.hp2 HG03834.hp2 HG03942.hp2 HG04184.hp2 HG06807.hp1 HG06807.hp2 NA18522.hp1 NA18522.hp2 NA18906.hp2 NA19240.hp1 NA19240.hp2 NA20805.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004 others(1): Show a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004 a0001c0012	a0001c0001t0004 a0001c0001t0008 a0001c0001t0012 others(6): Show a0001c0001t0004 a0001c0001t0008 a0001c0001t0012 a0001c0001t0013 a0001c0001t0016 a0001c0003t0010 a0001c0004t0009 a0001c0004t0018 a0001c0012t0011	a0001c0001t0004g0021 a0001c0001t0004g0023 a0001c0001t0004g0024 others(36): Show a0001c0001t0004g0021 a0001c0001t0004g0023 a0001c0001t0004g0024 a0001c0001t0004g0086 a0001c0001t0004g0097 a0001c0001t0004g0122 a0001c0001t0004g0130 a0001c0001t0004g0132 a0001c0001t0004g0133 a0001c0001t0004g0134 a0001c0001t0004g0135 a0001c0001t0004g0136 a0001c0001t0004g0140 a0001c0001t0004g0141 a0001c0001t0004g0142 a0001c0001t0004g0143 a0001c0001t0004g0144 a0001c0001t0004g0146 a0001c0001t0004g0147 a0001c0001t0004g0148 a0001c0001t0004g0149 a0001c0001t0004g0150 a0001c0001t0004g0166 a0001c0001t0004g0168 a0001c0001t0004g0169 a0001c0001t0004g0170 a0001c0001t0004g0180 a0001c0001t0008g0009 a0001c0001t0008g0185 a0001c0001t0008g0186 a0001c0001t0008g0187 a0001c0001t0012g0145 a0001c0001t0013g0137 a0001c0001t0016g0188 a0001c0003t0010g0075 a0001c0004t0009g0292 a0001c0004t0009g0294 a0001c0004t0018g0293 a0001c0012t0011g0082	44	386	0.1140	0	c.27 others(5): Show c.2705A>G	ABHD8	ENSG00000127220.6	transcript	ENST00000247706.4	protein_coding	2175	chr19	TogoVar
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