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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ABL2_chr1_179094330_179234677	179097239	G G	A A	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG01069.hp1 HG01891.hp2 HG02723.hp1 others(2): Show HG01069.hp1 HG01891.hp2 HG02723.hp1 HG02809.hp1 HG03516.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0021 a0001c0001t0098 a0001c0001t0021 a0001c0001t0098	a0001c0001t0021g0307 a0001c0001t0021g0309 a0001c0001t0021g0310 others(2): Show a0001c0001t0021g0307 a0001c0001t0021g0309 a0001c0001t0021g0310 a0001c0001t0021g0311 a0001c0001t0098g0308	5	350	0.0143	0	c.10 others(6): Show c.10479C>T	ABL2	ENSG00000143322.22	transcript	ENST00000502732.6	protein_coding	2091	chr1	TogoVar
ABL2_chr1_179094330_179234677	179097430	C C	T T	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG03239.hp1 HG03239.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0014 a0001c0001t0014	a0001c0001t0014g0116 a0001c0001t0014g0116	1	350	0.0029	0	c.10 others(6): Show c.10288G>A	ABL2	ENSG00000143322.22	transcript	ENST00000502732.6	protein_coding	1900	chr1	TogoVar
ABL2_chr1_179094330_179234677	179097484	C C	G G	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	NA19043.hp1 NA19043.hp1	a0001 a0001	a0001c0002 a0001c0002	a0001c0002t0095 a0001c0002t0095	a0001c0002t0095g0265 a0001c0002t0095g0265	1	350	0.0029	0	c.10 others(6): Show c.10234G>C	ABL2	ENSG00000143322.22	transcript	ENST00000502732.6	protein_coding	1846	chr1	TogoVar
ABL2_chr1_179094330_179234677	179097526	T T	C C	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG02451.hp2 HG02630.hp1 HG02451.hp2 HG02630.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0096 a0001c0001t0097 a0001c0001t0096 a0001c0001t0097	a0001c0001t0096g0306 a0001c0001t0097g0304 a0001c0001t0096g0306 a0001c0001t0097g0304	2	350	0.0057	0	c.10 others(6): Show c.10192A>G	ABL2	ENSG00000143322.22	transcript	ENST00000502732.6	protein_coding	1804	chr1	TogoVar
ABL2_chr1_179094330_179234677	179097764	A A	G G	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG01069.hp1 HG01891.hp2 HG02723.hp1 others(2): Show HG01069.hp1 HG01891.hp2 HG02723.hp1 HG02809.hp1 HG03516.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0021 a0001c0001t0098 a0001c0001t0021 a0001c0001t0098	a0001c0001t0021g0307 a0001c0001t0021g0309 a0001c0001t0021g0310 others(2): Show a0001c0001t0021g0307 a0001c0001t0021g0309 a0001c0001t0021g0310 a0001c0001t0021g0311 a0001c0001t0098g0308	5	350	0.0143	0	c.99 others(5): Show c.9954T>C	ABL2	ENSG00000143322.22	transcript	ENST00000502732.6	protein_coding	1566	chr1	TogoVar
ABL2_chr1_179094330_179234677	179097772	T T	G G	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00140.hp1 HG00544.hp2 HG00639.hp1 others(16): Show HG00140.hp1 HG00544.hp2 HG00639.hp1 HG00733.hp2 HG01070.hp2 HG01175.hp2 HG01433.hp1 HG01515.hp2 HG02015.hp1 HG02135.hp2 HG06807.hp1 NA18942.hp2 NA18950.hp1 NA18951.hp1 NA18975.hp2 NA19000.hp1 NA19004.hp1 NA19043.hp1 NA19064.hp2	a0001 a0001	a0001c0002 a0001c0002	a0001c0002t0010 a0001c0002t0017 a0001c0002t0044 others(5): Show a0001c0002t0010 a0001c0002t0017 a0001c0002t0044 a0001c0002t0093 a0001c0002t0094 a0001c0002t0095 a0001c0002t0100 a0001c0002t0101	a0001c0002t0010g0254 a0001c0002t0010g0256 a0001c0002t0010g0258 others(16): Show a0001c0002t0010g0254 a0001c0002t0010g0256 a0001c0002t0010g0258 a0001c0002t0010g0261 a0001c0002t0010g0262 a0001c0002t0010g0266 a0001c0002t0010g0267 a0001c0002t0017g0257 a0001c0002t0017g0268 a0001c0002t0017g0269 a0001c0002t0017g0272 a0001c0002t0017g0273 a0001c0002t0044g0264 a0001c0002t0044g0271 a0001c0002t0093g0274 a0001c0002t0094g0255 a0001c0002t0095g0265 a0001c0002t0100g0270 a0001c0002t0101g0263	19	350	0.0543	0	c.99 others(5): Show c.9946A>C	ABL2	ENSG00000143322.22	transcript	ENST00000502732.6	protein_coding	1558	chr1	TogoVar
ABL2_chr1_179094330_179234677	179097924	C C	T T	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	NA18975.hp2 NA18975.hp2	a0001 a0001	a0001c0002 a0001c0002	a0001c0002t0044 a0001c0002t0044	a0001c0002t0044g0264 a0001c0002t0044g0264	1	350	0.0029	0	c.97 others(5): Show c.9794G>A	ABL2	ENSG00000143322.22	transcript	ENST00000502732.6	protein_coding	1406	chr1	TogoVar
ABL2_chr1_179094330_179234677	179097936	C C	A A	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00140.hp2 HG00280.hp1 others(184): Show HG00099.hp1 HG00140.hp2 HG00280.hp1 HG00408.hp2 HG00438.hp1 HG00438.hp2 HG00544.hp1 HG00558.hp1 HG00597.hp1 HG00621.hp2 HG00673.hp1 HG00733.hp1 HG00735.hp1 HG00735.hp2 HG00741.hp2 HG01081.hp1 HG01081.hp2 HG01099.hp1 HG01099.hp2 HG01109.hp1 HG01167.hp2 HG01168.hp1 HG01168.hp2 HG01169.hp1 HG01175.hp1 HG01243.hp1 HG01256.hp1 HG01257.hp1 HG01261.hp2 HG01346.hp2 HG01361.hp2 HG01516.hp1 HG01884.hp2 HG01928.hp1 HG01943.hp1 HG01975.hp1 HG01981.hp1 HG01993.hp2 HG02040.hp2 HG02055.hp1 HG02055.hp2 HG02071.hp2 HG02080.hp1 HG02083.hp1 HG02145.hp1 HG02145.hp2 HG02257.hp1 HG02258.hp1 HG02451.hp1 HG02451.hp2 HG02486.hp1 HG02486.hp2 HG02523.hp1 HG02559.hp2 HG02572.hp2 HG02602.hp2 HG02615.hp1 HG02622.hp1 HG02622.hp2 HG02630.hp1 HG02630.hp2 HG02647.hp1 HG02698.hp2 HG02717.hp1 HG02717.hp2 HG02723.hp2 HG02738.hp1 HG02738.hp2 HG02809.hp2 HG02886.hp2 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