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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ABHD17B_chr9_71860152_71916193	71913466	T T	C C	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG03540.hp1 HG03540.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0001	1	186	0.0054	0	c.-28 others(5): Show c.-2836A>G	ABHD17B	ENSG00000107362.14	transcript	ENST00000333421.7	protein_coding	2273	chr9	TogoVar
ABHD17B_chr9_71860152_71916193	71913718	G G	A A	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG00741.hp2 HG00741.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0007	1	186	0.0054	0	c.-30 others(5): Show c.-3088C>T	ABHD17B	ENSG00000107362.14	transcript	ENST00000333421.7	protein_coding	2525	chr9	TogoVar
ABHD17B_chr9_71860152_71916193	71913765	A A	ACTTGTAC others(16): Show ACTTGTACTTTTCATTGTGCATTT	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG02258.hp2 HG02258.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0060 a0001c0001t0001g0060	1	186	0.0054	23	c.-31 others(34): Show c.-3158_-3136dupAAATGCACAATGAAAAGTACAAG	ABHD17B	ENSG00000107362.14	transcript	ENST00000333421.7	protein_coding	2573	chr9	TogoVar
ABHD17B_chr9_71860152_71916193	71913896	TC TC	T T	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00140.hp1 others(166): Show HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00140.hp1 HG00140.hp2 HG00280.hp1 HG00280.hp2 HG00323.hp1 HG00323.hp2 HG00408.hp1 HG00408.hp2 HG00544.hp1 HG00544.hp2 HG00597.hp1 HG00597.hp2 HG00733.hp1 HG00733.hp2 HG00741.hp1 HG00741.hp2 HG01070.hp1 HG01070.hp2 HG01071.hp1 HG01071.hp2 HG01081.hp2 HG01099.hp1 HG01099.hp2 HG01106.hp1 HG01106.hp2 HG01167.hp1 HG01167.hp2 HG01169.hp1 HG01169.hp2 HG01192.hp1 HG01192.hp2 HG01243.hp1 HG01255.hp1 HG01255.hp2 HG01256.hp1 HG01256.hp2 HG01258.hp1 HG01258.hp2 HG01261.hp1 HG01261.hp2 HG01346.hp1 HG01346.hp2 HG01358.hp1 HG01358.hp2 HG01496.hp1 HG01496.hp2 HG01516.hp1 HG01516.hp2 HG01884.hp1 HG01884.hp2 HG01928.hp1 HG01928.hp2 HG01934.hp1 HG01934.hp2 HG01978.hp1 HG01978.hp2 HG01981.hp1 HG01981.hp2 HG02004.hp1 HG02004.hp2 HG02055.hp1 HG02055.hp2 HG02071.hp1 HG02071.hp2 HG02074.hp1 HG02074.hp2 HG02109.hp1 HG02109.hp2 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ABHD17B_chr9_71860152_71916193	71913988	C C	G G	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	NA19240.hp1 NA19240.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0010 a0001c0001t0010	a0001c0001t0010g0055 a0001c0001t0010g0055	1	186	0.0054	0	c.-33 others(5): Show c.-3358G>C	ABHD17B	ENSG00000107362.14	transcript	ENST00000333421.7	protein_coding	2795	chr9	TogoVar
ABHD17B_chr9_71860152_71916193	71913992	A A	C C	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG02258.hp1 HG02970.hp2 HG03139.hp1 HG02258.hp1 HG02970.hp2 HG03139.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0002 a0001c0001t0002	a0001c0001t0002g0006 a0001c0001t0002g0006	3	186	0.0161	0	c.-33 others(5): Show c.-3362T>G	ABHD17B	ENSG00000107362.14	transcript	ENST00000333421.7	protein_coding	2799	chr9	TogoVar
ABHD17B_chr9_71860152_71916193	71914019	G G	A A	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	NA19043.hp1 NA19043.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0003 a0001c0001t0003	a0001c0001t0003g0155 a0001c0001t0003g0155	1	186	0.0054	0	c.-33 others(5): Show c.-3389C>T	ABHD17B	ENSG00000107362.14	transcript	ENST00000333421.7	protein_coding	2826	chr9	TogoVar
ABHD17B_chr9_71860152_71916193	71914057	G G	C C	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG00741.hp1 HG00741.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0027 a0001c0001t0001g0027	1	186	0.0054	0	c.-34 others(5): Show c.-3427C>G	ABHD17B	ENSG00000107362.14	transcript	ENST00000333421.7	protein_coding	2864	chr9	TogoVar
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