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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ABHD17C_chr15_80690310_80760621	80692071	C C	A A	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG01109.hp2 HG01496.hp2 HG02109.hp2 others(5): Show HG01109.hp2 HG01496.hp2 HG02109.hp2 HG02451.hp1 HG02622.hp1 HG02717.hp1 HG03041.hp1 NA19240.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0001 a0001c0001t0003	a0001c0001t0001g0300 a0001c0001t0001g0301 a0001c0001t0001g0303 others(5): Show a0001c0001t0001g0300 a0001c0001t0001g0301 a0001c0001t0001g0303 a0001c0001t0001g0304 a0001c0001t0001g0305 a0001c0001t0001g0306 a0001c0001t0001g0307 a0001c0001t0003g0302	8	360	0.0222	0	c.-33 others(5): Show c.-3359C>A	ABHD17C	ENSG00000136379.12	transcript	ENST00000258884.5	protein_coding	3239	chr15	TogoVar
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ABHD17C_chr15_80690310_80760621	80692296	C C	G G	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG03516.hp1 HG03516.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0239 a0001c0001t0001g0239	1	360	0.0028	0	c.-31 others(5): Show c.-3134C>G	ABHD17C	ENSG00000136379.12	transcript	ENST00000258884.5	protein_coding	3014	chr15	TogoVar
ABHD17C_chr15_80690310_80760621	80692369	G G	A A	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG00099.hp2 HG00280.hp1 HG00323.hp2 others(227): Show HG00099.hp2 HG00280.hp1 HG00323.hp2 HG00438.hp1 HG00438.hp2 HG00544.hp1 HG00558.hp1 HG00558.hp2 HG00609.hp2 HG00621.hp1 HG00621.hp2 HG00642.hp1 HG00673.hp1 HG00733.hp1 HG00735.hp1 HG00738.hp1 HG01069.hp1 HG01069.hp2 HG01070.hp2 HG01071.hp1 HG01071.hp2 HG01074.hp1 HG01074.hp2 HG01099.hp1 HG01099.hp2 HG01106.hp1 HG01106.hp2 HG01109.hp1 HG01109.hp2 HG01123.hp1 HG01167.hp2 HG01168.hp2 HG01243.hp2 HG01255.hp2 HG01361.hp1 HG01496.hp1 HG01496.hp2 HG01515.hp2 HG01891.hp1 HG01891.hp2 HG01934.hp2 HG01952.hp1 HG01975.hp1 HG01978.hp1 HG01978.hp2 HG02004.hp1 HG02004.hp2 HG02015.hp2 HG02055.hp1 HG02056.hp1 HG02056.hp2 HG02083.hp1 HG02083.hp2 HG02109.hp1 HG02109.hp2 HG02129.hp1 HG02129.hp2 HG02165.hp2 HG02257.hp2 HG02258.hp1 HG02280.hp1 HG02280.hp2 HG02300.hp2 HG02451.hp1 HG02486.hp1 HG02486.hp2 HG02523.hp1 HG02523.hp2 HG02559.hp1 HG02559.hp2 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