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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	achapids	acthapids	actghapids	ac	an	af	len	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	distance	chr	external
ABHD3_chr18_21645901_21709774	21706493	C C	T T	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	NA18946.hp1 NA18954.hp1 NA18971.hp2 others(3): Show NA18946.hp1 NA18954.hp1 NA18971.hp2 NA18982.hp1 NA19002.hp2 NA19070.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0003 a0001c0001t0003	a0001c0001t0003g0262 a0001c0001t0003g0263 a0001c0001t0003g0264 others(3): Show a0001c0001t0003g0262 a0001c0001t0003g0263 a0001c0001t0003g0264 a0001c0001t0003g0265 a0001c0001t0003g0269 a0001c0001t0003g0270	6	304	0.0197	0	c.-18 others(5): Show c.-1828G>A	ABHD3	ENSG00000158201.10	transcript	ENST00000289119.7	protein_coding	1719	chr18	TogoVar
ABHD3_chr18_21645901_21709774	21706509	G G	A A	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG00280.hp1 HG00280.hp2 HG00323.hp1 others(36): Show HG00280.hp1 HG00280.hp2 HG00323.hp1 HG00735.hp2 HG00741.hp1 HG01069.hp2 HG01070.hp2 HG01074.hp1 HG01169.hp2 HG01361.hp2 HG01891.hp2 HG02055.hp1 HG02055.hp2 HG02109.hp2 HG02132.hp1 HG02257.hp1 HG02280.hp2 HG02523.hp2 HG02559.hp2 HG02647.hp1 HG02735.hp1 HG02738.hp2 HG02809.hp2 HG02886.hp2 HG02896.hp1 HG02897.hp1 HG03130.hp2 HG03209.hp1 HG03225.hp1 HG03453.hp2 HG03471.hp2 HG03516.hp2 HG03669.hp2 HG03710.hp1 HG04199.hp2 NA18522.hp1 NA18957.hp1 NA18967.hp1 NA20752.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0012 others(2): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0012 a0001c0002t0001 a0001c0002t0002	a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0044 a0001c0001t0001g0106 others(35): Show a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0044 a0001c0001t0001g0106 a0001c0001t0001g0107 a0001c0001t0001g0108 a0001c0001t0001g0110 a0001c0001t0001g0114 a0001c0001t0001g0117 a0001c0001t0001g0118 a0001c0001t0001g0119 a0001c0001t0001g0120 a0001c0001t0001g0121 a0001c0001t0001g0122 a0001c0001t0001g0123 a0001c0001t0001g0124 a0001c0001t0001g0125 a0001c0001t0001g0126 a0001c0001t0001g0127 a0001c0001t0001g0128 a0001c0001t0001g0129 a0001c0001t0001g0130 a0001c0001t0001g0131 a0001c0001t0001g0132 a0001c0001t0001g0133 a0001c0001t0001g0137 a0001c0001t0001g0138 a0001c0001t0002g0228 a0001c0001t0002g0229 a0001c0001t0002g0230 a0001c0001t0002g0231 a0001c0001t0002g0232 a0001c0001t0012g0109 a0001c0002t0001g0111 a0001c0002t0001g0112 a0001c0002t0001g0113 a0001c0002t0001g0115 a0001c0002t0001g0116 a0001c0002t0002g0233	39	304	0.1283	0	c.-18 others(5): Show c.-1844C>T	ABHD3	ENSG00000158201.10	transcript	ENST00000289119.7	protein_coding	1735	chr18	TogoVar
ABHD3_chr18_21645901_21709774	21706640	A A	T T	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG00280.hp1 HG00280.hp2 HG00323.hp1 others(26): Show HG00280.hp1 HG00280.hp2 HG00323.hp1 HG00735.hp2 HG00741.hp1 HG01069.hp2 HG01070.hp2 HG01169.hp2 HG01361.hp2 HG01891.hp2 HG02055.hp2 HG02109.hp2 HG02132.hp1 HG02257.hp1 HG02523.hp2 HG02647.hp1 HG02735.hp1 HG02738.hp2 HG02809.hp2 HG02896.hp1 HG02897.hp1 HG03516.hp2 HG03669.hp2 HG03710.hp1 HG04199.hp2 NA18522.hp1 NA18957.hp1 NA18967.hp1 NA20752.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0012 others(1): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0012 a0001c0002t0002	a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0044 a0001c0001t0001g0107 others(25): Show a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0044 a0001c0001t0001g0107 a0001c0001t0001g0108 a0001c0001t0001g0110 a0001c0001t0001g0114 a0001c0001t0001g0118 a0001c0001t0001g0119 a0001c0001t0001g0120 a0001c0001t0001g0121 a0001c0001t0001g0122 a0001c0001t0001g0123 a0001c0001t0001g0124 a0001c0001t0001g0125 a0001c0001t0001g0126 a0001c0001t0001g0127 a0001c0001t0001g0128 a0001c0001t0001g0129 a0001c0001t0001g0130 a0001c0001t0001g0131 a0001c0001t0001g0132 a0001c0001t0001g0133 a0001c0001t0001g0137 a0001c0001t0001g0138 a0001c0001t0002g0231 a0001c0001t0002g0232 a0001c0001t0012g0109 a0001c0002t0002g0233	29	304	0.0954	0	c.-19 others(5): Show c.-1975T>A	ABHD3	ENSG00000158201.10	transcript	ENST00000289119.7	protein_coding	1866	chr18	TogoVar
ABHD3_chr18_21645901_21709774	21706657	C C	T T	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG03669.hp2 HG03669.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0138 a0001c0001t0001g0138	1	304	0.0033	0	c.-19 others(5): Show c.-1992G>A	ABHD3	ENSG00000158201.10	transcript	ENST00000289119.7	protein_coding	1883	chr18	TogoVar
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