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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ABHD6_chr3_58232792_58299734	58233142	A A	T T	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG03942.hp1 HG03942.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0011 a0001c0001t0001g0011	1	302	0.0033	0	c.-48 others(5): Show c.-4865A>T	ABHD6	ENSG00000163686.15	transcript	ENST00000478253.6	protein_coding	4650	chr3	TogoVar
ABHD6_chr3_58232792_58299734	58233168	A A	C C	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	NA19012.hp1 NA19012.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0002 a0001c0001t0002	a0001c0001t0002g0093 a0001c0001t0002g0093	1	302	0.0033	0	c.-48 others(5): Show c.-4839A>C	ABHD6	ENSG00000163686.15	transcript	ENST00000478253.6	protein_coding	4624	chr3	TogoVar
ABHD6_chr3_58232792_58299734	58233234	G G	A A	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	NA19084.hp1 NA19084.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0278 a0001c0001t0001g0278	1	302	0.0033	0	c.-47 others(5): Show c.-4773G>A	ABHD6	ENSG00000163686.15	transcript	ENST00000478253.6	protein_coding	4558	chr3	TogoVar
ABHD6_chr3_58232792_58299734	58233561	G G	A A	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG03654.hp1 HG03654.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0004 a0001c0001t0004	a0001c0001t0004g0033 a0001c0001t0004g0033	1	302	0.0033	0	c.-44 others(5): Show c.-4446G>A	ABHD6	ENSG00000163686.15	transcript	ENST00000478253.6	protein_coding	4231	chr3	TogoVar
ABHD6_chr3_58232792_58299734	58233648	T T	C C	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG00280.hp1 HG01099.hp2 HG01106.hp2 others(50): Show HG00280.hp1 HG01099.hp2 HG01106.hp2 HG01175.hp1 HG01192.hp1 HG01192.hp2 HG01358.hp1 HG01361.hp1 HG01891.hp1 HG01934.hp1 HG01934.hp2 HG01943.hp1 HG01975.hp1 HG01981.hp1 HG02004.hp2 HG02109.hp2 HG02145.hp2 HG02258.hp1 HG02293.hp1 HG02451.hp2 HG02559.hp1 HG02615.hp2 HG02630.hp1 HG02647.hp1 HG02717.hp1 HG02723.hp2 HG02809.hp1 HG02809.hp2 HG02818.hp1 HG02886.hp2 HG02896.hp2 HG02897.hp2 HG02965.hp1 HG02976.hp2 HG03041.hp2 HG03098.hp2 HG03130.hp2 HG03225.hp1 HG03486.hp1 HG03516.hp1 HG03516.hp2 HG03704.hp1 HG04228.hp1 HG06807.hp1 HG06807.hp2 NA18522.hp1 NA18522.hp2 NA19030.hp1 NA19240.hp1 NA20129.hp1 NA20300.hp2 NA20805.hp1 NA20905.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(4): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 a0001c0001t0008 a0001c0001t0016	a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0060 a0001c0001t0001g0061 others(47): Show a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0060 a0001c0001t0001g0061 a0001c0001t0001g0062 a0001c0001t0001g0063 a0001c0001t0001g0064 a0001c0001t0001g0065 a0001c0001t0001g0066 a0001c0001t0001g0067 a0001c0001t0001g0068 a0001c0001t0001g0069 a0001c0001t0001g0070 a0001c0001t0001g0071 a0001c0001t0001g0072 a0001c0001t0001g0246 a0001c0001t0001g0258 a0001c0001t0001g0260 a0001c0001t0001g0261 a0001c0001t0001g0274 a0001c0001t0001g0275 a0001c0001t0001g0281 a0001c0001t0001g0282 a0001c0001t0001g0284 a0001c0001t0001g0285 a0001c0001t0002g0263 a0001c0001t0003g0008 a0001c0001t0003g0009 a0001c0001t0003g0266 a0001c0001t0003g0268 a0001c0001t0003g0269 a0001c0001t0003g0270 a0001c0001t0003g0271 a0001c0001t0003g0272 a0001c0001t0003g0273 a0001c0001t0003g0283 a0001c0001t0003g0286 a0001c0001t0003g0287 a0001c0001t0003g0288 a0001c0001t0003g0289 a0001c0001t0003g0290 a0001c0001t0003g0291 a0001c0001t0005g0264 a0001c0001t0005g0276 a0001c0001t0005g0292 a0001c0001t0006g0247 a0001c0001t0006g0265 a0001c0001t0006g0267 a0001c0001t0008g0259 a0001c0001t0008g0262 a0001c0001t0016g0156	53	302	0.1755	0	c.-43 others(5): Show c.-4359T>C	ABHD6	ENSG00000163686.15	transcript	ENST00000478253.6	protein_coding	4144	chr3	TogoVar
ABHD6_chr3_58232792_58299734	58233690	A A	G G	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00280.hp1 HG00280.hp2 others(267): Show HG00099.hp1 HG00280.hp1 HG00280.hp2 HG00544.hp1 HG00544.hp2 HG00558.hp1 HG00558.hp2 HG00609.hp1 HG00609.hp2 HG00673.hp1 HG00673.hp2 HG00733.hp1 HG00733.hp2 HG00735.hp1 HG00735.hp2 HG00738.hp1 HG00738.hp2 HG00741.hp2 HG01071.hp2 HG01074.hp2 HG01081.hp1 HG01099.hp1 HG01099.hp2 HG01106.hp1 HG01106.hp2 HG01109.hp1 HG01123.hp1 HG01167.hp1 HG01167.hp2 HG01168.hp1 HG01168.hp2 HG01169.hp1 HG01169.hp2 HG01175.hp1 HG01192.hp1 HG01192.hp2 HG01255.hp1 HG01255.hp2 HG01256.hp1 HG01261.hp1 HG01261.hp2 HG01358.hp1 HG01358.hp2 HG01361.hp1 HG01361.hp2 HG01496.hp1 HG01515.hp1 HG01516.hp1 HG01516.hp2 HG01517.hp1 HG01517.hp2 HG01891.hp1 HG01891.hp2 HG01928.hp1 HG01928.hp2 HG01934.hp1 HG01934.hp2 HG01943.hp1 HG01952.hp1 HG01952.hp2 HG01975.hp1 HG01975.hp2 HG01978.hp1 HG01978.hp2 HG01981.hp1 HG02004.hp1 HG02004.hp2 HG02015.hp1 HG02015.hp2 HG02027.hp1 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