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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ABI1_chr10_26741596_26865958	26862910	AGTTTCCT others(24): Show AGTTTCCTAGGTTACTGATTGATATGGTTTGG	A A	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	NA19043.hp2 NA19043.hp2	a0002 a0002	a0002c0003 a0002c0003	a0002c0003t0004 a0002c0003t0004	a0002c0003t0004g0358 a0002c0003t0004g0358	1	358	0.0028	-31	c.-20 others(42): Show c.-2078_-2048delCCAAACCATATCAATCAGTAACCTAGGAAAC	ABI1	ENSG00000136754.18	transcript	ENST00000376140.4	protein_coding	1953	chr10	TogoVar
ABI1_chr10_26741596_26865958	26862985	T T	C C	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	NA18974.hp2 NA18974.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0002 a0001c0001t0002	a0001c0001t0002g0146 a0001c0001t0002g0146	1	358	0.0028	0	c.-21 others(5): Show c.-2122A>G	ABI1	ENSG00000136754.18	transcript	ENST00000376140.4	protein_coding	2027	chr10	TogoVar
ABI1_chr10_26741596_26865958	26863010	C C	G G	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00140.hp1 others(176): Show HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00140.hp1 HG00280.hp1 HG00323.hp1 HG00323.hp2 HG00408.hp2 HG00438.hp1 HG00544.hp1 HG00558.hp1 HG00597.hp2 HG00639.hp1 HG00642.hp1 HG00642.hp2 HG00673.hp2 HG00735.hp1 HG00738.hp1 HG01069.hp1 HG01069.hp2 HG01071.hp1 HG01081.hp2 HG01099.hp1 HG01106.hp2 HG01109.hp1 HG01109.hp2 HG01123.hp1 HG01123.hp2 HG01167.hp2 HG01168.hp2 HG01169.hp1 HG01192.hp2 HG01243.hp1 HG01255.hp1 HG01255.hp2 HG01261.hp1 HG01261.hp2 HG01358.hp1 HG01361.hp2 HG01433.hp2 HG01496.hp1 HG01516.hp1 HG01891.hp1 HG01928.hp2 HG01952.hp1 HG01975.hp2 HG01978.hp1 HG01981.hp1 HG01981.hp2 HG02004.hp2 HG02015.hp2 HG02027.hp1 HG02040.hp1 HG02040.hp2 HG02055.hp1 HG02056.hp2 HG02083.hp2 HG02109.hp1 HG02109.hp2 HG02132.hp1 HG02135.hp2 HG02145.hp1 HG02257.hp1 HG02257.hp2 HG02273.hp1 HG02300.hp1 HG02451.hp1 HG02451.hp2 HG02486.hp2 HG02523.hp2 HG02559.hp1 HG02559.hp2 HG02572.hp1 HG02572.hp2 HG02615.hp1 HG02622.hp2 HG02630.hp1 HG02630.hp2 HG02647.hp1 HG02647.hp2 HG02698.hp2 HG02717.hp2 HG02723.hp1 HG02723.hp2 HG02738.hp1 HG02895.hp1 HG02895.hp2 HG02896.hp1 HG02896.hp2 HG02897.hp1 HG02897.hp2 HG02922.hp2 HG02965.hp1 HG02965.hp2 HG02976.hp2 HG03017.hp1 HG03041.hp1 HG03041.hp2 HG03130.hp1 HG03130.hp2 HG03195.hp2 HG03471.hp1 HG03471.hp2 HG03486.hp1 HG03486.hp2 HG03490.hp1 HG03491.hp2 HG03492.hp1 HG03516.hp1 HG03540.hp1 HG03540.hp2 HG03579.hp1 HG03579.hp2 HG03669.hp2 HG03704.hp2 HG03927.hp1 HG04184.hp1 HG04184.hp2 HG04204.hp2 NA18612.hp1 NA18747.hp2 NA18906.hp2 NA18939.hp2 NA18941.hp1 NA18941.hp2 NA18942.hp1 NA18942.hp2 NA18946.hp2 NA18947.hp1 NA18948.hp2 NA18949.hp1 NA18955.hp2 NA18957.hp1 NA18960.hp1 NA18961.hp1 NA18964.hp1 NA18964.hp2 NA18965.hp1 NA18967.hp2 NA18969.hp2 NA18974.hp1 NA18977.hp1 NA18977.hp2 NA18978.hp2 NA18983.hp2 NA18994.hp1 NA18999.hp1 NA18999.hp2 NA19000.hp2 NA19004.hp2 NA19005.hp1 NA19007.hp1 NA19009.hp2 NA19010.hp2 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