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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ACAA2_chr18_49777164_49818533	49778304	T T	C C	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG01884.hp1 HG02559.hp2 HG02622.hp2 others(2): Show HG01884.hp1 HG02559.hp2 HG02622.hp2 HG02723.hp1 HG06807.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0018 a0001c0001t0019 a0001c0001t0001 a0001c0001t0018 a0001c0001t0019	a0001c0001t0001g0203 a0001c0001t0018g0144 a0001c0001t0018g0145 others(2): Show a0001c0001t0001g0203 a0001c0001t0018g0144 a0001c0001t0018g0145 a0001c0001t0019g0142 a0001c0001t0019g0143	5	434	0.0115	0	c.55 others(5): Show c.5543A>G	ACAA2	ENSG00000167315.18	transcript	ENST00000285093.15	protein_coding	3860	chr18	TogoVar
ACAA2_chr18_49777164_49818533	49778326	A A	G G	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG02145.hp1 HG02145.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0002 a0001c0001t0002	a0001c0001t0002g0072 a0001c0001t0002g0072	1	434	0.0023	0	c.55 others(5): Show c.5521T>C	ACAA2	ENSG00000167315.18	transcript	ENST00000285093.15	protein_coding	3838	chr18	TogoVar
ACAA2_chr18_49777164_49818533	49778458	G G	T T	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00140.hp1 HG00280.hp1 others(177): Show HG00099.hp1 HG00140.hp1 HG00280.hp1 HG00323.hp2 HG00408.hp2 HG00423.hp2 HG00609.hp1 HG00621.hp2 HG00639.hp1 HG00642.hp1 HG00733.hp2 HG00735.hp1 HG00735.hp2 HG01069.hp1 HG01070.hp1 HG01071.hp2 HG01074.hp1 HG01074.hp2 HG01081.hp1 HG01081.hp2 HG01106.hp2 HG01123.hp2 HG01167.hp1 HG01167.hp2 HG01168.hp1 HG01169.hp1 HG01169.hp2 HG01175.hp1 HG01192.hp2 HG01243.hp1 HG01243.hp2 HG01256.hp2 HG01257.hp1 HG01258.hp2 HG01261.hp2 HG01358.hp2 HG01361.hp1 HG01496.hp1 HG01515.hp2 HG01516.hp1 HG01517.hp1 HG01517.hp2 HG01884.hp2 HG01891.hp1 HG01891.hp2 HG01934.hp1 HG01943.hp2 HG02015.hp1 HG02027.hp2 HG02055.hp2 HG02056.hp2 HG02071.hp1 HG02080.hp1 HG02080.hp2 HG02083.hp1 HG02109.hp1 HG02132.hp1 HG02135.hp2 HG02165.hp1 HG02257.hp1 HG02258.hp2 HG02451.hp1 HG02451.hp2 HG02486.hp2 HG02523.hp1 HG02602.hp1 HG02602.hp2 HG02615.hp1 HG02622.hp1 HG02630.hp2 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