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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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AGO3_chr1_35926105_36077500	36057725	C C	T T	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG01243.hp1 HG01243.hp2 HG02129.hp1 others(9): Show HG01243.hp1 HG01243.hp2 HG02129.hp1 HG02280.hp1 HG02451.hp1 HG02970.hp2 HG03130.hp2 HG03486.hp1 NA18955.hp2 NA18989.hp1 NA19066.hp1 NA19240.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0010 a0001c0001t0027 a0001c0001t0078 others(3): Show a0001c0001t0010 a0001c0001t0027 a0001c0001t0078 a0001c0001t0079 a0001c0001t0080 a0001c0001t0081	a0001c0001t0010g0025 a0001c0001t0010g0027 a0001c0001t0010g0030 others(9): Show a0001c0001t0010g0025 a0001c0001t0010g0027 a0001c0001t0010g0030 a0001c0001t0010g0076 a0001c0001t0010g0142 a0001c0001t0010g0143 a0001c0001t0027g0028 a0001c0001t0027g0036 a0001c0001t0078g0255 a0001c0001t0079g0061 a0001c0001t0080g0035 a0001c0001t0081g0254	12	258	0.0465	0	c.19 others(5): Show c.1980C>T	AGO3	ENSG00000126070.20	transcript	ENST00000373191.9	protein_coding	19/19	1980		chr1	TogoVar
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AGO3_chr1_35926105_36077500	36057792	C C	T T	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	NA20905.hp2 NA20905.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0077 a0001c0001t0077	a0001c0001t0077g0241 a0001c0001t0077g0241	1	258	0.0039	0	c.20 others(5): Show c.2047C>T	AGO3	ENSG00000126070.20	transcript	ENST00000373191.9	protein_coding	19/19	2047		chr1	TogoVar
AGO3_chr1_35926105_36077500	36057838	G G	A A	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG02145.hp1 HG02145.hp1	a0001 a0001	a0001c0004 a0001c0004	a0001c0004t0036 a0001c0004t0036	a0001c0004t0036g0026 a0001c0004t0036g0026	1	258	0.0039	0	c.20 others(5): Show c.2093G>A	AGO3	ENSG00000126070.20	transcript	ENST00000373191.9	protein_coding	19/19	2093		chr1	TogoVar
AGO3_chr1_35926105_36077500	36057841	G G	T T	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG01243.hp1 HG02129.hp1 HG02280.hp1 others(6): Show HG01243.hp1 HG02129.hp1 HG02280.hp1 HG02451.hp1 HG03486.hp1 NA18955.hp2 NA18989.hp1 NA19066.hp1 NA19240.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0010 a0001c0001t0027 a0001c0001t0080 a0001c0001t0010 a0001c0001t0027 a0001c0001t0080	a0001c0001t0010g0025 a0001c0001t0010g0027 a0001c0001t0010g0030 others(6): Show a0001c0001t0010g0025 a0001c0001t0010g0027 a0001c0001t0010g0030 a0001c0001t0010g0076 a0001c0001t0010g0142 a0001c0001t0010g0143 a0001c0001t0027g0028 a0001c0001t0027g0036 a0001c0001t0080g0035	9	258	0.0349	0	c.20 others(5): Show c.2096G>T	AGO3	ENSG00000126070.20	transcript	ENST00000373191.9	protein_coding	19/19	2096		chr1	TogoVar
AGO3_chr1_35926105_36077500	36057904	G G	T T	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	NA19007.hp1 NA19007.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0076 a0001c0001t0076	a0001c0001t0076g0245 a0001c0001t0076g0245	1	258	0.0039	0	c.21 others(5): Show c.2159G>T	AGO3	ENSG00000126070.20	transcript	ENST00000373191.9	protein_coding	19/19	2159		chr1	TogoVar
AGO3_chr1_35926105_36077500	36057978	A A	G G	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG01243.hp1 HG01243.hp2 HG02129.hp1 others(9): Show HG01243.hp1 HG01243.hp2 HG02129.hp1 HG02280.hp1 HG02451.hp1 HG02970.hp2 HG03130.hp2 HG03486.hp1 NA18955.hp2 NA18989.hp1 NA19066.hp1 NA19240.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0010 a0001c0001t0027 a0001c0001t0078 others(3): Show a0001c0001t0010 a0001c0001t0027 a0001c0001t0078 a0001c0001t0079 a0001c0001t0080 a0001c0001t0081	a0001c0001t0010g0025 a0001c0001t0010g0027 a0001c0001t0010g0030 others(9): Show a0001c0001t0010g0025 a0001c0001t0010g0027 a0001c0001t0010g0030 a0001c0001t0010g0076 a0001c0001t0010g0142 a0001c0001t0010g0143 a0001c0001t0027g0028 a0001c0001t0027g0036 a0001c0001t0078g0255 a0001c0001t0079g0061 a0001c0001t0080g0035 a0001c0001t0081g0254	12	258	0.0465	0	c.22 others(5): Show c.2233A>G	AGO3	ENSG00000126070.20	transcript	ENST00000373191.9	protein_coding	19/19	2233		chr1	TogoVar
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