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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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AGPAT4_chr6_161124967_161279061	161134865	G G	A A	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	NA18947.hp1 NA18970.hp1 NA18947.hp1 NA18970.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0028 a0001c0001t0028	a0001c0001t0028g0049 a0001c0001t0028g0105 a0001c0001t0028g0049 a0001c0001t0028g0105	2	264	0.0076	0	c.16 others(5): Show c.1675C>T	AGPAT4	ENSG00000026652.15	transcript	ENST00000320285.9	protein_coding	9/9	1675	chr6	TogoVar
AGPAT4_chr6_161124967_161279061	161134871	C C	T T	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG00408.hp1 HG00544.hp1 HG00735.hp1 others(26): Show HG00408.hp1 HG00544.hp1 HG00735.hp1 HG01081.hp1 HG01099.hp2 HG01123.hp1 HG01123.hp2 HG01168.hp1 HG01169.hp1 HG01433.hp1 HG01516.hp1 HG01975.hp1 HG01981.hp1 HG01993.hp1 HG02027.hp2 HG02040.hp1 HG02273.hp2 HG02300.hp2 NA18947.hp2 NA18948.hp2 NA18949.hp2 NA18951.hp2 NA18955.hp1 NA18985.hp2 NA19007.hp1 NA19065.hp1 NA19088.hp1 NA20300.hp1 NA21309.hp2	a0001 a0001	a0001c0002 a0001c0002	a0001c0002t0004 a0001c0002t0016 a0001c0002t0023 others(5): Show a0001c0002t0004 a0001c0002t0016 a0001c0002t0023 a0001c0002t0031 a0001c0002t0039 a0001c0002t0071 a0001c0002t0072 a0001c0002t0073	a0001c0002t0004g0034 a0001c0002t0004g0042 a0001c0002t0004g0060 others(26): Show a0001c0002t0004g0034 a0001c0002t0004g0042 a0001c0002t0004g0060 a0001c0002t0004g0062 a0001c0002t0004g0067 a0001c0002t0004g0074 a0001c0002t0004g0083 a0001c0002t0004g0130 a0001c0002t0004g0146 a0001c0002t0004g0147 a0001c0002t0004g0148 a0001c0002t0004g0151 a0001c0002t0004g0176 a0001c0002t0004g0187 a0001c0002t0004g0225 a0001c0002t0016g0145 a0001c0002t0016g0149 a0001c0002t0016g0152 a0001c0002t0016g0190 a0001c0002t0016g0191 a0001c0002t0023g0050 a0001c0002t0023g0100 a0001c0002t0023g0150 a0001c0002t0031g0204 a0001c0002t0031g0205 a0001c0002t0039g0119 a0001c0002t0071g0243 a0001c0002t0072g0162 a0001c0002t0073g0059	29	264	0.1099	0	c.16 others(5): Show c.1669G>A	AGPAT4	ENSG00000026652.15	transcript	ENST00000320285.9	protein_coding	9/9	1669	chr6	TogoVar
AGPAT4_chr6_161124967_161279061	161134894	G G	A A	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG02145.hp1 HG02895.hp2 HG02896.hp1 others(3): Show HG02145.hp1 HG02895.hp2 HG02896.hp1 HG02897.hp2 HG03130.hp2 NA18522.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0014 a0001c0001t0014	a0001c0001t0014g0138 a0001c0001t0014g0139 a0001c0001t0014g0192 others(3): Show a0001c0001t0014g0138 a0001c0001t0014g0139 a0001c0001t0014g0192 a0001c0001t0014g0214 a0001c0001t0014g0215 a0001c0001t0014g0217	6	264	0.0227	0	c.16 others(5): Show c.1646C>T	AGPAT4	ENSG00000026652.15	transcript	ENST00000320285.9	protein_coding	9/9	1646	chr6	TogoVar
AGPAT4_chr6_161124967_161279061	161135001	CAACA CAACA	C C	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00140.hp2 others(206): Show HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00140.hp2 HG00408.hp1 HG00408.hp2 HG00544.hp1 HG00544.hp2 HG00597.hp1 HG00597.hp2 HG00621.hp1 HG00639.hp1 HG00639.hp2 HG00735.hp1 HG00738.hp1 HG00738.hp2 HG00741.hp1 HG00741.hp2 HG01069.hp1 HG01069.hp2 HG01070.hp1 HG01070.hp2 HG01071.hp1 HG01071.hp2 HG01081.hp1 HG01081.hp2 HG01099.hp1 HG01099.hp2 HG01109.hp1 HG01109.hp2 HG01123.hp1 HG01123.hp2 HG01168.hp1 HG01169.hp1 HG01175.hp2 HG01243.hp1 HG01243.hp2 HG01255.hp1 HG01256.hp1 HG01256.hp2 HG01257.hp1 HG01257.hp2 HG01258.hp1 HG01258.hp2 HG01358.hp1 HG01358.hp2 HG01361.hp1 HG01361.hp2 HG01433.hp1 HG01433.hp2 HG01516.hp1 HG01516.hp2 HG01884.hp1 HG01884.hp2 HG01891.hp1 HG01891.hp2 HG01928.hp1 HG01928.hp2 HG01934.hp1 HG01934.hp2 HG01975.hp1 HG01975.hp2 HG01978.hp2 HG01981.hp1 HG01981.hp2 HG01993.hp1 HG01993.hp2 HG02027.hp1 HG02027.hp2 HG02040.hp1 HG02055.hp1 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