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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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DAGLA_chr11_61675391_61752001	61720138	T T	C C	5_prime_UTR_variant 5_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG00673.hp2 HG00673.hp2	a0001 a0001	a0001c0002 a0001c0002	a0001c0002t0009 a0001c0002t0009	a0001c0002t0009g0026 a0001c0002t0009g0026	1	340	0.0029	0	c.-18 others(3): Show c.-18T>C	DAGLA	ENSG00000134780.10	transcript	ENST00000257215.10	protein_coding	2/20	18	chr11	TogoVar
DAGLB_chr7_6404129_6452954	6447913	C C	T T	5_prime_UTR_variant 5_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG02809.hp1 HG02970.hp1 NA18522.hp2 HG02809.hp1 HG02970.hp1 NA18522.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0009 a0001c0001t0009	a0001c0001t0009g0010 a0001c0001t0009g0011 a0001c0001t0009g0012 a0001c0001t0009g0010 a0001c0001t0009g0011 a0001c0001t0009g0012	3	380	0.0079	0	c.-71 others(3): Show c.-71G>A	DAGLB	ENSG00000164535.15	transcript	ENST00000297056.11	protein_coding	1/15	71	chr7	TogoVar
DALRD3_chr3_49010488_49023580	49018571	C C	T T	5_prime_UTR_variant 5_prime_UTR_variant	MODIFIER	NA18612.hp2 NA18612.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0003 a0001c0001t0003	a0001c0001t0003g0010 a0001c0001t0003g0010	1	258	0.0039	0	c.-7G others(2): Show c.-7G>A	DALRD3	ENSG00000178149.17	transcript	ENST00000341949.9	protein_coding	1/12	7	chr3	TogoVar
DALRD3_chr3_49010488_49023580	49018578	A A	C C	5_prime_UTR_variant 5_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG02698.hp2 HG02698.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0002 a0001c0001t0002	a0001c0001t0002g0009 a0001c0001t0002g0009	1	258	0.0039	0	c.-14 others(3): Show c.-14T>G	DALRD3	ENSG00000178149.17	transcript	ENST00000341949.9	protein_coding	1/12	14	chr3	TogoVar
DAO_chr12_108875092_108906043	108880172	C C	T T	5_prime_UTR_variant 5_prime_UTR_variant	MODIFIER	NA20129.hp2 NA20129.hp2	a0001 a0001	a0001c0002 a0001c0002	a0001c0002t0009 a0001c0002t0009	a0001c0002t0009g0226 a0001c0002t0009g0226	1	388	0.0026	0	c.-62 others(3): Show c.-62C>T	DAO	ENSG00000110887.8	transcript	ENST00000228476.8	protein_coding	1/11	4835	chr12	TogoVar
DAP3_chr1_155684091_155744010	155689104	G G	C C	5_prime_UTR_variant 5_prime_UTR_variant	MODIFIER	NA18954.hp2 NA18955.hp1 NA18971.hp2 NA18954.hp2 NA18955.hp1 NA18971.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0014 a0001c0001t0018 a0001c0001t0014 a0001c0001t0018	a0001c0001t0014g0009 a0001c0001t0014g0093 a0001c0001t0018g0089 a0001c0001t0014g0009 a0001c0001t0014g0093 a0001c0001t0018g0089	3	288	0.0104	0	c.-78 others(3): Show c.-78G>C	DAP3	ENSG00000132676.16	transcript	ENST00000368336.10	protein_coding	1/13	20676	chr1	TogoVar
DAP3_chr1_155684091_155744010	155689119	G G	A A	5_prime_UTR_variant 5_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG00408.hp2 HG00408.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0019 a0001c0001t0019	a0001c0001t0019g0209 a0001c0001t0019g0209	1	288	0.0035	0	c.-63 others(3): Show c.-63G>A	DAP3	ENSG00000132676.16	transcript	ENST00000368336.10	protein_coding	1/13	20661	chr1	TogoVar
DAP3_chr1_155684091_155744010	155689149	T T	G G	5_prime_UTR_variant 5_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00280.hp2 others(109): Show HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00280.hp2 HG00408.hp2 HG00423.hp1 HG00423.hp2 HG00438.hp1 HG00438.hp2 HG00621.hp1 HG00639.hp2 HG00673.hp1 HG00673.hp2 HG00741.hp1 HG00741.hp2 HG01069.hp2 HG01070.hp1 HG01071.hp2 HG01074.hp1 HG01099.hp2 HG01168.hp1 HG01168.hp2 HG01175.hp1 HG01192.hp2 HG01261.hp1 HG01516.hp2 HG01884.hp2 HG01934.hp1 HG01934.hp2 HG01952.hp1 HG01978.hp1 HG01981.hp2 HG02040.hp1 HG02040.hp2 HG02071.hp2 HG02074.hp2 HG02083.hp1 HG02083.hp2 HG02129.hp1 HG02132.hp2 HG02135.hp1 HG02135.hp2 HG02165.hp2 HG02258.hp2 HG02293.hp2 HG02486.hp1 HG02523.hp1 HG02559.hp2 HG02717.hp1 HG02896.hp1 HG02897.hp1 HG03017.hp1 HG03041.hp1 HG03098.hp2 HG03239.hp1 HG03239.hp2 HG03453.hp1 HG03490.hp2 HG03491.hp1 HG03492.hp1 HG03540.hp2 HG03654.hp1 HG03654.hp2 HG03688.hp1 HG03834.hp2 HG03927.hp2 HG03942.hp2 HG04199.hp2 NA18612.hp1 NA18747.hp2 NA18943.hp1 NA18949.hp2 NA18951.hp2 NA18955.hp2 NA18957.hp1 NA18959.hp2 NA18962.hp2 NA18964.hp2 NA18966.hp1 NA18966.hp2 NA18968.hp1 NA18968.hp2 NA18970.hp2 NA18971.hp1 NA18973.hp2 NA18977.hp1 NA18978.hp1 NA18978.hp2 NA18979.hp1 NA18980.hp1 NA18981.hp1 NA18983.hp1 NA18984.hp2 NA18985.hp2 NA18991.hp1 NA18992.hp2 NA19002.hp1 NA19003.hp2 NA19004.hp1 NA19011.hp1 NA19012.hp1 NA19030.hp2 NA19054.hp1 NA19056.hp1 NA19057.hp2 NA19058.hp1 NA19062.hp1 NA19077.hp2 NA19082.hp2 NA19090.hp2 NA20129.hp1 NA20752.hp1 NA20905.hp2	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0001c0002 a0002c0003 a0001c0001 a0001c0002 a0002c0003	a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0008 others(14): Show a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0011 a0001c0001t0015 a0001c0001t0016 a0001c0001t0019 a0001c0001t0021 a0001c0001t0022 a0001c0001t0023 a0001c0001t0025 a0001c0002t0024 a0002c0003t0003 a0002c0003t0008 a0002c0003t0011 a0002c0003t0020	a0001c0001t0002g0004 a0001c0001t0002g0005 a0001c0001t0002g0010 others(106): Show a0001c0001t0002g0004 a0001c0001t0002g0005 a0001c0001t0002g0010 a0001c0001t0002g0071 a0001c0001t0002g0176 a0001c0001t0002g0183 a0001c0001t0002g0192 a0001c0001t0002g0203 a0001c0001t0002g0204 a0001c0001t0002g0206 a0001c0001t0002g0211 a0001c0001t0002g0213 a0001c0001t0002g0214 a0001c0001t0002g0215 a0001c0001t0002g0216 a0001c0001t0002g0219 a0001c0001t0002g0222 a0001c0001t0002g0225 a0001c0001t0002g0227 a0001c0001t0002g0229 a0001c0001t0002g0230 a0001c0001t0002g0231 a0001c0001t0002g0232 a0001c0001t0002g0233 a0001c0001t0002g0234 a0001c0001t0002g0239 a0001c0001t0002g0240 a0001c0001t0002g0241 a0001c0001t0002g0244 a0001c0001t0002g0245 a0001c0001t0002g0247 a0001c0001t0002g0248 a0001c0001t0002g0249 a0001c0001t0002g0250 a0001c0001t0002g0251 a0001c0001t0002g0254 a0001c0001t0002g0255 a0001c0001t0002g0256 a0001c0001t0002g0262 a0001c0001t0002g0264 a0001c0001t0002g0268 a0001c0001t0003g0053 a0001c0001t0003g0065 a0001c0001t0003g0066 a0001c0001t0003g0067 a0001c0001t0003g0173 a0001c0001t0003g0174 a0001c0001t0003g0175 a0001c0001t0003g0177 a0001c0001t0003g0178 a0001c0001t0003g0180 a0001c0001t0003g0184 a0001c0001t0003g0189 a0001c0001t0003g0196 a0001c0001t0003g0197 a0001c0001t0003g0198 a0001c0001t0003g0208 a0001c0001t0003g0210 a0001c0001t0003g0212 a0001c0001t0003g0217 a0001c0001t0003g0218 a0001c0001t0003g0221 a0001c0001t0003g0238 a0001c0001t0003g0246 a0001c0001t0003g0263 a0001c0001t0008g0172 a0001c0001t0008g0187 a0001c0001t0008g0205 a0001c0001t0008g0207 a0001c0001t0008g0220 a0001c0001t0008g0223 a0001c0001t0008g0224 a0001c0001t0008g0226 a0001c0001t0008g0228 a0001c0001t0008g0235 a0001c0001t0008g0237 a0001c0001t0008g0265 a0001c0001t0009g0004 a0001c0001t0009g0010 a0001c0001t0009g0236 a0001c0001t0009g0242 a0001c0001t0009g0243 a0001c0001t0009g0258 a0001c0001t0009g0259 a0001c0001t0009g0260 a0001c0001t0011g0064 a0001c0001t0011g0068 a0001c0001t0011g0188 a0001c0001t0015g0185 a0001c0001t0015g0186 a0001c0001t0016g0252 a0001c0001t0016g0253 a0001c0001t0019g0209 a0001c0001t0021g0257 a0001c0001t0022g0171 a0001c0001t0023g0009 a0001c0001t0025g0063 a0001c0002t0024g0069 a0002c0003t0003g0179 a0002c0003t0003g0181 a0002c0003t0003g0182 a0002c0003t0003g0191 a0002c0003t0003g0193 a0002c0003t0003g0195 a0002c0003t0003g0261 a0002c0003t0008g0190 a0002c0003t0011g0012 a0002c0003t0011g0013 a0002c0003t0020g0194	112	288	0.3889	0	c.-33 others(3): Show c.-33T>G	DAP3	ENSG00000132676.16	transcript	ENST00000368336.10	protein_coding	1/13	20631	chr1	TogoVar
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