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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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AICDA_chr12_8597170_8617859	8603195	G G	A A	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG02027.hp2 HG02056.hp2 HG02165.hp1 others(6): Show HG02027.hp2 HG02056.hp2 HG02165.hp1 NA18946.hp2 NA18982.hp2 NA18994.hp2 NA19010.hp1 NA19012.hp2 NA19086.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0007 a0001c0002t0007 a0001c0001t0007 a0001c0002t0007	a0001c0001t0007g0133 a0001c0001t0007g0166 a0001c0001t0007g0240 others(5): Show a0001c0001t0007g0133 a0001c0001t0007g0166 a0001c0001t0007g0240 a0001c0002t0007g0029 a0001c0002t0007g0099 a0001c0002t0007g0164 a0001c0002t0007g0173 a0001c0002t0007g0233	9	458	0.0197	0	c.10 others(5): Show c.1089C>T	AICDA	ENSG00000111732.12	transcript	ENST00000229335.11	protein_coding	5/5	1089		chr12	TogoVar
AICDA_chr12_8597170_8617859	8603256	G G	A A	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG01167.hp2 HG01168.hp1 HG01169.hp1 others(33): Show HG01167.hp2 HG01168.hp1 HG01169.hp1 HG01169.hp2 HG01884.hp2 HG01891.hp2 HG01952.hp1 HG01993.hp2 HG02055.hp2 HG02257.hp1 HG02258.hp2 HG02486.hp1 HG02559.hp1 HG02615.hp1 HG02615.hp2 HG02622.hp1 HG02647.hp1 HG02717.hp1 HG02818.hp1 HG02818.hp2 HG02896.hp1 HG02897.hp2 HG02922.hp2 HG02970.hp2 HG03041.hp1 HG03139.hp2 HG03195.hp2 HG03225.hp1 HG03579.hp2 HG03834.hp1 HG06807.hp1 NA18522.hp1 NA18906.hp2 NA19072.hp2 NA20300.hp2 NA21309.hp1	a0001 a0002 a0007 others(1): Show a0001 a0002 a0007 a0008	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0009 others(3): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0009 a0002c0003 a0007c0010 a0008c0011	a0001c0001t0003 a0001c0001t0006 a0001c0001t0024 others(5): Show a0001c0001t0003 a0001c0001t0006 a0001c0001t0024 a0001c0002t0003 a0001c0009t0019 a0002c0003t0003 a0007c0010t0003 a0008c0011t0003	a0001c0001t0003g0026 a0001c0001t0003g0064 a0001c0001t0003g0071 others(27): Show a0001c0001t0003g0026 a0001c0001t0003g0064 a0001c0001t0003g0071 a0001c0001t0003g0073 a0001c0001t0003g0077 a0001c0001t0003g0103 a0001c0001t0003g0111 a0001c0001t0003g0114 a0001c0001t0003g0137 a0001c0001t0003g0141 a0001c0001t0003g0147 a0001c0001t0003g0151 a0001c0001t0003g0197 a0001c0001t0003g0207 a0001c0001t0003g0226 a0001c0001t0003g0272 a0001c0001t0003g0290 a0001c0001t0006g0019 a0001c0001t0006g0025 a0001c0001t0006g0128 a0001c0001t0006g0149 a0001c0001t0006g0160 a0001c0001t0006g0259 a0001c0001t0006g0273 a0001c0001t0024g0161 a0001c0002t0003g0215 a0001c0009t0019g0271 a0002c0003t0003g0035 a0007c0010t0003g0144 a0008c0011t0003g0146	36	458	0.0786	0	c.10 others(5): Show c.1028C>T	AICDA	ENSG00000111732.12	transcript	ENST00000229335.11	protein_coding	5/5	1028		chr12	TogoVar
AICDA_chr12_8597170_8617859	8603566	G G	T T	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG02280.hp1 HG02451.hp2 HG02647.hp2 others(6): Show HG02280.hp1 HG02451.hp2 HG02647.hp2 HG02922.hp1 HG03098.hp1 HG03209.hp1 HG03225.hp2 NA18522.hp2 NA21309.hp2	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0001c0002 a0002c0004 a0001c0001 a0001c0002 a0002c0004	a0001c0001t0008 a0001c0002t0008 a0002c0004t0008 a0001c0001t0008 a0001c0002t0008 a0002c0004t0008	a0001c0001t0008g0076 a0001c0001t0008g0108 a0001c0002t0008g0018 others(4): Show a0001c0001t0008g0076 a0001c0001t0008g0108 a0001c0002t0008g0018 a0001c0002t0008g0126 a0001c0002t0008g0289 a0002c0004t0008g0127 a0002c0004t0008g0145	9	458	0.0197	0	c.71 others(4): Show c.718C>A	AICDA	ENSG00000111732.12	transcript	ENST00000229335.11	protein_coding	5/5	718		chr12	TogoVar
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AICDA_chr12_8597170_8617859	8603804	C C	G G	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG02523.hp2 HG02523.hp2	a0001 a0001	a0001c0002 a0001c0002	a0001c0002t0021 a0001c0002t0021	a0001c0002t0021g0170 a0001c0002t0021g0170	1	458	0.0022	0	c.48 others(4): Show c.480G>C	AICDA	ENSG00000111732.12	transcript	ENST00000229335.11	protein_coding	5/5	480		chr12	TogoVar
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