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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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MUC12_chr7_100964565_101023936	101004375	G G	CTACCACA others(6491): Show CTACCACAGCAGCCCGGGCTCAACTCAAACAATGCACTTCCCTGAAAGCG ACACAACTTCAGGCCGTGGTGAAGAATCAACAACTTCCCACAGCAGCACA ACACACACAATATCTTCAGCTCCTAGCACCACATCTGCCCTTGTTGAAGA ACCTACCAGCTACCACAGCAGCCCGGGCTCAACTGCAACAACACACTTCC CTGACAGCTCCACAACCTCAGGCCGTAGTGAGGAATCAACAGCATCCCAC AGCAGCCAAGACGCAACGGGAACAATAGTCCTACCTGCCCGCTCCACAAC CTCAGTTCTTCTTGGAGAATCTACGACCTCACCCATCAGTTCAGGCTCAA TGGAAACGACAGCGTTACCCGGCAGTACCACAATGCCAGGCCTCAGTGAG AAATCTACCACTTTCCACAGTAGCCCCAGATCACCAGCCACAACACTCTC ACCTGCCAGCACGACAAGCTCAGGCGTCAGTGAAGAATCCACCACCTCCC ACAGCCGACCAGGCTCAACGCACACAACAGCATTCCCTGACAGCACCACC ACGCCAGGCCTCAGTCGGCATTCTACAACTTCCCACAGCAGCCCAGGCTC AACGGATACAACACTGTTACCTGCCAGCACCACCACCTCAGGCCCCAGTC AGGAATCAACAACTTCCCACAGCAGCCCAGGTTCAACTGACACAGCACTG TCCCCTGGCAGTACCACAGCCTTATCCTTTGGTCAAGAATCTACAACCTT CCACAGCAGCCCAGGCTCCACTCACACAACACTCTTCCCTGACAGCACCA CAAGCTCAGGCATCGTTGAAGCATCTACACGCGTCCACAGCAGCACTGGC TCACCACGCACAACACTGTCCCCTGCCAGCTCCACAAGCCCTGGACTTCA 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a0134c0105t0001g0139 a0136c0113t0011g0088 a0137c0104t0001g0087 a0138c0102t0001g0129 a0139c0095t0001g0080 a0141c0068t0001g0073 a0142c0074t0001g0096 a0151c0083t0001g0117 a0153c0091t0001g0053 a0155c0075t0001g0159 a0158c0084t0001g0136 a0159c0077t0001g0098 a0161c0066t0001g0153 a0162c0065t0001g0056 a0163c0061t0001g0161 a0164c0049t0001g0054 a0165c0108t0001g0081 a0166c0109t0001g0174 a0168c0055t0001g0086 a0169c0053t0001g0132 a0171c0111t0001g0051 a0172c0050t0001g0203 a0174c0116t0001g0107 a0183c0118t0001g0182 a0185c0029t0001g0155 a0186c0128t0001g0170 a0187c0026t0001g0050	83	249	0.3333	144	c.121 others(155): Show c.12167_12168insGGCATCCACAGGTCAGGCCACCCCTCTTCCTGTC ACCAGCCTTTCCTCAGTATCAACAGGTGACACCACGCCTCTTCCTGTCAC CATCCCTTCCTCAGCATCCTCAGGTCACACCACCTCTCTTCCTGTCAGCG ACACTTCCTC	p.Ser others(159): Show p.Ser4056_Leu4057insAlaSerThrGlyGlnAlaThrProLeuPro ValThrSerLeuSerSerValSerThrGlyAspThrThrProLeuProVa lThrIleProSerSerAlaSerSerGlyHisThrThrSerLeuProValS 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MUC4_chr3_195741771_195816929	195779601	T T	TGCTGAGG others(89): Show TGCTGAGGAAGTGCTGGTGACAGGAAGAGGGGTGGCGTGTCCTGTGGATG CCGAGGAAACGTCGGTGACAGGAAGACGGGTGGTGTCATCTGTGGAA	disruptive_inframe_insertion disruptive_inframe_insertion	MODERATE	HG02257.hp1 HG02257.hp1	a0093 a0093	a0093c0179 a0093c0179	a0093c0179t0012 a0093c0179t0012	a0093c0179t0012g0236 a0093c0179t0012g0236	1	249	0.0040	96	c.119 others(107): Show c.11978_11979insTTCCACAGATGACACCACCCGTCTTCCTGTCACC GACGTTTCCTCGGCATCCACAGGACACGCCACCCCTCTTCCTGTCACCAG CACTTCCTCAGC	p.Val others(111): Show p.Val3993_Ser3994insSerThrAspAspThrThrArgLeuProVal ThrAspValSerSerAlaSerThrGlyHisAlaThrProLeuProValTh rSerThrSerSerAla	MUC4	ENSG00000145113.22	transcript	ENST00000463781.8	protein_coding	2/25	12090/16756	11978/16239	3993/5412		chr3	TogoVar
MUC4_chr3_195741771_195816929	195779877	G G	GTGACCTG others(425): Show GTGACCTGTGGATACTGAGGAAGTGTCGGTGACAGGCACAGGGGTGGTGT CACCTGTGGATGCTGAGGAAGGGCTGGTGACATGAAGAGGGGTGGTGTCA CCTGTGGATGCTGAGGAAGTGTCGGTGACATGAAGAGGGGTGGCGTGACC TGTGGATGATGAGGAAGTCTCGGTGACAACAAGAGGGGTGGTGTCACCTG TGGATGATGAGGAAGTGTCGGTGACAGGAAGAGAGGTGGTGTCACCTGTG TATGCTGAGGAAGTGTCGGTGACAGGAAGAGAGGTGGTGTCACCTGTGGA TGCTGAGGAAGTGTCGGTGACAGGAAGAGAGGTGGCATGACCGGTGGATG CTGAGGAAGGGCTAGTGACAGGAAGAGGCGTGGTGTCACCTGTGGATACT GAGGAAAGGCTGGTGACAGGAAGAGGGGTGGCC	disruptive_inframe_insertion disruptive_inframe_insertion	MODERATE	HG02717.hp2 HG02717.hp2	a0055 a0055	a0055c0143 a0055c0143	a0055c0143t0001 a0055c0143t0001	a0055c0143t0001g0007 a0055c0143t0001g0007	1	249	0.0040	432	c.117 others(443): Show c.11702_11703insGGCCACCCCTCTTCCTGTCACCAGCCTTTCCTCA GTATCCACAGGTGACACCACGCCTCTTCCTGTCACTAGCCCTTCCTCAGC ATCCACCGGTCATGCCACCTCTCTTCCTGTCACCGACACTTCCTCAGCAT CCACAGGTGACACCACCTCTCTTCCTGTCACCGACACTTCCTCAGCATAC ACAGGTGACACCACCTCTCTTCCTGTCACCGACACTTCCTCATCATCCAC AGGTGACACCACCCCTCTTGTTGTCACCGAGACTTCCTCATCATCCACAG GTCACGCCACCCCTCTTCATGTCACCGACACTTCCTCAGCATCCACAGGT GACACCACCCCTCTTCATGTCACCAGCCCTTCCTCAGCATCCACAGGTGA CACCACCCCTGTGCCTGTCACCGACACTTCCTCAGTATCCACAGGTCA	p.Arg others(447): Show p.Arg3900_His3901insGlnAlaThrProLeuProValThrSerLeu SerSerValSerThrGlyAspThrThrProLeuProValThrSerProSe rSerAlaSerThrGlyHisAlaThrSerLeuProValThrAspThrSerS erAlaSerThrGlyAspThrThrSerLeuProValThrAspThrSerSer AlaTyrThrGlyAspThrThrSerLeuProValThrAspThrSerSerSe rSerThrGlyAspThrThrProLeuValValThrGluThrSerSerSerS erThrGlyHisAlaThrProLeuHisValThrAspThrSerSerAlaSer ThrGlyAspThrThrProLeuHisValThrSerProSerSerAlaSerTh rGlyAspThrThrProValProValThrAspThrSerSerValSerThrG ly	MUC4	ENSG00000145113.22	transcript	ENST00000463781.8	protein_coding	2/25	11814/16756	11702/16239	3901/5412		chr3	TogoVar
MUC4_chr3_195741771_195816929	195779877	G G	GTGACCTG others(425): Show GTGACCTGTGGATACTGAGGAAGTGTCGGTGACAGGCACAGGGGTGGTGT CACCTGTGGATGCTGAGGAAGGGCTGGTGACATGAAGAGGGGTGGTGTCA CCTGTGGATGCTGAGGAAGTGTCGGTGACATGAAGAGGGGTGGCGTGACC TGTGGATGATGAGGAAGTCTCGGTGACAAGAAGAGGGGTGGTGTCACCTG TGGATGATGAGGAAGTGTCGGTGACAGGAAGAGAGGTGGTGTCACCTGTG TATGCTGAGGAAGTGTCGGTGACAGGAAGAGAGGTGGTGTCACCTGTGGA TGCTGAGGAAGTGTCGGTGACAGGAAGAGAGGTGGCATGACCGGTGGATG CTGAGGAAGGGCTAGTGACAGGAAGAGGCGTGGTGTCACCTGTGGATACT GAGGAAAGGCTGGTGACAGGAAGAGGGGTGGCC	disruptive_inframe_insertion disruptive_inframe_insertion	MODERATE	NA18906.hp1 NA18906.hp1	a0056 a0056	a0056c0142 a0056c0142	a0056c0142t0007 a0056c0142t0007	a0056c0142t0007g0006 a0056c0142t0007g0006	1	249	0.0040	432	c.117 others(443): Show c.11702_11703insGGCCACCCCTCTTCCTGTCACCAGCCTTTCCTCA GTATCCACAGGTGACACCACGCCTCTTCCTGTCACTAGCCCTTCCTCAGC ATCCACCGGTCATGCCACCTCTCTTCCTGTCACCGACACTTCCTCAGCAT CCACAGGTGACACCACCTCTCTTCCTGTCACCGACACTTCCTCAGCATAC ACAGGTGACACCACCTCTCTTCCTGTCACCGACACTTCCTCATCATCCAC AGGTGACACCACCCCTCTTCTTGTCACCGAGACTTCCTCATCATCCACAG GTCACGCCACCCCTCTTCATGTCACCGACACTTCCTCAGCATCCACAGGT GACACCACCCCTCTTCATGTCACCAGCCCTTCCTCAGCATCCACAGGTGA CACCACCCCTGTGCCTGTCACCGACACTTCCTCAGTATCCACAGGTCA	p.Arg others(447): Show p.Arg3900_His3901insGlnAlaThrProLeuProValThrSerLeu SerSerValSerThrGlyAspThrThrProLeuProValThrSerProSe rSerAlaSerThrGlyHisAlaThrSerLeuProValThrAspThrSerS erAlaSerThrGlyAspThrThrSerLeuProValThrAspThrSerSer AlaTyrThrGlyAspThrThrSerLeuProValThrAspThrSerSerSe rSerThrGlyAspThrThrProLeuLeuValThrGluThrSerSerSerS erThrGlyHisAlaThrProLeuHisValThrAspThrSerSerAlaSer ThrGlyAspThrThrProLeuHisValThrSerProSerSerAlaSerTh rGlyAspThrThrProValProValThrAspThrSerSerValSerThrG ly	MUC4	ENSG00000145113.22	transcript	ENST00000463781.8	protein_coding	2/25	11814/16756	11702/16239	3901/5412		chr3	TogoVar
MUC4_chr3_195741771_195816929	195779931	T T	TGTGGATG others(41): Show TGTGGATGCTAAGGAAGTGCTGGTGACAGGAACAGGGGTGGCGTGACCG	disruptive_inframe_insertion disruptive_inframe_insertion	MODERATE	HG01070.hp1 HG01070.hp1	a0150 a0150	a0150c0093 a0150c0093	a0150c0093t0001 a0150c0093t0001	a0150c0093t0001g0119 a0150c0093t0001g0119	1	249	0.0040	48	c.116 others(59): Show c.11648_11649insCGGTCACGCCACCCCTGTTCCTGTCACCAGCACT TCCTTAGCATCCAC	p.Thr others(63): Show p.Thr3883_Gly3884insGlyHisAlaThrProValProValThrSer ThrSerLeuAlaSerThr	MUC4	ENSG00000145113.22	transcript	ENST00000463781.8	protein_coding	2/25	11760/16756	11648/16239	3883/5412		chr3	TogoVar
MUC4_chr3_195741771_195816929	195779967	G G	GGTGGCGT others(425): Show GGTGGCGTGACCTGTGGATACTGAGGAAGTGTCGGTGACAGGCACAGGGG TGGCGTGACCTGTGGATGCTGAGGAAGTGTCGGTGACAAGAAGAGGAGTG GCGTGACCTGTGGATACTGAGGAAGTCTCGGTGACAAGAAGAGGGGTGGT GTCACCTGTGGATGATGAGGAAGTGTCGGTGACAGGAAGAGAGGTGGTGT CACCTGTGTATGCTGAGGAAGTGTCGGTGACAGGAAGAGAGGTGGTGTCA CCTGTGGATGCTGAGGAAGTGTCGGTGACAGGAAGAGAGGTGGCATGACC GGTGGATGCTGAGGAAGGGCTAGTGACAGGAAGAGGCGTGGTGTCACCTG TGGATACTGAGGAAAGGCTGGTGAGAGGAAGAGGGGTGGCCTGACCTGTG GATGCTGAGGAAGCGTCGGTGACAAGAAGAGGA	disruptive_inframe_insertion disruptive_inframe_insertion	MODERATE	HG02451.hp1 HG02451.hp1	a0057 a0057	a0057c0148 a0057c0148	a0057c0148t0008 a0057c0148t0008	a0057c0148t0008g0198 a0057c0148t0008g0198	1	249	0.0040	432	c.116 others(443): Show c.11612_11613insTCCTCTTCTTGTCACCGACGCTTCCTCAGCATCC ACAGGTCAGGCCACCCCTCTTCCTCTCACCAGCCTTTCCTCAGTATCCAC AGGTGACACCACGCCTCTTCCTGTCACTAGCCCTTCCTCAGCATCCACCG GTCATGCCACCTCTCTTCCTGTCACCGACACTTCCTCAGCATCCACAGGT GACACCACCTCTCTTCCTGTCACCGACACTTCCTCAGCATACACAGGTGA CACCACCTCTCTTCCTGTCACCGACACTTCCTCATCATCCACAGGTGACA CCACCCCTCTTCTTGTCACCGAGACTTCCTCAGTATCCACAGGTCACGCC ACTCCTCTTCTTGTCACCGACACTTCCTCAGCATCCACAGGTCACGCCAC CCCTGTGCCTGTCACCGACACTTCCTCAGTATCCACAGGTCACGCCAC	p.Thr others(447): Show p.Thr3871_Pro3872insProLeuLeuValThrAspAlaSerSerAla SerThrGlyGlnAlaThrProLeuProLeuThrSerLeuSerSerValSe rThrGlyAspThrThrProLeuProValThrSerProSerSerAlaSerT hrGlyHisAlaThrSerLeuProValThrAspThrSerSerAlaSerThr GlyAspThrThrSerLeuProValThrAspThrSerSerAlaTyrThrGl yAspThrThrSerLeuProValThrAspThrSerSerSerSerThrGlyA spThrThrProLeuLeuValThrGluThrSerSerValSerThrGlyHis AlaThrProLeuLeuValThrAspThrSerSerAlaSerThrGlyHisAl aThrProValProValThrAspThrSerSerValSerThrGlyHisAlaT hr	MUC4	ENSG00000145113.22	transcript	ENST00000463781.8	protein_coding	2/25	11724/16756	11612/16239	3871/5412		chr3	TogoVar
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