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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ABHD1_chr2_27118815_27135812	27130762	G G	C C	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG01099.hp1 HG01099.hp1	a0002 a0002	a0002c0002 a0002c0002	a0002c0002t0003 a0002c0002t0003	a0002c0002t0003g0072 a0002c0002t0003g0072	1	400	0.0025	0	c.18 others(3): Show c.18G>C	ABHD1	ENSG00000143994.14	transcript	ENST00000316470.9	protein_coding	9/9	18		chr2	TogoVar
ABHD2_chr15_89083456_89207355	89195523	G G	C C	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG01243.hp2 HG02145.hp2 HG02280.hp1 others(5): Show HG01243.hp2 HG02145.hp2 HG02280.hp1 HG02451.hp1 HG06807.hp2 NA18906.hp1 NA19030.hp1 NA20129.hp1	a0001 a0001	a0001c0002 a0001c0007 a0001c0002 a0001c0007	a0001c0002t0007 a0001c0002t0017 a0001c0002t0023 others(1): Show a0001c0002t0007 a0001c0002t0017 a0001c0002t0023 a0001c0007t0007	a0001c0002t0007g0020 a0001c0002t0007g0040 a0001c0002t0007g0111 others(5): Show a0001c0002t0007g0020 a0001c0002t0007g0040 a0001c0002t0007g0111 a0001c0002t0007g0153 a0001c0002t0017g0005 a0001c0002t0017g0008 a0001c0002t0023g0112 a0001c0007t0007g0225	8	234	0.0342	0	c.10 others(4): Show c.100G>C	ABHD2	ENSG00000140526.18	transcript	ENST00000352732.10	protein_coding	11/11	100		chr15	TogoVar
ABHD2_chr15_89083456_89207355	89195674	T T	C C	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG01243.hp1 HG02717.hp2 HG01243.hp1 HG02717.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0018 a0001c0001t0018	a0001c0001t0018g0033 a0001c0001t0018g0036 a0001c0001t0018g0033 a0001c0001t0018g0036	2	234	0.0086	0	c.25 others(4): Show c.251T>C	ABHD2	ENSG00000140526.18	transcript	ENST00000352732.10	protein_coding	11/11	251		chr15	TogoVar
ABHD2_chr15_89083456_89207355	89195861	A A	G G	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG02258.hp2 HG02723.hp1 HG03098.hp1 HG02258.hp2 HG02723.hp1 HG03098.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0016 a0001c0001t0016	a0001c0001t0016g0066 a0001c0001t0016g0080 a0001c0001t0016g0147 a0001c0001t0016g0066 a0001c0001t0016g0080 a0001c0001t0016g0147	3	234	0.0128	0	c.43 others(4): Show c.438A>G	ABHD2	ENSG00000140526.18	transcript	ENST00000352732.10	protein_coding	11/11	438		chr15	TogoVar
ABHD2_chr15_89083456_89207355	89195886	G G	T T	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG01243.hp1 HG02717.hp2 HG01243.hp1 HG02717.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0018 a0001c0001t0018	a0001c0001t0018g0033 a0001c0001t0018g0036 a0001c0001t0018g0033 a0001c0001t0018g0036	2	234	0.0086	0	c.46 others(4): Show c.463G>T	ABHD2	ENSG00000140526.18	transcript	ENST00000352732.10	protein_coding	11/11	463		chr15	TogoVar
ABHD2_chr15_89083456_89207355	89196028	G G	C C	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG00280.hp2 HG00438.hp1 HG00438.hp2 others(134): Show HG00280.hp2 HG00438.hp1 HG00438.hp2 HG00544.hp1 HG00544.hp2 HG00738.hp1 HG00741.hp1 HG01070.hp1 HG01081.hp1 HG01099.hp1 HG01106.hp1 HG01106.hp2 HG01109.hp1 HG01109.hp2 HG01167.hp2 HG01169.hp1 HG01169.hp2 HG01243.hp1 HG01243.hp2 HG01256.hp1 HG01258.hp2 HG01361.hp1 HG01433.hp1 HG01433.hp2 HG01517.hp1 HG01517.hp2 HG01884.hp2 HG01891.hp2 HG01928.hp1 HG01952.hp2 HG02004.hp2 HG02027.hp1 HG02027.hp2 HG02040.hp1 HG02055.hp1 HG02071.hp1 HG02071.hp2 HG02109.hp1 HG02109.hp2 HG02129.hp1 HG02145.hp1 HG02145.hp2 HG02165.hp1 HG02165.hp2 HG02258.hp2 HG02273.hp1 HG02273.hp2 HG02280.hp1 HG02293.hp1 HG02451.hp1 HG02559.hp1 HG02602.hp1 HG02602.hp2 HG02622.hp1 HG02622.hp2 HG02630.hp2 HG02647.hp1 HG02647.hp2 HG02717.hp2 HG02723.hp1 HG02735.hp2 HG02738.hp2 HG02922.hp1 HG02922.hp2 HG02970.hp1 HG02976.hp1 HG03041.hp1 HG03041.hp2 HG03098.hp1 HG03130.hp1 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