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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ABHD5_chr3_43685938_43727725	43720288	G G	A A	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	NA18993.hp1 NA18993.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0020 a0001c0001t0020	a0001c0001t0020g0180 a0001c0001t0020g0180	1	286	0.0035	0	c.17 others(5): Show c.1756G>A	ABHD5	ENSG00000011198.10	transcript	ENST00000644371.2	protein_coding	7/7	1756		chr3	TogoVar
ABHD5_chr3_43685938_43727725	43720288	G G	C C	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG01934.hp1 HG01934.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0019 a0001c0001t0019	a0001c0001t0019g0175 a0001c0001t0019g0175	1	286	0.0035	0	c.17 others(5): Show c.1756G>C	ABHD5	ENSG00000011198.10	transcript	ENST00000644371.2	protein_coding	7/7	1756		chr3	TogoVar
ABHD5_chr3_43685938_43727725	43720288	G G	T T	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG00408.hp1 HG00738.hp2 HG01070.hp2 others(52): Show HG00408.hp1 HG00738.hp2 HG01070.hp2 HG01071.hp2 HG01074.hp1 HG01099.hp2 HG01168.hp1 HG01169.hp2 HG01496.hp2 HG02004.hp1 HG02056.hp1 HG02071.hp1 HG02074.hp1 HG02080.hp1 HG02129.hp2 HG02155.hp2 HG02293.hp2 HG02723.hp1 HG02735.hp1 HG02738.hp2 HG02809.hp1 HG03017.hp2 HG03041.hp2 HG03139.hp2 HG03195.hp1 HG03471.hp2 HG03516.hp2 HG03669.hp1 HG03710.hp2 HG04199.hp2 HG06807.hp2 NA18943.hp2 NA18956.hp2 NA18961.hp2 NA18962.hp1 NA18963.hp2 NA18964.hp1 NA18968.hp2 NA18974.hp2 NA18979.hp1 NA18990.hp2 NA18994.hp2 NA18995.hp1 NA18998.hp2 NA18999.hp2 NA19009.hp2 NA19011.hp2 NA19043.hp2 NA19063.hp1 NA19065.hp1 NA19068.hp1 NA19076.hp2 NA19084.hp1 NA19089.hp1 NA19090.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0003 a0001c0001t0008 a0001c0001t0011 others(4): Show a0001c0001t0003 a0001c0001t0008 a0001c0001t0011 a0001c0001t0021 a0001c0001t0022 a0001c0001t0023 a0001c0001t0024	a0001c0001t0003g0001 a0001c0001t0003g0005 a0001c0001t0003g0011 others(30): Show a0001c0001t0003g0001 a0001c0001t0003g0005 a0001c0001t0003g0011 a0001c0001t0003g0012 a0001c0001t0003g0032 a0001c0001t0003g0045 a0001c0001t0003g0165 a0001c0001t0003g0166 a0001c0001t0003g0167 a0001c0001t0003g0168 a0001c0001t0003g0169 a0001c0001t0003g0171 a0001c0001t0003g0172 a0001c0001t0003g0173 a0001c0001t0003g0174 a0001c0001t0003g0176 a0001c0001t0003g0177 a0001c0001t0003g0178 a0001c0001t0003g0179 a0001c0001t0003g0181 a0001c0001t0003g0182 a0001c0001t0003g0184 a0001c0001t0003g0185 a0001c0001t0003g0188 a0001c0001t0003g0194 a0001c0001t0008g0001 a0001c0001t0011g0170 a0001c0001t0011g0183 a0001c0001t0011g0186 a0001c0001t0021g0011 a0001c0001t0022g0187 a0001c0001t0023g0001 a0001c0001t0024g0164	55	286	0.1923	0	c.17 others(5): Show c.1756G>T	ABHD5	ENSG00000011198.10	transcript	ENST00000644371.2	protein_coding	7/7	1756		chr3	TogoVar
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ABHD5_chr3_43685938_43727725	43720291	T T	C C	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG01934.hp1 HG01934.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0019 a0001c0001t0019	a0001c0001t0019g0175 a0001c0001t0019g0175	1	286	0.0035	0	c.17 others(5): Show c.1759T>C	ABHD5	ENSG00000011198.10	transcript	ENST00000644371.2	protein_coding	7/7	1759		chr3	TogoVar
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