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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	achapids	acthapids	actghapids	ac	an	af	len	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	status	chr	external
ABHD8_chr19_17287131_17308425	17292200	T T	TC TC	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG00597.hp2 HG00642.hp2 HG01099.hp2 others(46): Show HG00597.hp2 HG00642.hp2 HG01099.hp2 HG01109.hp2 HG01192.hp2 HG01261.hp1 HG01261.hp2 HG01884.hp1 HG01884.hp2 HG01934.hp1 HG01978.hp1 HG01978.hp2 HG02074.hp2 HG02135.hp1 HG02148.hp2 HG02280.hp2 HG02293.hp2 HG02486.hp2 HG02523.hp2 HG02572.hp2 HG02615.hp2 HG02683.hp2 HG02738.hp1 HG02738.hp2 HG02809.hp1 HG02818.hp1 HG02818.hp2 HG02895.hp1 HG02897.hp1 HG02976.hp1 HG03041.hp2 HG03225.hp2 HG03486.hp2 HG03490.hp1 HG03540.hp1 HG03654.hp1 HG03831.hp1 HG04115.hp1 HG04228.hp1 NA18954.hp2 NA18975.hp2 NA18979.hp2 NA18980.hp1 NA18997.hp1 NA18997.hp2 NA19043.hp1 NA19086.hp1 NA19090.hp1 NA20300.hp2	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004 others(2): Show a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004 a0001c0006 a0002c0002	a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 a0001c0001t0012 others(5): Show a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 a0001c0001t0012 a0001c0001t0016 a0001c0003t0007 a0001c0004t0018 a0001c0006t0005 a0002c0002t0005	a0001c0001t0005g0020 a0001c0001t0005g0022 a0001c0001t0005g0087 others(44): Show a0001c0001t0005g0020 a0001c0001t0005g0022 a0001c0001t0005g0087 a0001c0001t0005g0089 a0001c0001t0005g0099 a0001c0001t0005g0124 a0001c0001t0005g0125 a0001c0001t0005g0128 a0001c0001t0005g0139 a0001c0001t0006g0181 a0001c0001t0006g0192 a0001c0001t0006g0197 a0001c0001t0006g0201 a0001c0001t0006g0216 a0001c0001t0006g0218 a0001c0001t0006g0230 a0001c0001t0006g0244 a0001c0001t0006g0249 a0001c0001t0006g0252 a0001c0001t0006g0266 a0001c0001t0006g0271 a0001c0001t0006g0272 a0001c0001t0006g0275 a0001c0001t0006g0278 a0001c0001t0006g0290 a0001c0001t0006g0291 a0001c0001t0012g0145 a0001c0001t0016g0188 a0001c0003t0007g0039 a0001c0003t0007g0048 a0001c0003t0007g0049 a0001c0003t0007g0056 a0001c0003t0007g0058 a0001c0003t0007g0068 a0001c0003t0007g0076 a0001c0003t0007g0078 a0001c0003t0007g0079 a0001c0003t0007g0080 a0001c0004t0018g0293 a0001c0006t0005g0126 a0001c0006t0005g0131 a0002c0002t0005g0101 a0002c0002t0005g0112 a0002c0002t0005g0118 a0002c0002t0005g0156 a0002c0002t0005g0162 a0002c0002t0005g0176	49	386	0.1269	1	c.46 others(5): Show c.460dupG	ABHD8	ENSG00000127220.6	transcript	ENST00000247706.4	protein_coding	5/5	460		chr19	TogoVar
ABHD8_chr19_17287131_17308425	17292207	C C	T T	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	NA20805.hp1 NA20805.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0017 a0001c0001t0017	a0001c0001t0017g0184 a0001c0001t0017g0184	1	386	0.0026	0	c.45 others(4): Show c.454G>A	ABHD8	ENSG00000127220.6	transcript	ENST00000247706.4	protein_coding	5/5	454		chr19	TogoVar
ABHD8_chr19_17287131_17308425	17292224	C C	A A	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG00099.hp2 HG00280.hp2 HG00323.hp1 others(40): Show HG00099.hp2 HG00280.hp2 HG00323.hp1 HG00639.hp2 HG00642.hp2 HG00738.hp1 HG01123.hp2 HG01167.hp1 HG01169.hp2 HG01243.hp1 HG01257.hp1 HG01258.hp1 HG01981.hp2 HG02145.hp1 HG02145.hp2 HG02293.hp2 HG02451.hp2 HG02486.hp2 HG02559.hp2 HG02630.hp1 HG02630.hp2 HG02735.hp2 HG02896.hp2 HG02897.hp2 HG02970.hp2 HG02976.hp2 HG03017.hp2 HG03041.hp1 HG03139.hp1 HG03225.hp1 HG03239.hp1 HG03453.hp1 HG03453.hp2 HG03834.hp2 HG03942.hp2 HG04184.hp2 HG06807.hp1 NA18522.hp1 NA18522.hp2 NA18906.hp2 NA19240.hp1 NA19240.hp2 NA20805.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004 a0001c0001 a0001c0003 a0001c0004	a0001c0001t0004 a0001c0001t0008 a0001c0001t0012 others(5): Show a0001c0001t0004 a0001c0001t0008 a0001c0001t0012 a0001c0001t0013 a0001c0001t0016 a0001c0003t0010 a0001c0004t0009 a0001c0004t0018	a0001c0001t0004g0021 a0001c0001t0004g0023 a0001c0001t0004g0024 others(35): Show a0001c0001t0004g0021 a0001c0001t0004g0023 a0001c0001t0004g0024 a0001c0001t0004g0086 a0001c0001t0004g0097 a0001c0001t0004g0122 a0001c0001t0004g0130 a0001c0001t0004g0132 a0001c0001t0004g0133 a0001c0001t0004g0134 a0001c0001t0004g0135 a0001c0001t0004g0136 a0001c0001t0004g0140 a0001c0001t0004g0141 a0001c0001t0004g0142 a0001c0001t0004g0143 a0001c0001t0004g0144 a0001c0001t0004g0146 a0001c0001t0004g0147 a0001c0001t0004g0148 a0001c0001t0004g0149 a0001c0001t0004g0150 a0001c0001t0004g0166 a0001c0001t0004g0168 a0001c0001t0004g0169 a0001c0001t0004g0170 a0001c0001t0004g0180 a0001c0001t0008g0009 a0001c0001t0008g0185 a0001c0001t0008g0186 a0001c0001t0008g0187 a0001c0001t0012g0145 a0001c0001t0013g0137 a0001c0001t0016g0188 a0001c0003t0010g0075 a0001c0004t0009g0292 a0001c0004t0009g0294 a0001c0004t0018g0293	43	386	0.1114	0	c.43 others(4): Show c.437G>T	ABHD8	ENSG00000127220.6	transcript	ENST00000247706.4	protein_coding	5/5	437		chr19	TogoVar
ABHD8_chr19_17287131_17308425	17292367	C C	A A	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG03453.hp1 HG03453.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0013 a0001c0001t0013	a0001c0001t0013g0137 a0001c0001t0013g0137	1	386	0.0026	0	c.29 others(4): Show c.294G>T	ABHD8	ENSG00000127220.6	transcript	ENST00000247706.4	protein_coding	5/5	294		chr19	TogoVar
ABHD8_chr19_17287131_17308425	17292437	A A	G G	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG06807.hp2 HG06807.hp2	a0001 a0001	a0001c0012 a0001c0012	a0001c0012t0011 a0001c0012t0011	a0001c0012t0011g0082 a0001c0012t0011g0082	1	386	0.0026	0	c.22 others(4): Show c.224T>C	ABHD8	ENSG00000127220.6	transcript	ENST00000247706.4	protein_coding	5/5	224		chr19	TogoVar
ABHD8_chr19_17287131_17308425	17292552	A A	G G	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG00280.hp2 HG00323.hp1 HG00639.hp2 others(29): Show HG00280.hp2 HG00323.hp1 HG00639.hp2 HG00642.hp2 HG01167.hp1 HG01169.hp2 HG01243.hp1 HG01257.hp1 HG01258.hp1 HG01981.hp2 HG02145.hp1 HG02145.hp2 HG02559.hp2 HG02630.hp1 HG02630.hp2 HG02735.hp2 HG02896.hp2 HG02897.hp2 HG02976.hp2 HG03017.hp2 HG03041.hp1 HG03139.hp1 HG03225.hp1 HG03239.hp1 HG03453.hp1 HG03942.hp2 HG04184.hp2 NA18522.hp1 NA18522.hp2 NA18906.hp2 NA19240.hp1 NA20805.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0004 a0001c0001t0012 a0001c0001t0013 a0001c0001t0004 a0001c0001t0012 a0001c0001t0013	a0001c0001t0004g0021 a0001c0001t0004g0023 a0001c0001t0004g0024 others(26): Show a0001c0001t0004g0021 a0001c0001t0004g0023 a0001c0001t0004g0024 a0001c0001t0004g0086 a0001c0001t0004g0097 a0001c0001t0004g0122 a0001c0001t0004g0130 a0001c0001t0004g0132 a0001c0001t0004g0133 a0001c0001t0004g0134 a0001c0001t0004g0135 a0001c0001t0004g0136 a0001c0001t0004g0140 a0001c0001t0004g0141 a0001c0001t0004g0142 a0001c0001t0004g0143 a0001c0001t0004g0144 a0001c0001t0004g0146 a0001c0001t0004g0147 a0001c0001t0004g0148 a0001c0001t0004g0149 a0001c0001t0004g0150 a0001c0001t0004g0166 a0001c0001t0004g0168 a0001c0001t0004g0169 a0001c0001t0004g0170 a0001c0001t0004g0180 a0001c0001t0012g0145 a0001c0001t0013g0137	32	386	0.0829	0	c.10 others(4): Show c.109T>C	ABHD8	ENSG00000127220.6	transcript	ENST00000247706.4	protein_coding	5/5	109		chr19	TogoVar
ABHD8_chr19_17287131_17308425	17292605	C C	G G	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG00099.hp2 HG00738.hp1 HG01123.hp2 others(5): Show HG00099.hp2 HG00738.hp1 HG01123.hp2 HG02293.hp2 HG02451.hp2 HG03453.hp2 HG03834.hp2 HG06807.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0001 a0001c0003	a0001c0001t0008 a0001c0001t0016 a0001c0003t0010 a0001c0001t0008 a0001c0001t0016 a0001c0003t0010	a0001c0001t0008g0009 a0001c0001t0008g0185 a0001c0001t0008g0186 others(3): Show a0001c0001t0008g0009 a0001c0001t0008g0185 a0001c0001t0008g0186 a0001c0001t0008g0187 a0001c0001t0016g0188 a0001c0003t0010g0075	8	386	0.0207	0	c.56 others(3): Show c.56G>C	ABHD8	ENSG00000127220.6	transcript	ENST00000247706.4	protein_coding	5/5	56		chr19	TogoVar
ABHD8_chr19_17287131_17308425	17292652	G G	T T	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	NA18970.hp1 NA18970.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0015 a0001c0001t0015	a0001c0001t0015g0269 a0001c0001t0015g0269	1	386	0.0026	0	c.9C others(2): Show c.9C>A	ABHD8	ENSG00000127220.6	transcript	ENST00000247706.4	protein_coding	5/5	9		chr19	TogoVar
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ABI1_chr10_26741596_26865958	26746737	A A	T T	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG02109.hp2 HG02572.hp2 HG02615.hp1 HG02109.hp2 HG02572.hp2 HG02615.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0008 a0001c0001t0008	a0001c0001t0008g0016 a0001c0001t0008g0017 a0001c0001t0008g0018 a0001c0001t0008g0016 a0001c0001t0008g0017 a0001c0001t0008g0018	3	358	0.0084	0	c.18 others(5): Show c.1833T>A	ABI1	ENSG00000136754.18	transcript	ENST00000376140.4	protein_coding	11/11	1833		chr10	TogoVar
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