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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ABL2_chr1_179094330_179234677	179101643	T T	C C	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG01070.hp1 HG01071.hp1 HG02109.hp2 others(1): Show HG01070.hp1 HG01071.hp1 HG02109.hp2 HG02559.hp1	a0002 a0002	a0002c0005 a0002c0005	a0002c0005t0022 a0002c0005t0022	a0002c0005t0022g0253 a0002c0005t0022g0275 a0002c0005t0022g0276 others(1): Show a0002c0005t0022g0253 a0002c0005t0022g0275 a0002c0005t0022g0276 a0002c0005t0022g0277	4	350	0.0114	0	c.60 others(5): Show c.6075A>G	ABL2	ENSG00000143322.22	transcript	ENST00000502732.6	protein_coding	12/12	6075	chr1	TogoVar
ABL2_chr1_179094330_179234677	179101780	G G	C C	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG01070.hp1 HG01071.hp1 HG02109.hp2 others(1): Show HG01070.hp1 HG01071.hp1 HG02109.hp2 HG02559.hp1	a0002 a0002	a0002c0005 a0002c0005	a0002c0005t0022 a0002c0005t0022	a0002c0005t0022g0253 a0002c0005t0022g0275 a0002c0005t0022g0276 others(1): Show a0002c0005t0022g0253 a0002c0005t0022g0275 a0002c0005t0022g0276 a0002c0005t0022g0277	4	350	0.0114	0	c.59 others(5): Show c.5938C>G	ABL2	ENSG00000143322.22	transcript	ENST00000502732.6	protein_coding	12/12	5938	chr1	TogoVar
ABL2_chr1_179094330_179234677	179101802	G G	C C	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG00597.hp2 HG01106.hp1 HG01433.hp2 others(14): Show HG00597.hp2 HG01106.hp1 HG01433.hp2 HG01496.hp1 HG01934.hp1 HG01952.hp2 HG02071.hp1 HG02132.hp2 HG02165.hp2 NA18943.hp2 NA18964.hp1 NA18979.hp1 NA18991.hp1 NA18998.hp2 NA19065.hp2 NA19079.hp2 NA19086.hp2	a0001 a0001	a0001c0003 a0001c0003	a0001c0003t0023 a0001c0003t0028 a0001c0003t0029 others(9): Show a0001c0003t0023 a0001c0003t0028 a0001c0003t0029 a0001c0003t0030 a0001c0003t0046 a0001c0003t0047 a0001c0003t0048 a0001c0003t0049 a0001c0003t0050 a0001c0003t0051 a0001c0003t0052 a0001c0003t0054	a0001c0003t0023g0009 a0001c0003t0023g0010 a0001c0003t0023g0011 others(14): Show a0001c0003t0023g0009 a0001c0003t0023g0010 a0001c0003t0023g0011 a0001c0003t0028g0001 a0001c0003t0028g0016 a0001c0003t0029g0008 a0001c0003t0029g0018 a0001c0003t0030g0005 a0001c0003t0030g0006 a0001c0003t0046g0019 a0001c0003t0047g0013 a0001c0003t0048g0003 a0001c0003t0049g0014 a0001c0003t0050g0007 a0001c0003t0051g0017 a0001c0003t0052g0015 a0001c0003t0054g0004	17	350	0.0486	0	c.59 others(5): Show c.5916C>G	ABL2	ENSG00000143322.22	transcript	ENST00000502732.6	protein_coding	12/12	5916	chr1	TogoVar
ABL2_chr1_179094330_179234677	179101816	A A	G G	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG03927.hp2 HG03927.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0083 a0001c0001t0083	a0001c0001t0083g0194 a0001c0001t0083g0194	1	350	0.0029	0	c.59 others(5): Show c.5902T>C	ABL2	ENSG00000143322.22	transcript	ENST00000502732.6	protein_coding	12/12	5902	chr1	TogoVar
ABL2_chr1_179094330_179234677	179101902	A A	G G	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG00140.hp1 HG00544.hp2 HG00639.hp1 others(16): Show HG00140.hp1 HG00544.hp2 HG00639.hp1 HG00733.hp2 HG01070.hp2 HG01175.hp2 HG01433.hp1 HG01515.hp2 HG02015.hp1 HG02135.hp2 HG06807.hp1 NA18942.hp2 NA18950.hp1 NA18951.hp1 NA18975.hp2 NA19000.hp1 NA19004.hp1 NA19043.hp1 NA19064.hp2	a0001 a0001	a0001c0002 a0001c0002	a0001c0002t0010 a0001c0002t0017 a0001c0002t0044 others(5): Show a0001c0002t0010 a0001c0002t0017 a0001c0002t0044 a0001c0002t0093 a0001c0002t0094 a0001c0002t0095 a0001c0002t0100 a0001c0002t0101	a0001c0002t0010g0254 a0001c0002t0010g0256 a0001c0002t0010g0258 others(16): Show a0001c0002t0010g0254 a0001c0002t0010g0256 a0001c0002t0010g0258 a0001c0002t0010g0261 a0001c0002t0010g0262 a0001c0002t0010g0266 a0001c0002t0010g0267 a0001c0002t0017g0257 a0001c0002t0017g0268 a0001c0002t0017g0269 a0001c0002t0017g0272 a0001c0002t0017g0273 a0001c0002t0044g0264 a0001c0002t0044g0271 a0001c0002t0093g0274 a0001c0002t0094g0255 a0001c0002t0095g0265 a0001c0002t0100g0270 a0001c0002t0101g0263	19	350	0.0543	0	c.58 others(5): Show c.5816T>C	ABL2	ENSG00000143322.22	transcript	ENST00000502732.6	protein_coding	12/12	5816	chr1	TogoVar
ABL2_chr1_179094330_179234677	179101965	G G	GA GA	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG01070.hp1 HG01071.hp1 HG02109.hp2 others(2): Show HG01070.hp1 HG01071.hp1 HG02109.hp2 HG02559.hp1 NA18981.hp1	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0002c0005 a0001c0001 a0002c0005	a0001c0001t0085 a0002c0005t0022 a0001c0001t0085 a0002c0005t0022	a0001c0001t0085g0234 a0002c0005t0022g0253 a0002c0005t0022g0275 others(2): Show a0001c0001t0085g0234 a0002c0005t0022g0253 a0002c0005t0022g0275 a0002c0005t0022g0276 a0002c0005t0022g0277	5	350	0.0143	1	c.57 others(6): Show c.5752dupT	ABL2	ENSG00000143322.22	transcript	ENST00000502732.6	protein_coding	12/12	5752	chr1	TogoVar
ABL2_chr1_179094330_179234677	179101996	C C	CT CT	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG00408.hp1 HG00621.hp1 HG00673.hp2 others(16): Show HG00408.hp1 HG00621.hp1 HG00673.hp2 HG01361.hp1 HG01981.hp2 HG02083.hp2 HG02135.hp1 HG02258.hp2 HG02602.hp1 HG03942.hp1 HG04228.hp1 NA18747.hp1 NA18946.hp2 NA18948.hp2 NA18995.hp1 NA19000.hp2 NA19002.hp1 NA19068.hp1 NA20129.hp2	a0001 a0005 a0001 a0005	a0001c0001 a0005c0010 a0001c0001 a0005c0010	a0001c0001t0006 a0001c0001t0033 a0001c0001t0061 others(5): Show a0001c0001t0006 a0001c0001t0033 a0001c0001t0061 a0001c0001t0063 a0001c0001t0072 a0001c0001t0073 a0001c0001t0080 a0005c0010t0006	a0001c0001t0006g0035 a0001c0001t0006g0038 a0001c0001t0006g0066 others(16): Show a0001c0001t0006g0035 a0001c0001t0006g0038 a0001c0001t0006g0066 a0001c0001t0006g0074 a0001c0001t0006g0075 a0001c0001t0006g0081 a0001c0001t0006g0084 a0001c0001t0006g0092 a0001c0001t0006g0104 a0001c0001t0006g0114 a0001c0001t0006g0118 a0001c0001t0033g0062 a0001c0001t0033g0070 a0001c0001t0061g0031 a0001c0001t0063g0117 a0001c0001t0072g0121 a0001c0001t0073g0122 a0001c0001t0080g0217 a0005c0010t0006g0055	19	350	0.0543	1	c.57 others(6): Show c.5721dupA	ABL2	ENSG00000143322.22	transcript	ENST00000502732.6	protein_coding	12/12	5721	chr1	TogoVar
ABL2_chr1_179094330_179234677	179101996	C C	CTT CTT	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG01243.hp2 HG01515.hp1 HG03239.hp1 others(5): Show HG01243.hp2 HG01515.hp1 HG03239.hp1 NA18947.hp2 NA18981.hp2 NA18991.hp2 NA18993.hp2 NA19062.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0014 a0001c0001t0057 a0001c0001t0060 others(1): Show a0001c0001t0014 a0001c0001t0057 a0001c0001t0060 a0001c0001t0079	a0001c0001t0014g0034 a0001c0001t0014g0079 a0001c0001t0014g0087 others(5): Show a0001c0001t0014g0034 a0001c0001t0014g0079 a0001c0001t0014g0087 a0001c0001t0014g0115 a0001c0001t0014g0116 a0001c0001t0057g0029 a0001c0001t0060g0042 a0001c0001t0079g0212	8	350	0.0229	2	c.57 others(13): Show c.5720_*5721dupAA	ABL2	ENSG00000143322.22	transcript	ENST00000502732.6	protein_coding	12/12	5721	chr1	TogoVar
ABL2_chr1_179094330_179234677	179101996	C C	CTTTT CTTTT	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG01257.hp2 HG02165.hp2 NA18969.hp1 others(3): Show HG01257.hp2 HG02165.hp2 NA18969.hp1 NA19066.hp2 NA19079.hp2 NA19082.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0001 a0001c0003	a0001c0001t0019 a0001c0003t0052 a0001c0003t0054 a0001c0001t0019 a0001c0003t0052 a0001c0003t0054	a0001c0001t0019g0067 a0001c0001t0019g0091 a0001c0001t0019g0098 others(3): Show a0001c0001t0019g0067 a0001c0001t0019g0091 a0001c0001t0019g0098 a0001c0001t0019g0119 a0001c0003t0052g0015 a0001c0003t0054g0004	6	350	0.0171	4	c.57 others(15): Show c.5718_*5721dupAAAA	ABL2	ENSG00000143322.22	transcript	ENST00000502732.6	protein_coding	12/12	5721	chr1	TogoVar
ABL2_chr1_179094330_179234677	179101996	C C	CTTTTTTT others(1): Show CTTTTTTTT	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG00639.hp1 HG01433.hp1 HG01515.hp2 others(6): Show HG00639.hp1 HG01433.hp1 HG01515.hp2 HG01891.hp2 HG06807.hp1 NA18950.hp1 NA19004.hp1 NA19043.hp1 NA20805.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003	a0001c0001t0098 a0001c0002t0017 a0001c0002t0095 others(2): Show a0001c0001t0098 a0001c0002t0017 a0001c0002t0095 a0001c0002t0100 a0001c0003t0053	a0001c0001t0098g0308 a0001c0002t0017g0257 a0001c0002t0017g0268 others(6): Show a0001c0001t0098g0308 a0001c0002t0017g0257 a0001c0002t0017g0268 a0001c0002t0017g0269 a0001c0002t0017g0272 a0001c0002t0017g0273 a0001c0002t0095g0265 a0001c0002t0100g0270 a0001c0003t0053g0002	9	350	0.0257	8	c.57 others(19): Show c.5714_*5721dupAAAAAAAA	ABL2	ENSG00000143322.22	transcript	ENST00000502732.6	protein_coding	12/12	5721	chr1	TogoVar
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