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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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A4GALT_chr22_42687121_42725870	42709150	G G	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00140.hp1 HG00140.hp2 HG00280.hp2 others(236): Show HG00140.hp1 HG00140.hp2 HG00280.hp2 HG00323.hp2 HG00408.hp1 HG00423.hp2 HG00544.hp1 HG00544.hp2 HG00558.hp1 HG00558.hp2 HG00597.hp1 HG00621.hp1 HG00621.hp2 HG00642.hp2 HG00673.hp1 HG00673.hp2 HG00733.hp1 HG00735.hp1 HG00738.hp1 HG01070.hp1 HG01070.hp2 HG01071.hp2 HG01074.hp1 HG01074.hp2 HG01081.hp1 HG01099.hp1 HG01099.hp2 HG01123.hp2 HG01167.hp2 HG01168.hp2 HG01169.hp1 HG01169.hp2 HG01192.hp1 HG01192.hp2 HG01256.hp2 HG01261.hp1 HG01261.hp2 HG01358.hp1 HG01361.hp1 HG01361.hp2 HG01433.hp2 HG01496.hp1 HG01515.hp1 HG01515.hp2 HG01516.hp1 HG01517.hp1 HG01928.hp1 HG01928.hp2 HG01934.hp2 HG01943.hp1 HG01943.hp2 HG01952.hp1 HG01952.hp2 HG01978.hp2 HG01993.hp1 HG01993.hp2 HG02004.hp1 HG02015.hp1 HG02027.hp2 HG02040.hp2 HG02056.hp1 HG02074.hp1 HG02074.hp2 HG02080.hp1 HG02080.hp2 HG02083.hp1 HG02109.hp1 HG02129.hp1 HG02129.hp2 HG02132.hp1 HG02132.hp2 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