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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ATP2A1_chr16_28873488_28909466	28878492	G G	A A	5_prime_UTR_variant 5_prime_UTR_variant	MODIFIER	NA20129.hp1 NA20129.hp1	a0001 a0001	a0001c0006 a0001c0006	a0001c0006t0005 a0001c0006t0005	a0001c0006t0005g0063 a0001c0006t0005g0063	1	380	0.0026	0	c.-18 others(4): Show c.-180G>A	ATP2A1	ENSG00000196296.14	transcript	ENST00000395503.9	protein_coding	1/23	180		chr16	TogoVar
ATP2A2_chr12_110276247_110356093	110281270	G G	C C	5_prime_UTR_variant 5_prime_UTR_variant	MODIFIER	NA18946.hp2 NA18998.hp1 NA18946.hp2 NA18998.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0008 a0001c0001t0008	a0001c0001t0008g0164 a0001c0001t0008g0166 a0001c0001t0008g0164 a0001c0001t0008g0166	2	228	0.0088	0	c.-52 others(4): Show c.-520G>C	ATP2A2	ENSG00000174437.18	transcript	ENST00000539276.7	protein_coding	1/20	520		chr12	TogoVar
ATP2A2_chr12_110276247_110356093	110281290	T T	C C	5_prime_UTR_variant 5_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG00738.hp1 HG01069.hp2 HG00738.hp1 HG01069.hp2	a0001 a0001	a0001c0005 a0001c0005	a0001c0005t0009 a0001c0005t0009	a0001c0005t0009g0220 a0001c0005t0009g0221 a0001c0005t0009g0220 a0001c0005t0009g0221	2	228	0.0088	0	c.-50 others(4): Show c.-500T>C	ATP2A2	ENSG00000174437.18	transcript	ENST00000539276.7	protein_coding	1/20	500		chr12	TogoVar
ATP2A2_chr12_110276247_110356093	110281387	C C	G G	5_prime_UTR_variant 5_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG00280.hp2 HG00323.hp2 HG00642.hp2 others(30): Show HG00280.hp2 HG00323.hp2 HG00642.hp2 HG00735.hp2 HG00741.hp1 HG01071.hp2 HG01074.hp2 HG01081.hp2 HG01123.hp2 HG01192.hp1 HG01255.hp1 HG01258.hp1 HG01261.hp1 HG01346.hp1 HG01358.hp1 HG01433.hp2 HG01516.hp2 HG01517.hp1 HG01928.hp1 HG01934.hp1 HG01978.hp1 HG01978.hp2 HG02004.hp2 HG02145.hp2 HG02258.hp2 HG02293.hp2 HG02683.hp1 HG03490.hp2 HG03492.hp1 HG04184.hp1 HG04204.hp1 NA20752.hp1 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0001c0008 a0002c0004 a0001c0001 a0001c0008 a0002c0004	a0001c0001t0003 a0001c0001t0027 a0001c0001t0028 others(3): Show a0001c0001t0003 a0001c0001t0027 a0001c0001t0028 a0001c0001t0029 a0001c0008t0030 a0002c0004t0003	a0001c0001t0003g0002 a0001c0001t0003g0176 a0001c0001t0003g0179 others(29): Show a0001c0001t0003g0002 a0001c0001t0003g0176 a0001c0001t0003g0179 a0001c0001t0003g0180 a0001c0001t0003g0181 a0001c0001t0003g0185 a0001c0001t0003g0186 a0001c0001t0003g0187 a0001c0001t0003g0188 a0001c0001t0003g0189 a0001c0001t0003g0190 a0001c0001t0003g0191 a0001c0001t0003g0192 a0001c0001t0003g0193 a0001c0001t0003g0194 a0001c0001t0003g0195 a0001c0001t0003g0196 a0001c0001t0003g0197 a0001c0001t0003g0199 a0001c0001t0003g0200 a0001c0001t0003g0201 a0001c0001t0003g0203 a0001c0001t0003g0204 a0001c0001t0003g0209 a0001c0001t0003g0210 a0001c0001t0003g0219 a0001c0001t0027g0202 a0001c0001t0028g0207 a0001c0001t0029g0198 a0001c0008t0030g0184 a0002c0004t0003g0182 a0002c0004t0003g0183	33	228	0.1447	0	c.-40 others(4): Show c.-403C>G	ATP2A2	ENSG00000174437.18	transcript	ENST00000539276.7	protein_coding	1/20	403		chr12	TogoVar
ATP2A2_chr12_110276247_110356093	110281516	G G	C C	5_prime_UTR_variant 5_prime_UTR_variant	MODIFIER	NA18946.hp2 NA18998.hp1 NA19062.hp2 others(1): Show NA18946.hp2 NA18998.hp1 NA19062.hp2 NA19077.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0008 a0001c0001t0010 a0001c0001t0008 a0001c0001t0010	a0001c0001t0008g0164 a0001c0001t0008g0166 a0001c0001t0010g0136 others(1): Show a0001c0001t0008g0164 a0001c0001t0008g0166 a0001c0001t0010g0136 a0001c0001t0010g0137	4	228	0.0175	0	c.-27 others(4): Show c.-274G>C	ATP2A2	ENSG00000174437.18	transcript	ENST00000539276.7	protein_coding	1/20	274		chr12	TogoVar
ATP2A2_chr12_110276247_110356093	110281550	G G	A A	5_prime_UTR_variant 5_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG04115.hp2 HG04115.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0016 a0001c0001t0016	a0001c0001t0016g0216 a0001c0001t0016g0216	1	228	0.0044	0	c.-24 others(4): Show c.-240G>A	ATP2A2	ENSG00000174437.18	transcript	ENST00000539276.7	protein_coding	1/20	240		chr12	TogoVar
ATP2A2_chr12_110276247_110356093	110281569	A A	G G	5_prime_UTR_variant 5_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG01928.hp2 HG01928.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0026 a0001c0001t0026	a0001c0001t0026g0115 a0001c0001t0026g0115	1	228	0.0044	0	c.-22 others(4): Show c.-221A>G	ATP2A2	ENSG00000174437.18	transcript	ENST00000539276.7	protein_coding	1/20	221		chr12	TogoVar
ATP2A2_chr12_110276247_110356093	110281780	C C	G G	5_prime_UTR_variant 5_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG00738.hp1 HG01069.hp2 HG00738.hp1 HG01069.hp2	a0001 a0001	a0001c0005 a0001c0005	a0001c0005t0009 a0001c0005t0009	a0001c0005t0009g0220 a0001c0005t0009g0221 a0001c0005t0009g0220 a0001c0005t0009g0221	2	228	0.0088	0	c.-10 others(3): Show c.-10C>G	ATP2A2	ENSG00000174437.18	transcript	ENST00000539276.7	protein_coding	1/20	10		chr12	TogoVar
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ATP2B1_chr12_89583049_89713838	89656047	G G	T T	5_prime_UTR_variant 5_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG03098.hp1 HG03209.hp2 HG03098.hp1 HG03209.hp2	a0001 a0001	a0001c0007 a0001c0007	a0001c0007t0010 a0001c0007t0010	a0001c0007t0010g0135 a0001c0007t0010g0232 a0001c0007t0010g0135 a0001c0007t0010g0232	2	332	0.0060	0	c.-16 others(4): Show c.-161C>A	ATP2B1	ENSG00000070961.17	transcript	ENST00000428670.8	protein_coding	2/21	161		chr12	TogoVar
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ATP2B1_chr12_89583049_89713838	89708664	T T	G G	5_prime_UTR_variant 5_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00140.hp1 others(304): Show HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00140.hp1 HG00140.hp2 HG00280.hp1 HG00280.hp2 HG00408.hp1 HG00408.hp2 HG00423.hp1 HG00423.hp2 HG00544.hp1 HG00544.hp2 HG00558.hp1 HG00558.hp2 HG00597.hp1 HG00597.hp2 HG00621.hp1 HG00621.hp2 HG00639.hp1 HG00639.hp2 HG00642.hp1 HG00642.hp2 HG00735.hp1 HG00738.hp1 HG00741.hp1 HG00741.hp2 HG01070.hp1 HG01070.hp2 HG01071.hp1 HG01071.hp2 HG01081.hp1 HG01081.hp2 HG01099.hp1 HG01099.hp2 HG01106.hp1 HG01106.hp2 HG01109.hp1 HG01109.hp2 HG01167.hp1 HG01167.hp2 HG01168.hp1 HG01168.hp2 HG01169.hp1 HG01169.hp2 HG01192.hp1 HG01192.hp2 HG01243.hp2 HG01256.hp1 HG01256.hp2 HG01257.hp1 HG01257.hp2 HG01261.hp1 HG01261.hp2 HG01346.hp1 HG01346.hp2 HG01361.hp1 HG01361.hp2 HG01433.hp1 HG01433.hp2 HG01496.hp1 HG01496.hp2 HG01515.hp1 HG01517.hp1 HG01517.hp2 HG01884.hp1 HG01884.hp2 HG01934.hp1 HG01934.hp2 HG01943.hp1 HG01943.hp2 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