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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ACSL1_chr4_184750595_184830968	184756209	T T	C C	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG00639.hp2 HG00642.hp2 HG00733.hp1 others(23): Show HG00639.hp2 HG00642.hp2 HG00733.hp1 HG00735.hp1 HG01069.hp1 HG01106.hp2 HG01123.hp2 HG01167.hp2 HG01169.hp1 HG01243.hp1 HG01256.hp2 HG01358.hp1 HG01433.hp2 HG02148.hp2 HG02273.hp1 HG02451.hp2 HG02735.hp2 HG02970.hp2 HG03491.hp2 HG03688.hp2 HG03704.hp1 HG04204.hp2 HG04228.hp2 NA20752.hp2 NA20805.hp2 NA20905.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0008 a0001c0001 a0001c0002 a0001c0008	a0001c0001t0004 a0001c0002t0004 a0001c0008t0004 a0001c0001t0004 a0001c0002t0004 a0001c0008t0004	a0001c0001t0004g0044 a0001c0001t0004g0140 a0001c0001t0004g0141 others(23): Show a0001c0001t0004g0044 a0001c0001t0004g0140 a0001c0001t0004g0141 a0001c0001t0004g0145 a0001c0001t0004g0146 a0001c0001t0004g0147 a0001c0001t0004g0148 a0001c0001t0004g0149 a0001c0001t0004g0207 a0001c0001t0004g0210 a0001c0001t0004g0255 a0001c0001t0004g0302 a0001c0001t0004g0310 a0001c0001t0004g0344 a0001c0001t0004g0346 a0001c0001t0004g0347 a0001c0001t0004g0360 a0001c0001t0004g0361 a0001c0001t0004g0362 a0001c0001t0004g0363 a0001c0001t0004g0364 a0001c0001t0004g0365 a0001c0001t0004g0366 a0001c0002t0004g0055 a0001c0008t0004g0304 a0001c0008t0004g0313	26	392	0.0663	0	c.91 others(4): Show c.916A>G	ACSL1	ENSG00000151726.16	transcript	ENST00000281455.7	protein_coding	21/21	916		chr4	TogoVar
ACSL1_chr4_184750595_184830968	184756267	C C	T T	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG00280.hp1 HG00544.hp1 HG00642.hp1 others(43): Show HG00280.hp1 HG00544.hp1 HG00642.hp1 HG00741.hp2 HG01070.hp1 HG01070.hp2 HG01071.hp2 HG01109.hp1 HG01168.hp2 HG01256.hp1 HG01257.hp1 HG01258.hp1 HG01258.hp2 HG01433.hp1 HG01496.hp2 HG01516.hp2 HG01891.hp1 HG02015.hp2 HG02040.hp2 HG02055.hp1 HG02083.hp2 HG02559.hp2 HG02683.hp2 HG02735.hp1 HG03239.hp2 HG03669.hp1 HG03710.hp2 HG03831.hp1 HG03831.hp2 HG03834.hp1 HG03942.hp2 HG04115.hp1 NA18939.hp2 NA18947.hp1 NA18950.hp2 NA18965.hp2 NA18966.hp2 NA18994.hp2 NA19000.hp1 NA19002.hp2 NA19010.hp1 NA19054.hp1 NA19068.hp1 NA19075.hp1 NA20300.hp2 NA20805.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0005 a0001c0001 a0001c0003 a0001c0005	a0001c0001t0003 a0001c0003t0003 a0001c0003t0013 others(1): Show a0001c0001t0003 a0001c0003t0003 a0001c0003t0013 a0001c0005t0003	a0001c0001t0003g0352 a0001c0003t0003g0003 a0001c0003t0003g0008 others(41): Show a0001c0001t0003g0352 a0001c0003t0003g0003 a0001c0003t0003g0008 a0001c0003t0003g0022 a0001c0003t0003g0025 a0001c0003t0003g0041 a0001c0003t0003g0080 a0001c0003t0003g0096 a0001c0003t0003g0099 a0001c0003t0003g0143 a0001c0003t0003g0144 a0001c0003t0003g0182 a0001c0003t0003g0217 a0001c0003t0003g0236 a0001c0003t0003g0237 a0001c0003t0003g0240 a0001c0003t0003g0245 a0001c0003t0003g0260 a0001c0003t0003g0267 a0001c0003t0003g0268 a0001c0003t0003g0270 a0001c0003t0003g0282 a0001c0003t0003g0283 a0001c0003t0003g0284 a0001c0003t0003g0285 a0001c0003t0003g0297 a0001c0003t0003g0306 a0001c0003t0003g0307 a0001c0003t0003g0308 a0001c0003t0003g0312 a0001c0003t0003g0314 a0001c0003t0003g0317 a0001c0003t0003g0318 a0001c0003t0003g0319 a0001c0003t0003g0320 a0001c0003t0003g0321 a0001c0003t0003g0335 a0001c0003t0003g0338 a0001c0003t0003g0349 a0001c0003t0003g0358 a0001c0003t0013g0269 a0001c0005t0003g0046 a0001c0005t0003g0223 a0001c0005t0003g0266	46	392	0.1174	0	c.85 others(4): Show c.858G>A	ACSL1	ENSG00000151726.16	transcript	ENST00000281455.7	protein_coding	21/21	858		chr4	TogoVar
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ACSL1_chr4_184750595_184830968	184756710	T T	G G	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG01069.hp2 HG01071.hp1 HG01069.hp2 HG01071.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0005 a0001c0001t0005	a0001c0001t0005g0330 a0001c0001t0005g0331 a0001c0001t0005g0330 a0001c0001t0005g0331	2	392	0.0051	0	c.41 others(4): Show c.415A>C	ACSL1	ENSG00000151726.16	transcript	ENST00000281455.7	protein_coding	21/21	415		chr4	TogoVar
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