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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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BCL2L11_chr2_111115914_111173444	111120979	T T	TGCCGCTG others(29): Show TGCCGCTGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCC	5_prime_UTR_variant 5_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG01109.hp2 HG03540.hp2 HG01109.hp2 HG03540.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0060 a0001c0001t0061 a0001c0001t0060 a0001c0001t0061	a0001c0001t0060g0011 a0001c0001t0061g0233 a0001c0001t0060g0011 a0001c0001t0061g0233	2	398	0.0050	36	c.-21 others(45): Show c.-218_-217insTGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGC	BCL2L11	ENSG00000153094.25	transcript	ENST00000393256.8	protein_coding	1/4	2761	INFO_REALIGN_3_PRIME	chr2	TogoVar
BCL2L11_chr2_111115914_111173444	111120979	T T	TGCCGCTG others(32): Show TGCCGCTGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCC	5_prime_UTR_variant 5_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG01074.hp1 HG01074.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0062 a0001c0001t0062	a0001c0001t0062g0238 a0001c0001t0062g0238	1	398	0.0025	39	c.-21 others(48): Show c.-218_-217insTGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGC CGC	BCL2L11	ENSG00000153094.25	transcript	ENST00000393256.8	protein_coding	1/4	2761	INFO_REALIGN_3_PRIME	chr2	TogoVar
BCL2L11_chr2_111115914_111173444	111120979	T T	TGCCGCTG others(35): Show TGCCGCTGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCC	5_prime_UTR_variant 5_prime_UTR_variant	MODIFIER	NA20805.hp2 NA20805.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0063 a0001c0001t0063	a0001c0001t0063g0011 a0001c0001t0063g0011	1	398	0.0025	42	c.-21 others(51): Show c.-218_-217insTGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGC CGCCGC	BCL2L11	ENSG00000153094.25	transcript	ENST00000393256.8	protein_coding	1/4	2761	INFO_REALIGN_3_PRIME	chr2	TogoVar
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BCL2L11_chr2_111115914_111173444	111120979	T T	TGCCGCTG others(26): Show TGCCGCTGCCGCTGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCC	5_prime_UTR_variant 5_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG03516.hp1 HG03516.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0068 a0001c0001t0068	a0001c0001t0068g0167 a0001c0001t0068g0167	1	398	0.0025	33	c.-21 others(42): Show c.-218_-217insTGCCGCTGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGC	BCL2L11	ENSG00000153094.25	transcript	ENST00000393256.8	protein_coding	1/4	2761	INFO_REALIGN_3_PRIME	chr2	TogoVar
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