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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ABCC5_chr3_183914934_184022884	183915081	A A	C C	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00639.hp1 HG01167.hp2 HG01169.hp2 others(19): Show HG00639.hp1 HG01167.hp2 HG01169.hp2 HG01891.hp2 HG02055.hp2 HG02109.hp1 HG02145.hp2 HG02258.hp2 HG02280.hp2 HG02559.hp2 HG02572.hp1 HG02615.hp1 HG02647.hp1 HG02886.hp1 HG02895.hp2 HG02965.hp1 HG02976.hp1 HG03139.hp2 HG03195.hp2 HG03486.hp1 HG03516.hp2 HG03579.hp2	a0001 a0001	a0001c0004 a0001c0004	a0001c0004t0004 a0001c0004t0004	a0001c0004t0004g0112 a0001c0004t0004g0116 a0001c0004t0004g0117 others(19): Show a0001c0004t0004g0112 a0001c0004t0004g0116 a0001c0004t0004g0117 a0001c0004t0004g0118 a0001c0004t0004g0119 a0001c0004t0004g0120 a0001c0004t0004g0121 a0001c0004t0004g0122 a0001c0004t0004g0123 a0001c0004t0004g0124 a0001c0004t0004g0125 a0001c0004t0004g0126 a0001c0004t0004g0129 a0001c0004t0004g0130 a0001c0004t0004g0132 a0001c0004t0004g0133 a0001c0004t0004g0134 a0001c0004t0004g0135 a0001c0004t0004g0136 a0001c0004t0004g0137 a0001c0004t0004g0260 a0001c0004t0004g0290	22	378	0.0582	0	c.62 others(5): Show c.6219T>G	ABCC5	ENSG00000114770.17	transcript	ENST00000334444.11	protein_coding	4853	chr3	TogoVar
ABCC5_chr3_183914934_184022884	183915168	T T	G G	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	NA18946.hp1 NA19056.hp2 NA19082.hp2 others(2): Show NA18946.hp1 NA19056.hp2 NA19082.hp2 NA19088.hp1 NA19091.hp1	a0001 a0001	a0001c0002 a0001c0002	a0001c0002t0001 a0001c0002t0001	a0001c0002t0001g0081 a0001c0002t0001g0113 a0001c0002t0001g0271 others(2): Show a0001c0002t0001g0081 a0001c0002t0001g0113 a0001c0002t0001g0271 a0001c0002t0001g0272 a0001c0002t0001g0273	5	378	0.0132	0	c.61 others(5): Show c.6132A>C	ABCC5	ENSG00000114770.17	transcript	ENST00000334444.11	protein_coding	4766	chr3	TogoVar
ABCC5_chr3_183914934_184022884	183915306	G G	A A	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00323.hp1 HG00408.hp2 HG00438.hp2 others(89): Show HG00323.hp1 HG00408.hp2 HG00438.hp2 HG00544.hp2 HG00597.hp1 HG00639.hp1 HG00738.hp1 HG00738.hp2 HG00741.hp1 HG01069.hp2 HG01070.hp2 HG01106.hp2 HG01109.hp1 HG01123.hp2 HG01167.hp1 HG01167.hp2 HG01169.hp2 HG01175.hp1 HG01192.hp1 HG01243.hp1 HG01256.hp2 HG01258.hp1 HG01346.hp2 HG01358.hp1 HG01358.hp2 HG01361.hp1 HG01515.hp1 HG01516.hp2 HG01517.hp1 HG01891.hp2 HG01978.hp2 HG02055.hp1 HG02055.hp2 HG02109.hp1 HG02132.hp2 HG02135.hp1 HG02145.hp2 HG02148.hp1 HG02257.hp2 HG02258.hp2 HG02280.hp2 HG02486.hp1 HG02559.hp2 HG02572.hp1 HG02602.hp1 HG02615.hp1 HG02615.hp2 HG02647.hp1 HG02683.hp1 HG02683.hp2 HG02738.hp2 HG02809.hp1 HG02886.hp1 HG02886.hp2 HG02895.hp2 HG02965.hp1 HG02976.hp1 HG03017.hp1 HG03139.hp2 HG03195.hp2 HG03453.hp1 HG03486.hp1 HG03516.hp2 HG03579.hp2 HG03688.hp1 HG03927.hp2 HG04184.hp1 NA18612.hp2 NA18940.hp1 NA18941.hp1 NA18952.hp2 NA18954.hp1 NA18957.hp2 NA18963.hp1 NA18964.hp1 NA18970.hp1 NA18972.hp2 NA18977.hp2 NA18979.hp2 NA18980.hp2 NA18981.hp1 NA18986.hp1 NA18989.hp1 NA18999.hp1 NA19001.hp1 NA19064.hp2 NA19066.hp1 NA19074.hp2 NA19240.hp2 NA20905.hp1 NA21309.hp1 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0008 a0001 a0008	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 others(5): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0004 a0001c0008 a0001c0016 a0001c0020 a0008c0015	a0001c0001t0001 a0001c0002t0001 a0001c0002t0009 others(7): Show a0001c0001t0001 a0001c0002t0001 a0001c0002t0009 a0001c0002t0012 a0001c0003t0002 a0001c0004t0004 a0001c0008t0001 a0001c0016t0014 a0001c0020t0001 a0008c0015t0001	a0001c0001t0001g0005 a0001c0001t0001g0019 a0001c0001t0001g0021 others(88): Show a0001c0001t0001g0005 a0001c0001t0001g0019 a0001c0001t0001g0021 a0001c0001t0001g0141 a0001c0001t0001g0142 a0001c0001t0001g0145 a0001c0001t0001g0146 a0001c0001t0001g0147 a0001c0001t0001g0148 a0001c0001t0001g0149 a0001c0001t0001g0152 a0001c0001t0001g0153 a0001c0001t0001g0154 a0001c0001t0001g0156 a0001c0001t0001g0159 a0001c0001t0001g0164 a0001c0001t0001g0165 a0001c0001t0001g0166 a0001c0001t0001g0170 a0001c0001t0001g0171 a0001c0001t0001g0172 a0001c0001t0001g0173 a0001c0001t0001g0174 a0001c0001t0001g0175 a0001c0001t0001g0176 a0001c0001t0001g0177 a0001c0001t0001g0179 a0001c0001t0001g0183 a0001c0001t0001g0184 a0001c0001t0001g0185 a0001c0001t0001g0188 a0001c0001t0001g0197 a0001c0001t0001g0257 a0001c0001t0001g0258 a0001c0002t0001g0029 a0001c0002t0001g0030 a0001c0002t0001g0031 a0001c0002t0001g0032 a0001c0002t0001g0033 a0001c0002t0001g0034 a0001c0002t0001g0035 a0001c0002t0001g0036 a0001c0002t0001g0037 a0001c0002t0001g0038 a0001c0002t0001g0039 a0001c0002t0001g0040 a0001c0002t0001g0041 a0001c0002t0001g0042 a0001c0002t0001g0044 a0001c0002t0001g0045 a0001c0002t0001g0046 a0001c0002t0001g0047 a0001c0002t0001g0048 a0001c0002t0001g0049 a0001c0002t0001g0131 a0001c0002t0001g0252 a0001c0002t0009g0266 a0001c0002t0009g0267 a0001c0002t0009g0268 a0001c0002t0012g0269 a0001c0002t0012g0270 a0001c0003t0002g0028 a0001c0003t0002g0332 a0001c0004t0004g0112 a0001c0004t0004g0116 a0001c0004t0004g0117 a0001c0004t0004g0118 a0001c0004t0004g0119 a0001c0004t0004g0120 a0001c0004t0004g0121 a0001c0004t0004g0122 a0001c0004t0004g0123 a0001c0004t0004g0124 a0001c0004t0004g0125 a0001c0004t0004g0126 a0001c0004t0004g0129 a0001c0004t0004g0130 a0001c0004t0004g0132 a0001c0004t0004g0133 a0001c0004t0004g0134 a0001c0004t0004g0135 a0001c0004t0004g0136 a0001c0004t0004g0137 a0001c0004t0004g0255 a0001c0004t0004g0260 a0001c0004t0004g0290 a0001c0008t0001g0155 a0001c0008t0001g0181 a0001c0016t0014g0265 a0001c0020t0001g0163 a0008c0015t0001g0043	92	378	0.2434	0	c.59 others(5): Show c.5994C>T	ABCC5	ENSG00000114770.17	transcript	ENST00000334444.11	protein_coding	4628	chr3	TogoVar
ABCC5_chr3_183914934_184022884	183915344	G G	GA GA	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00639.hp1 HG01167.hp2 HG01169.hp2 others(29): Show HG00639.hp1 HG01167.hp2 HG01169.hp2 HG01891.hp2 HG02055.hp1 HG02055.hp2 HG02109.hp1 HG02109.hp2 HG02145.hp2 HG02258.hp2 HG02280.hp2 HG02486.hp1 HG02559.hp2 HG02572.hp1 HG02615.hp1 HG02647.hp1 HG02717.hp1 HG02717.hp2 HG02886.hp1 HG02895.hp2 HG02965.hp1 HG02976.hp1 HG03098.hp1 HG03130.hp1 HG03139.hp2 HG03195.hp2 HG03471.hp1 HG03486.hp1 HG03516.hp2 HG03579.hp2 NA18906.hp1 NA19240.hp2	a0001 a0001	a0001c0003 a0001c0004 a0001c0005 others(1): Show a0001c0003 a0001c0004 a0001c0005 a0001c0016	a0001c0003t0002 a0001c0004t0004 a0001c0005t0002 others(2): Show a0001c0003t0002 a0001c0004t0004 a0001c0005t0002 a0001c0005t0010 a0001c0016t0014	a0001c0003t0002g0028 a0001c0004t0004g0112 a0001c0004t0004g0116 others(29): Show a0001c0003t0002g0028 a0001c0004t0004g0112 a0001c0004t0004g0116 a0001c0004t0004g0117 a0001c0004t0004g0118 a0001c0004t0004g0119 a0001c0004t0004g0120 a0001c0004t0004g0121 a0001c0004t0004g0122 a0001c0004t0004g0123 a0001c0004t0004g0124 a0001c0004t0004g0125 a0001c0004t0004g0126 a0001c0004t0004g0127 a0001c0004t0004g0128 a0001c0004t0004g0129 a0001c0004t0004g0130 a0001c0004t0004g0132 a0001c0004t0004g0133 a0001c0004t0004g0134 a0001c0004t0004g0135 a0001c0004t0004g0136 a0001c0004t0004g0137 a0001c0004t0004g0255 a0001c0004t0004g0260 a0001c0004t0004g0290 a0001c0005t0002g0057 a0001c0005t0002g0058 a0001c0005t0010g0110 a0001c0005t0010g0192 a0001c0005t0010g0193 a0001c0016t0014g0265	32	378	0.0847	1	c.59 others(12): Show c.5955_*5956insT	ABCC5	ENSG00000114770.17	transcript	ENST00000334444.11	protein_coding	4589	chr3	TogoVar
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