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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ABCG1_chr21_42214140_42302244	42297461	C C	G G	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00140.hp1 HG00140.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0002 a0001c0001t0002	a0001c0001t0002g0305 a0001c0001t0002g0305	1	354	0.0028	0	c.10 others(5): Show c.1069C>G	ABCG1	ENSG00000160179.19	transcript	ENST00000398449.8	protein_coding	217	chr21	TogoVar
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ABCG1_chr21_42214140_42302244	42297671	C C	T T	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	NA19087.hp1 NA19087.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0005 a0001c0001t0005	a0001c0001t0005g0025 a0001c0001t0005g0025	1	354	0.0028	0	c.12 others(5): Show c.1279C>T	ABCG1	ENSG00000160179.19	transcript	ENST00000398449.8	protein_coding	427	chr21	TogoVar
ABCG1_chr21_42214140_42302244	42297758	A A	G G	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG02622.hp2 HG02886.hp1 NA19240.hp2 HG02622.hp2 HG02886.hp1 NA19240.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0012 a0001c0001 a0001c0012	a0001c0001t0004 a0001c0001t0014 a0001c0012t0004 a0001c0001t0004 a0001c0001t0014 a0001c0012t0004	a0001c0001t0004g0279 a0001c0001t0014g0062 a0001c0012t0004g0276 a0001c0001t0004g0279 a0001c0001t0014g0062 a0001c0012t0004g0276	3	354	0.0085	0	c.13 others(5): Show c.1366A>G	ABCG1	ENSG00000160179.19	transcript	ENST00000398449.8	protein_coding	514	chr21	TogoVar
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ABCG1_chr21_42214140_42302244	42298373	G G	A A	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00140.hp1 HG00323.hp1 others(159): Show HG00099.hp1 HG00140.hp1 HG00323.hp1 HG00323.hp2 HG00408.hp1 HG00408.hp2 HG00423.hp1 HG00438.hp1 HG00438.hp2 HG00544.hp1 HG00544.hp2 HG00558.hp1 HG00558.hp2 HG00609.hp2 HG00621.hp1 HG00639.hp2 HG00735.hp1 HG00735.hp2 HG00741.hp2 HG01069.hp1 HG01069.hp2 HG01071.hp2 HG01074.hp2 HG01081.hp2 HG01099.hp1 HG01099.hp2 HG01106.hp1 HG01106.hp2 HG01109.hp2 HG01168.hp1 HG01168.hp2 HG01169.hp2 HG01175.hp1 HG01192.hp2 HG01243.hp1 HG01255.hp1 HG01255.hp2 HG01256.hp1 HG01256.hp2 HG01258.hp2 HG01346.hp1 HG01346.hp2 HG01433.hp1 HG01433.hp2 HG01496.hp1 HG01496.hp2 HG01515.hp1 HG01516.hp2 HG01517.hp2 HG01978.hp2 HG01981.hp1 HG01993.hp2 HG02004.hp2 HG02015.hp1 HG02040.hp2 HG02080.hp2 HG02129.hp1 HG02129.hp2 HG02132.hp2 HG02145.hp2 HG02148.hp1 HG02148.hp2 HG02155.hp1 HG02165.hp2 HG02257.hp2 HG02258.hp2 HG02273.hp1 HG02486.hp1 HG02523.hp1 HG02572.hp1 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