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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ABCG1_chr21_42214140_42302244	42300402	CAT CAT	C C	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00140.hp1 HG00323.hp1 others(98): Show HG00099.hp1 HG00140.hp1 HG00323.hp1 HG00323.hp2 HG00408.hp1 HG00423.hp1 HG00438.hp1 HG00438.hp2 HG00544.hp1 HG00544.hp2 HG00621.hp1 HG00639.hp2 HG00735.hp1 HG00741.hp2 HG01069.hp1 HG01069.hp2 HG01071.hp2 HG01099.hp1 HG01099.hp2 HG01106.hp1 HG01109.hp2 HG01168.hp1 HG01168.hp2 HG01169.hp2 HG01175.hp1 HG01192.hp2 HG01243.hp1 HG01256.hp1 HG01256.hp2 HG01258.hp2 HG01346.hp1 HG01346.hp2 HG01433.hp1 HG01496.hp2 HG01515.hp1 HG01978.hp2 HG02015.hp1 HG02040.hp2 HG02080.hp2 HG02129.hp1 HG02129.hp2 HG02145.hp2 HG02148.hp1 HG02155.hp1 HG02258.hp2 HG02273.hp1 HG02293.hp1 HG02523.hp1 HG02572.hp2 HG02602.hp2 HG02683.hp2 HG02698.hp2 HG02735.hp1 HG02738.hp1 HG02976.hp2 HG03017.hp2 HG03139.hp2 HG03490.hp2 HG03492.hp2 HG03654.hp2 HG03688.hp1 HG03688.hp2 HG03710.hp1 HG04199.hp1 HG04204.hp2 NA18612.hp1 NA18942.hp1 NA18943.hp2 NA18944.hp2 NA18956.hp1 NA18962.hp2 NA18964.hp1 NA18964.hp2 NA18968.hp1 NA18969.hp1 NA18970.hp1 NA18970.hp2 NA18973.hp2 NA18977.hp2 NA18981.hp1 NA18981.hp2 NA18994.hp1 NA18999.hp1 NA19000.hp1 NA19000.hp2 NA19003.hp1 NA19004.hp2 NA19011.hp2 NA19012.hp1 NA19030.hp1 NA19030.hp2 NA19056.hp2 NA19063.hp1 NA19074.hp1 NA19079.hp1 NA19085.hp1 NA19087.hp1 NA19090.hp1 NA20752.hp2 NA20805.hp1 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0001 a0001c0003	a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 others(7): Show a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 a0001c0001t0011 a0001c0001t0012 a0001c0001t0013 a0001c0001t0017 a0001c0001t0023 a0001c0001t0025 a0001c0003t0005	a0001c0001t0002g0073 a0001c0001t0002g0075 a0001c0001t0002g0080 others(96): Show a0001c0001t0002g0073 a0001c0001t0002g0075 a0001c0001t0002g0080 a0001c0001t0002g0081 a0001c0001t0002g0104 a0001c0001t0002g0107 a0001c0001t0002g0110 a0001c0001t0002g0113 a0001c0001t0002g0114 a0001c0001t0002g0115 a0001c0001t0002g0120 a0001c0001t0002g0121 a0001c0001t0002g0129 a0001c0001t0002g0132 a0001c0001t0002g0134 a0001c0001t0002g0137 a0001c0001t0002g0146 a0001c0001t0002g0147 a0001c0001t0002g0148 a0001c0001t0002g0150 a0001c0001t0002g0151 a0001c0001t0002g0162 a0001c0001t0002g0164 a0001c0001t0002g0173 a0001c0001t0002g0175 a0001c0001t0002g0176 a0001c0001t0002g0178 a0001c0001t0002g0179 a0001c0001t0002g0180 a0001c0001t0002g0183 a0001c0001t0002g0188 a0001c0001t0002g0189 a0001c0001t0002g0190 a0001c0001t0002g0191 a0001c0001t0002g0203 a0001c0001t0002g0218 a0001c0001t0002g0219 a0001c0001t0002g0220 a0001c0001t0002g0221 a0001c0001t0002g0222 a0001c0001t0002g0226 a0001c0001t0002g0229 a0001c0001t0002g0230 a0001c0001t0002g0233 a0001c0001t0002g0236 a0001c0001t0002g0237 a0001c0001t0002g0240 a0001c0001t0002g0245 a0001c0001t0002g0251 a0001c0001t0002g0252 a0001c0001t0002g0253 a0001c0001t0002g0266 a0001c0001t0002g0286 a0001c0001t0002g0288 a0001c0001t0002g0289 a0001c0001t0002g0291 a0001c0001t0002g0293 a0001c0001t0002g0299 a0001c0001t0002g0304 a0001c0001t0002g0305 a0001c0001t0002g0308 a0001c0001t0002g0309 a0001c0001t0002g0340 a0001c0001t0002g0341 a0001c0001t0003g0109 a0001c0001t0003g0149 a0001c0001t0003g0234 a0001c0001t0003g0310 a0001c0001t0003g0326 a0001c0001t0005g0001 a0001c0001t0005g0009 a0001c0001t0005g0010 a0001c0001t0005g0013 a0001c0001t0005g0015 a0001c0001t0005g0017 a0001c0001t0005g0018 a0001c0001t0005g0020 a0001c0001t0005g0021 a0001c0001t0005g0024 a0001c0001t0005g0025 a0001c0001t0005g0030 a0001c0001t0005g0040 a0001c0001t0005g0051 a0001c0001t0005g0060 a0001c0001t0005g0066 a0001c0001t0005g0067 a0001c0001t0011g0039 a0001c0001t0012g0140 a0001c0001t0012g0141 a0001c0001t0012g0307 a0001c0001t0013g0294 a0001c0001t0013g0295 a0001c0001t0013g0296 a0001c0001t0017g0005 a0001c0001t0023g0023 a0001c0001t0025g0070 a0001c0003t0005g0041 a0001c0003t0005g0048 a0001c0003t0005g0052	101	354	0.2853	-2	c.40 others(13): Show c.4011_*4012delAT	ABCG1	ENSG00000160179.19	transcript	ENST00000398449.8	protein_coding	3159	chr21	TogoVar
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ABCG1_chr21_42214140_42302244	42300415	A A	G G	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00140.hp1 HG00323.hp1 others(209): Show HG00099.hp1 HG00140.hp1 HG00323.hp1 HG00323.hp2 HG00408.hp1 HG00408.hp2 HG00423.hp1 HG00438.hp1 HG00438.hp2 HG00544.hp1 HG00544.hp2 HG00558.hp1 HG00558.hp2 HG00609.hp2 HG00621.hp1 HG00639.hp2 HG00642.hp1 HG00735.hp1 HG00735.hp2 HG00738.hp1 HG00741.hp2 HG01069.hp1 HG01069.hp2 HG01071.hp2 HG01074.hp2 HG01081.hp2 HG01099.hp1 HG01099.hp2 HG01106.hp1 HG01106.hp2 HG01109.hp2 HG01123.hp1 HG01123.hp2 HG01168.hp1 HG01168.hp2 HG01169.hp2 HG01175.hp1 HG01192.hp2 HG01243.hp1 HG01255.hp1 HG01255.hp2 HG01256.hp1 HG01256.hp2 HG01257.hp1 HG01258.hp1 HG01258.hp2 HG01261.hp2 HG01346.hp1 HG01346.hp2 HG01433.hp1 HG01433.hp2 HG01496.hp1 HG01496.hp2 HG01515.hp1 HG01515.hp2 HG01516.hp2 HG01517.hp1 HG01517.hp2 HG01978.hp2 HG01981.hp1 HG01981.hp2 HG01993.hp1 HG01993.hp2 HG02004.hp2 HG02015.hp1 HG02040.hp2 HG02055.hp1 HG02080.hp2 HG02109.hp1 HG02109.hp2 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