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chr17:60430574	C C	T T	1	a0001c0002t0001g0076 a0001c0002t0001g0076	1	HG06807.hp2 HG06807.hp2	intron_variant	MODIFIER	c.626-607C>T c.626-607C>T	CHCT1	ENSG00000141371.13	transcript	ENST00000269127.5	protein_coding	5/5		chr17	60430574
chr17:60430597	C C	T T	1	a0001c0001t0001g0065 a0001c0001t0001g0065	1	HG00438.hp2 HG00438.hp2	intron_variant	MODIFIER	c.626-584C>T c.626-584C>T	CHCT1	ENSG00000141371.13	transcript	ENST00000269127.5	protein_coding	5/5		chr17	60430597
chr17:60430689	C C	T T	1	a0002c0005t0001g0048 a0002c0005t0001g0048	1	NA20129.hp1 NA20129.hp1	intron_variant	MODIFIER	c.626-492C>T c.626-492C>T	CHCT1	ENSG00000141371.13	transcript	ENST00000269127.5	protein_coding	5/5		chr17	60430689
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chr17:60430868	A A	C C	1	a0001c0006t0001g0046 a0001c0006t0001g0046	1	HG01099.hp2 HG01099.hp2	intron_variant	MODIFIER	c.626-313A>C c.626-313A>C	CHCT1	ENSG00000141371.13	transcript	ENST00000269127.5	protein_coding	5/5		chr17	60430868
chr17:60430943	C C	G G	10	a0001c0004t0001g0009 a0001c0004t0001g0010 a0001c0004t0001g0026 others(7): Show a0001c0004t0001g0009 a0001c0004t0001g0010 a0001c0004t0001g0026 a0001c0004t0001g0051 a0001c0004t0001g0053 a0001c0006t0001g0008 a0001c0006t0001g0009 a0001c0006t0001g0022 a0001c0006t0001g0045 a0001c0006t0001g0046	26	HG01099.hp2 HG01884.hp2 HG01952.hp2 others(23): Show HG01099.hp2 HG01884.hp2 HG01952.hp2 HG02109.hp2 HG02280.hp2 HG02451.hp1 HG02451.hp2 HG02572.hp2 HG02622.hp2 HG02630.hp1 HG02630.hp2 HG02809.hp1 HG02886.hp2 HG03130.hp2 HG03139.hp1 HG03139.hp2 HG03195.hp1 HG03209.hp1 HG03225.hp1 HG03225.hp2 HG03453.hp2 HG03471.hp1 HG03540.hp2 HG03579.hp2 HG06807.hp1 NA19240.hp2	intron_variant	MODIFIER	c.626-238C>G c.626-238C>G	CHCT1	ENSG00000141371.13	transcript	ENST00000269127.5	protein_coding	5/5		chr17	60430943
chr17:60430957	T T	C C	1	a0001c0001t0001g0064 a0001c0001t0001g0064	1	NA19074.hp2 NA19074.hp2	intron_variant	MODIFIER	c.626-224T>C c.626-224T>C	CHCT1	ENSG00000141371.13	transcript	ENST00000269127.5	protein_coding	5/5		chr17	60430957
chr17:60430981	C C	G G	1	a0001c0002t0001g0076 a0001c0002t0001g0076	1	HG06807.hp2 HG06807.hp2	intron_variant	MODIFIER	c.626-200C>G c.626-200C>G	CHCT1	ENSG00000141371.13	transcript	ENST00000269127.5	protein_coding	5/5		chr17	60430981

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JoGo Online Haplotype Explorer CHCT1_chr17_60417489_60436426

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Translation Multiple Alignment View

🧬 Gene Summary (with MANE)

AAmino acid(protein) Level Haplotype Info (Total: 3)

CCoding Level Haplotype Info (Total: 8)

TTranscript Level Haplotype Info (Total: 1)

GGenebody Level Haplotype Info (Total: 84)

A C AC Level (Amino Acid + Coding) Haplotype Info (Total: 8)

A C T ACT Level (Amino Acid + Coding + Transcript) Haplotype Info (Total: 8)

A C T G ACTG Level (Amino Acid + Coding + Transcript + Genebody) Haplotype Info (Total: 87)

Haplotype Details by Sample (Haploid Level) (Total: 322)

AAmino acid(protein) Level Haplotype Related Variants (Effect to Protein Coding Variants) (Total: 2)

CCoding Level Variants (On coding region but no effect to protein coding variants: Synonymous Mutations) (Total: 5)

TTranscript Level Haplotype Variants (Exon) (Total: 0)

GGenebody Level Haplotype Variants (Intron) (Total: 89)

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Annotation (Repeats)

Annotation (SNP Array)