Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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chr1:99916680	C C	G G	2	a0018 a0019 a0018 a0019	2	HG03098.hp2 HG03139.hp2 HG03098.hp2 HG03139.hp2	missense_variant	MODERATE	c.4430C>G c.4430C>G	p.Thr1477Ser p.Thr1477Ser	AGL	ENSG00000162688.17	transcript	ENST00000361915.8	protein_coding	33/34	4553/7091	4430/4599	1477/1532	chr1	99916680
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chr1:99923209	T T	C C	1	a0002c0003t0021 a0002c0003t0021	1	HG01069.hp2 HG01069.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.1558T>C c.1558T>C	AGL	ENSG00000162688.17	transcript	ENST00000361915.8	protein_coding	34/34	1558		chr1	99923209
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chr1:99921430	A A	C C	1	a0001c0001t0003g0223 a0001c0001t0003g0223	1	HG02165.hp1 HG02165.hp1	intron_variant	MODIFIER	c.4482-104A>C c.4482-104A>C	AGL	ENSG00000162688.17	transcript	ENST00000361915.8	protein_coding	33/33		chr1	99921430

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AGL_chr1_99845361_99929020 Genic Haplotype Structure on iGV

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Gene Summary (with MANE)

Amino acid(protein) Level Haplotype Info (Total: 25)

Coding Level Haplotype Info (Total: 35)

Transcript Level Haplotype Info (Total: 61)

Genebody Level Haplotype Info (Total: 297)

Haplotype Details by Sample (Haploid Level) (Total: 318)

Amino acid(protein) Level Haplotype Related Variants (Effect to Protein Coding Variants) (Total: 24)

Coding Level Variants (On coding region but no effect to protein coding variants: Synonymous Mutations) (Total: 9)

Transcript Level Haplotype Variants (Exon) (Total: 74)

Genebody Level Haplotype Variants (Intron) (Total: 857)

Annotation (Repeats)

Annotation (SNP Array)