Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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a0001c0003t0021	0/0	13101	3	3	0	0	0	0	B3GALT5_chr21_39607940_39678137	B3GALT5	ATCCT others(13096): Show ATCCTCGGCCTGGACCCAGCGCCTCCGGGGACCGGCCGCGCGCCCCCTGC GTCCGCGGGCCGGGATGCGGCTCTGAGCCAGCGGCGGCTTCCAGCCCGAC TGGGCCTGCCGGGGCTGCCCCGCGCACGTTTCATCTGGAAGAGAGGCCAT TGAAACCAAGCATTTGTGTTCAAGTAAGAAAATGTATCCAAGTCACAAAG AAACATAATTTGGCTTTTGGAGACATGAGCAGCTTCATTTCTCATTTGTT CATTCGAAAGTCTCCACTGGGCTTCTGAGTGCCACATCCTGTCCAGAATG ATGAAAGATACAGAAAATGGTGCCTGCTGACCTTCTGGAGTTATTGGCTA GTAAGAAAGTGATTCCTGTCAGAATCACCATTTTTGGTAAACAAACCAAG CCCAGAACCTGATAATTATGGAGCATTCTACACTGACAGTTCTTTGAGAC AAATTTCCTCTTGGCATTTACACTGTGGCTTTAGCTTTCAAACCAGAGGT TCCTCTTACCCAGCAAAAAATGGCTTTCCCGAAGATGAGATTGATGTATA TTTGCCTTCTGGTTCTGGGGGCTCTTTGTTTGTATTTTAGCATGTACAGT CTAAATCCTTTCAAAGAACAGTCCTTTGTTTACAAGAAAGACGGGAACTT CCTTAAGCTCCCAGATACAGACTGCAGGCAGACACCTCCCTTCCTCGTCC TGCTGGTGACCTCATCCCACAAACAGTTGGCTGAGCGCATGGCCATCCGG CAGACGTGGGGGAAAGAGAGGACGGTGAAGGGAAAGCAGCTGAAGACATT CTTCCTCCTGGGGACCACCAGCAGTGCAGCGGAAACGAAAGAGGTGGACC 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chr21:39661135	G G	A A	1	a0001c0004 a0001c0004	3	HG00140.hp1 HG01261.hp2 HG01358.hp1 HG00140.hp1 HG01261.hp2 HG01358.hp1	synonymous_variant	LOW	c.576G>A c.576G>A	p.Arg192Arg p.Arg192Arg	B3GALT5	ENSG00000183778.19	transcript	ENST00000684187.2	protein_coding	4/4	1095/13097	576/933	192/310	chr21	39661135

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chr21:39661889	G G	A A	32	a0001c0001t0001 a0001c0001t0007 a0001c0001t0008 others(29): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0007 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0011 a0001c0001t0028 a0001c0001t0029 a0001c0001t0030 a0001c0001t0031 a0001c0001t0032 a0001c0001t0033 a0001c0001t0045 a0001c0001t0048 a0001c0001t0049 a0001c0001t0050 a0001c0001t0051 a0001c0001t0052 a0001c0001t0053 a0001c0001t0054 a0001c0001t0055 a0001c0001t0056 a0001c0001t0057 a0001c0001t0058 a0001c0001t0059 a0001c0001t0060 a0001c0001t0061 a0001c0001t0062 a0001c0001t0063 a0001c0001t0064 a0001c0001t0065 a0001c0001t0066 a0001c0001t0067	105	HG00099.hp2 HG00140.hp2 HG00423.hp1 others(102): Show HG00099.hp2 HG00140.hp2 HG00423.hp1 HG00423.hp2 HG00609.hp2 HG00621.hp1 HG00642.hp2 HG00673.hp2 HG01071.hp2 HG01081.hp2 HG01099.hp1 HG01106.hp1 HG01109.hp1 HG01255.hp1 HG01257.hp2 HG01258.hp2 HG01517.hp2 HG01934.hp1 HG01934.hp2 HG01993.hp2 HG02015.hp1 HG02040.hp2 HG02055.hp1 HG02056.hp2 HG02071.hp2 HG02074.hp1 HG02074.hp2 HG02083.hp1 HG02083.hp2 HG02132.hp1 HG02145.hp2 HG02148.hp1 HG02148.hp2 HG02155.hp2 HG02257.hp2 HG02273.hp1 HG02273.hp2 HG02280.hp2 HG02523.hp2 HG02559.hp1 HG02622.hp1 HG02622.hp2 HG02683.hp1 HG02809.hp2 HG02818.hp2 HG02886.hp2 HG02970.hp1 HG02976.hp1 HG03017.hp1 HG03225.hp1 HG03486.hp2 HG03491.hp1 HG03516.hp1 HG03540.hp2 HG03654.hp2 HG03669.hp1 HG03704.hp2 HG04184.hp1 HG04204.hp2 HG04228.hp1 NA18747.hp1 NA18939.hp2 NA18945.hp1 NA18945.hp2 NA18948.hp1 NA18948.hp2 NA18952.hp1 NA18955.hp1 NA18959.hp2 NA18960.hp1 NA18960.hp2 NA18963.hp1 NA18965.hp1 NA18967.hp2 NA18968.hp1 NA18970.hp1 NA18974.hp1 NA18977.hp1 NA18979.hp1 NA18983.hp1 NA18983.hp2 NA18985.hp1 NA18994.hp1 NA19004.hp1 NA19009.hp1 NA19010.hp2 NA19012.hp2 NA19043.hp2 NA19060.hp2 NA19063.hp1 NA19066.hp1 NA19070.hp2 NA19074.hp1 NA19074.hp2 NA19081.hp1 NA19081.hp2 NA19083.hp1 NA19083.hp2 NA19087.hp2 NA19091.hp1 NA19091.hp2 NA20752.hp2 NA20805.hp2 NA21309.hp1 NA21309.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.397G>A c.397G>A	B3GALT5	ENSG00000183778.19	transcript	ENST00000684187.2	protein_coding	4/4	397		chr21	39661889
chr21:39662114	G G	A A	2	a0001c0001t0068 a0002c0002t0034 a0001c0001t0068 a0002c0002t0034	3	HG02451.hp1 HG02630.hp1 NA19240.hp2 HG02451.hp1 HG02630.hp1 NA19240.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.622G>A c.622G>A	B3GALT5	ENSG00000183778.19	transcript	ENST00000684187.2	protein_coding	4/4	622		chr21	39662114
chr21:39662261	A A	C C	2	a0001c0003t0026 a0001c0003t0123 a0001c0003t0026 a0001c0003t0123	4	HG02145.hp1 HG02976.hp2 HG03453.hp1 others(1): Show HG02145.hp1 HG02976.hp2 HG03453.hp1 HG06807.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.769A>C c.769A>C	B3GALT5	ENSG00000183778.19	transcript	ENST00000684187.2	protein_coding	4/4	769		chr21	39662261
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chr21:39662288	G G	A A	22	a0001c0001t0002 a0001c0001t0005 a0001c0001t0010 others(19): Show a0001c0001t0002 a0001c0001t0005 a0001c0001t0010 a0001c0001t0012 a0001c0001t0013 a0001c0001t0014 a0001c0001t0017 a0001c0001t0018 a0001c0001t0027 a0001c0001t0035 a0001c0001t0044 a0001c0001t0046 a0001c0001t0047 a0001c0001t0069 a0001c0001t0070 a0001c0001t0071 a0001c0001t0072 a0001c0001t0073 a0001c0001t0074 a0001c0001t0075 a0001c0004t0002 a0001c0006t0002	81	HG00099.hp1 HG00140.hp1 HG00280.hp1 others(78): Show HG00099.hp1 HG00140.hp1 HG00280.hp1 HG00280.hp2 HG00408.hp2 HG00438.hp1 HG00597.hp2 HG00609.hp1 HG00621.hp2 HG00639.hp2 HG00642.hp1 HG00735.hp1 HG01099.hp2 HG01109.hp2 HG01123.hp1 HG01123.hp2 HG01167.hp1 HG01168.hp2 HG01175.hp2 HG01192.hp1 HG01243.hp1 HG01243.hp2 HG01258.hp1 HG01261.hp1 HG01261.hp2 HG01358.hp1 HG01358.hp2 HG01361.hp1 HG01361.hp2 HG01433.hp1 HG01433.hp2 HG01891.hp2 HG01981.hp1 HG01993.hp1 HG02015.hp2 HG02040.hp1 HG02055.hp2 HG02080.hp1 HG02155.hp1 HG02257.hp1 HG02280.hp1 HG02300.hp1 HG02572.hp2 HG02602.hp1 HG02683.hp2 HG02970.hp2 HG03017.hp2 HG03195.hp1 HG03225.hp2 HG03453.hp2 HG03490.hp2 HG03491.hp2 HG03492.hp1 HG03492.hp2 HG03654.hp1 HG03669.hp2 HG03704.hp1 HG03710.hp1 HG03710.hp2 HG03831.hp2 HG03834.hp1 HG03834.hp2 HG04199.hp1 HG04199.hp2 NA18612.hp1 NA18612.hp2 NA18949.hp2 NA18951.hp2 NA18955.hp2 NA18982.hp1 NA18991.hp1 NA18994.hp2 NA19010.hp1 NA19057.hp2 NA19085.hp1 NA19085.hp2 NA19088.hp1 NA20129.hp2 NA20805.hp1 NA20905.hp1 NA20905.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.796G>A c.796G>A	B3GALT5	ENSG00000183778.19	transcript	ENST00000684187.2	protein_coding	4/4	796		chr21	39662288
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chr21:39663130	C C	T T	2	a0002c0002t0041 a0002c0002t0042 a0002c0002t0041 a0002c0002t0042	4	NA18950.hp2 NA18970.hp2 NA18978.hp2 others(1): Show NA18950.hp2 NA18970.hp2 NA18978.hp2 NA18979.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.1638C>T c.1638C>T	B3GALT5	ENSG00000183778.19	transcript	ENST00000684187.2	protein_coding	4/4	1638		chr21	39663130
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B3GALT5_chr21_39607940_39678137 Genic Haplotype Structure on iGV

Translation Multiple Alignment View

Gene Summary (with MANE)

Amino acid(protein) Level Haplotype Info (Total: 4)

Coding Level Haplotype Info (Total: 7)

Transcript Level Haplotype Info (Total: 126)

Genebody Level Haplotype Info (Total: 327)

Haplotype Details by Sample (Haploid Level) (Total: 336)

Amino acid(protein) Level Haplotype Related Variants (Effect to Protein Coding Variants) (Total: 3)

Coding Level Variants (On coding region but no effect to protein coding variants: Synonymous Mutations) (Total: 3)

Transcript Level Haplotype Variants (Exon) (Total: 113)

Genebody Level Haplotype Variants (Intron) (Total: 703)

Annotation (Repeats)

Annotation (SNP Array)