Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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	chr3:46922012	T T	C C	5	a0001c0001t0001 a0001c0002t0001 a0001c0004t0001 others(2): Show a0001c0001t0001 a0001c0002t0001 a0001c0004t0001 a0002c0003t0001 a0003c0005t0001	223	HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00140.hp2 others(220): Show HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00140.hp2 HG00280.hp1 HG00408.hp2 HG00544.hp2 HG00597.hp2 HG00609.hp2 HG00621.hp1 HG00639.hp1 HG00642.hp1 HG00673.hp1 HG00735.hp1 HG00738.hp1 HG00738.hp2 HG00741.hp1 HG01070.hp1 HG01071.hp1 HG01071.hp2 HG01074.hp1 HG01074.hp2 HG01081.hp1 HG01081.hp2 HG01106.hp1 HG01106.hp2 HG01109.hp1 HG01123.hp1 HG01123.hp2 HG01167.hp2 HG01169.hp1 HG01169.hp2 HG01175.hp2 HG01192.hp1 HG01192.hp2 HG01256.hp1 HG01257.hp1 HG01257.hp2 HG01258.hp1 HG01258.hp2 HG01261.hp1 HG01346.hp1 HG01358.hp2 HG01433.hp1 HG01496.hp2 HG01884.hp1 HG01891.hp1 HG01891.hp2 HG01928.hp2 HG01934.hp1 HG01934.hp2 HG01943.hp1 HG01943.hp2 HG01952.hp1 HG01975.hp1 HG01981.hp2 HG01993.hp1 HG01993.hp2 HG02004.hp2 HG02015.hp2 HG02027.hp1 HG02055.hp1 HG02055.hp2 HG02056.hp1 HG02056.hp2 HG02074.hp2 HG02083.hp2 HG02109.hp2 HG02132.hp1 HG02145.hp1 HG02145.hp2 HG02148.hp1 HG02148.hp2 HG02257.hp1 HG02258.hp1 HG02273.hp1 HG02273.hp2 HG02280.hp1 HG02300.hp2 HG02451.hp1 HG02451.hp2 HG02486.hp1 HG02486.hp2 HG02559.hp1 HG02559.hp2 HG02572.hp1 HG02572.hp2 HG02622.hp1 HG02622.hp2 HG02630.hp1 HG02630.hp2 HG02647.hp1 HG02647.hp2 HG02717.hp1 HG02717.hp2 HG02723.hp1 HG02723.hp2 HG02735.hp1 HG02738.hp1 HG02738.hp2 HG02809.hp1 HG02886.hp1 HG02886.hp2 HG02896.hp1 HG02896.hp2 HG02897.hp1 HG02897.hp2 HG02922.hp1 HG02922.hp2 HG02965.hp1 HG02965.hp2 HG02970.hp1 HG02970.hp2 HG03041.hp1 HG03041.hp2 HG03098.hp2 HG03130.hp2 HG03139.hp2 HG03209.hp2 HG03225.hp1 HG03453.hp1 HG03471.hp2 HG03486.hp1 HG03486.hp2 HG03490.hp1 HG03490.hp2 HG03491.hp2 HG03492.hp2 HG03516.hp1 HG03540.hp1 HG03540.hp2 HG03579.hp1 HG03579.hp2 HG03654.hp2 HG03669.hp2 HG03688.hp2 HG03710.hp1 HG03710.hp2 HG03834.hp1 HG03834.hp2 HG03927.hp2 HG03942.hp2 HG04115.hp1 HG04115.hp2 HG04199.hp1 HG04204.hp2 HG04228.hp1 HG06807.hp1 HG06807.hp2 NA18522.hp1 NA18522.hp2 NA18612.hp1 NA18906.hp1 NA18906.hp2 NA18940.hp2 NA18942.hp2 NA18943.hp1 NA18944.hp2 NA18946.hp1 NA18947.hp2 NA18948.hp1 NA18949.hp1 NA18951.hp2 NA18952.hp1 NA18953.hp1 NA18954.hp1 NA18956.hp1 NA18956.hp2 NA18960.hp1 NA18961.hp2 NA18964.hp1 NA18966.hp1 NA18966.hp2 NA18967.hp2 NA18968.hp1 NA18968.hp2 NA18970.hp2 NA18972.hp1 NA18977.hp2 NA18979.hp2 NA18980.hp2 NA18981.hp2 NA18983.hp1 NA18984.hp2 NA18988.hp1 NA18995.hp2 NA18999.hp1 NA19000.hp1 NA19002.hp2 NA19004.hp1 NA19005.hp1 NA19007.hp1 NA19007.hp2 NA19010.hp1 NA19010.hp2 NA19011.hp1 NA19011.hp2 NA19043.hp1 NA19043.hp2 NA19057.hp1 NA19057.hp2 NA19060.hp1 NA19063.hp2 NA19064.hp1 NA19066.hp1 NA19066.hp2 NA19067.hp1 NA19078.hp2 NA19080.hp1 NA19081.hp1 NA19084.hp2 NA19089.hp1 NA19090.hp2 NA19240.hp1 NA19240.hp2 NA20129.hp1 NA20129.hp2 NA20300.hp1 NA20300.hp2 NA20752.hp2 NA20805.hp1 NA20905.hp1 NA21309.hp1 NA21309.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.45A>G c.45A>G		CCDC12	ENSG00000160799.12	transcript	ENST00000683445.1	protein_coding	7/7				45		chr3	46922012

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chr3:46922349	G G	A A	1	a0001c0001t0001g0067 a0001c0001t0001g0067	1	HG02004.hp2 HG02004.hp2	intron_variant	MODIFIER	c.342-37C>T c.342-37C>T	CCDC12	ENSG00000160799.12	transcript	ENST00000683445.1	protein_coding	5/6	chr3	46922349
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chr3:46922540	C C	T T	2	a0001c0004t0001g0018 a0001c0004t0001g0023 a0001c0004t0001g0018 a0001c0004t0001g0023	2	HG02922.hp1 HG02970.hp2 HG02922.hp1 HG02970.hp2	intron_variant	MODIFIER	c.342-228G>A c.342-228G>A	CCDC12	ENSG00000160799.12	transcript	ENST00000683445.1	protein_coding	5/6	chr3	46922540
chr3:46922697	C C	G G	2	a0001c0001t0001g0314 a0001c0001t0001g0315 a0001c0001t0001g0314 a0001c0001t0001g0315	2	HG04115.hp2 HG04204.hp2 HG04115.hp2 HG04204.hp2	intron_variant	MODIFIER	c.342-385G>C c.342-385G>C	CCDC12	ENSG00000160799.12	transcript	ENST00000683445.1	protein_coding	5/6	chr3	46922697
chr3:46922816	A A	G G	1	a0001c0001t0001g0040 a0001c0001t0001g0040	1	NA19063.hp2 NA19063.hp2	intron_variant	MODIFIER	c.342-504T>C c.342-504T>C	CCDC12	ENSG00000160799.12	transcript	ENST00000683445.1	protein_coding	5/6	chr3	46922816
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chr3:46976602	C C	T T	1	a0001c0001t0002g0026 a0001c0001t0002g0026	1	HG02083.hp1 HG02083.hp1	intron_variant	MODIFIER	c.96+35G>A c.96+35G>A	CCDC12	ENSG00000160799.12	transcript	ENST00000683445.1	protein_coding	1/6	chr3	46976602

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CCDC12_chr3_46916730_46981745 Genic Haplotype Structure on iGV

Translation Multiple Alignment View

Gene Summary (with MANE)

Amino acid(protein) Level Haplotype Info (Total: 3)

Coding Level Haplotype Info (Total: 5)

Transcript Level Haplotype Info (Total: 7)

Genebody Level Haplotype Info (Total: 344)

Haplotype Details by Sample (Haploid Level) (Total: 354)

Amino acid(protein) Level Haplotype Related Variants (Effect to Protein Coding Variants) (Total: 2)

Coding Level Variants (On coding region but no effect to protein coding variants: Synonymous Mutations) (Total: 2)

Transcript Level Haplotype Variants (Exon) (Total: 1)

Genebody Level Haplotype Variants (Intron) (Total: 810)

Annotation (Repeats)

Annotation (SNP Array)