Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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chr6:24447883	C C	T T	1	a0024 a0024	1	HG02165.hp2 HG02165.hp2	missense_variant	MODERATE	c.1672G>A c.1672G>A	p.Asp558Asn p.Asp558Asn	GPLD1	ENSG00000112293.15	transcript	ENST00000230036.2	protein_coding	17/25	1739/5790	1672/2523	558/840	chr6	24447883
chr6:24448166	A A	T T	2	a0014 a0028 a0014 a0028	3	HG02280.hp2 HG02886.hp1 HG03139.hp1 HG02280.hp2 HG02886.hp1 HG03139.hp1	missense_variant	MODERATE	c.1489T>A c.1489T>A	p.Ser497Thr p.Ser497Thr	GPLD1	ENSG00000112293.15	transcript	ENST00000230036.2	protein_coding	16/25	1556/5790	1489/2523	497/840	chr6	24448166
chr6:24454085	T T	C C	2	a0011 a0034 a0011 a0034	3	HG00140.hp1 HG02738.hp2 NA20905.hp1 HG00140.hp1 HG02738.hp2 NA20905.hp1	missense_variant	MODERATE	c.1265A>G c.1265A>G	p.Asn422Ser p.Asn422Ser	GPLD1	ENSG00000112293.15	transcript	ENST00000230036.2	protein_coding	14/25	1332/5790	1265/2523	422/840	chr6	24454085
chr6:24454164	C C	T T	2	a0005 a0029 a0005 a0029	27	HG00642.hp2 HG01081.hp1 HG01243.hp2 others(24): Show HG00642.hp2 HG01081.hp1 HG01243.hp2 HG01255.hp1 HG02109.hp2 HG02145.hp1 HG02145.hp2 HG02257.hp2 HG02486.hp1 HG02572.hp1 HG02622.hp1 HG02809.hp1 HG02886.hp2 HG02895.hp1 HG02896.hp1 HG02896.hp2 HG02897.hp1 HG02897.hp2 HG03098.hp2 HG03130.hp2 HG03139.hp2 HG03209.hp2 HG03471.hp1 HG03516.hp2 HG03540.hp2 NA18906.hp2 NA21309.hp2	missense_variant	MODERATE	c.1186G>A c.1186G>A	p.Gly396Ser p.Gly396Ser	GPLD1	ENSG00000112293.15	transcript	ENST00000230036.2	protein_coding	14/25	1253/5790	1186/2523	396/840	chr6	24454164
chr6:24456589	T T	C C	1	a0030 a0030	1	HG03831.hp1 HG03831.hp1	missense_variant	MODERATE	c.1057A>G c.1057A>G	p.Met353Val p.Met353Val	GPLD1	ENSG00000112293.15	transcript	ENST00000230036.2	protein_coding	13/25	1124/5790	1057/2523	353/840	chr6	24456589
chr6:24462792	G G	C C	8	a0006 a0009 a0010 others(5): Show a0006 a0009 a0010 a0022 a0024 a0025 a0027 a0033	36	HG00408.hp1 HG00558.hp1 HG00733.hp1 others(33): Show HG00408.hp1 HG00558.hp1 HG00733.hp1 HG00735.hp1 HG00735.hp2 HG01070.hp2 HG01074.hp1 HG01099.hp1 HG01123.hp1 HG01169.hp1 HG01243.hp1 HG01433.hp2 HG01496.hp1 HG01981.hp1 HG02040.hp1 HG02074.hp1 HG02083.hp2 HG02148.hp2 HG02165.hp2 HG02451.hp1 HG02559.hp1 HG02683.hp1 HG03927.hp2 HG04204.hp1 NA18952.hp1 NA18962.hp1 NA18970.hp1 NA18983.hp2 NA18985.hp2 NA18986.hp1 NA19007.hp1 NA19011.hp2 NA19054.hp2 NA19085.hp1 NA19086.hp2 NA19087.hp1	missense_variant	MODERATE	c.825C>G c.825C>G	p.Asp275Glu p.Asp275Glu	GPLD1	ENSG00000112293.15	transcript	ENST00000230036.2	protein_coding	11/25	892/5790	825/2523	275/840	chr6	24462792
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chr6:24473633	G G	A A	1	a0020 a0020	1	HG01167.hp1 HG01167.hp1	missense_variant	MODERATE	c.476C>T c.476C>T	p.Ser159Leu p.Ser159Leu	GPLD1	ENSG00000112293.15	transcript	ENST00000230036.2	protein_coding	6/25	543/5790	476/2523	159/840	chr6	24473633
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chr6:24489463	G G	C C	11	a0004 a0005 a0007 others(8): Show a0004 a0005 a0007 a0015 a0019 a0021 a0022 a0025 a0026 a0027 a0034	73	HG00140.hp2 HG00423.hp1 HG00642.hp2 others(70): Show HG00140.hp2 HG00423.hp1 HG00642.hp2 HG00741.hp1 HG01081.hp1 HG01243.hp2 HG01255.hp1 HG01261.hp2 HG01346.hp1 HG01433.hp2 HG01496.hp2 HG02056.hp2 HG02109.hp2 HG02145.hp1 HG02145.hp2 HG02257.hp2 HG02258.hp1 HG02451.hp1 HG02451.hp2 HG02486.hp1 HG02486.hp2 HG02572.hp1 HG02602.hp1 HG02622.hp1 HG02630.hp1 HG02647.hp1 HG02647.hp2 HG02683.hp1 HG02809.hp1 HG02886.hp2 HG02895.hp1 HG02896.hp1 HG02896.hp2 HG02897.hp1 HG02897.hp2 HG02922.hp2 HG02965.hp1 HG03130.hp2 HG03139.hp2 HG03209.hp2 HG03471.hp1 HG03490.hp2 HG03492.hp1 HG03516.hp2 HG03540.hp2 HG03831.hp2 HG04115.hp1 HG04204.hp2 HG06807.hp1 HG06807.hp2 NA18522.hp1 NA18906.hp2 NA18943.hp2 NA18946.hp1 NA18960.hp2 NA18963.hp1 NA18969.hp2 NA18973.hp1 NA18977.hp1 NA18981.hp2 NA18989.hp1 NA18990.hp2 NA18999.hp1 NA19003.hp2 NA19007.hp2 NA19056.hp1 NA19058.hp1 NA19067.hp1 NA19072.hp1 NA19074.hp1 NA20905.hp1 NA21309.hp1 NA21309.hp2	missense_variant	MODERATE	c.49C>G c.49C>G	p.Leu17Val p.Leu17Val	GPLD1	ENSG00000112293.15	transcript	ENST00000230036.2	protein_coding	1/25	116/5790	49/2523	17/840	chr6	24489463
chr6:24489505	C C	G G	2	a0019 a0021 a0019 a0021	2	HG00140.hp2 HG01346.hp1 HG00140.hp2 HG01346.hp1	missense_variant	MODERATE	c.7G>C c.7G>C	p.Ala3Pro p.Ala3Pro	GPLD1	ENSG00000112293.15	transcript	ENST00000230036.2	protein_coding	1/25	74/5790	7/2523	3/840	chr6	24489505

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chr6:24437180	G G	A A	2	a0001c0034 a0003c0027 a0001c0034 a0003c0027	2	HG01175.hp2 HG04184.hp1 HG01175.hp2 HG04184.hp1	synonymous_variant	LOW	c.2130C>T c.2130C>T	p.Ser710Ser p.Ser710Ser	GPLD1	ENSG00000112293.15	transcript	ENST00000230036.2	protein_coding	21/25	2197/5790	2130/2523	710/840	chr6	24437180
chr6:24437207	C C	T T	5	a0008c0009 a0013c0013 a0015c0021 others(2): Show a0008c0009 a0013c0013 a0015c0021 a0016c0014 a0026c0048	15	HG01884.hp2 HG01943.hp2 HG02486.hp2 others(12): Show HG01884.hp2 HG01943.hp2 HG02486.hp2 HG02615.hp2 HG02630.hp1 HG02723.hp1 HG02818.hp2 HG03098.hp1 HG03130.hp1 HG03195.hp1 HG03225.hp1 HG03579.hp2 NA18522.hp1 NA18522.hp2 NA19043.hp1	synonymous_variant	LOW	c.2103G>A c.2103G>A	p.Ala701Ala p.Ala701Ala	GPLD1	ENSG00000112293.15	transcript	ENST00000230036.2	protein_coding	21/25	2170/5790	2103/2523	701/840	chr6	24437207
chr6:24437249	G G	A A	1	a0001c0035 a0001c0035	1	HG01361.hp1 HG01361.hp1	synonymous_variant	LOW	c.2061C>T c.2061C>T	p.His687His p.His687His	GPLD1	ENSG00000112293.15	transcript	ENST00000230036.2	protein_coding	21/25	2128/5790	2061/2523	687/840	chr6	24437249
chr6:24437261	G G	A A	2	a0001c0036 a0003c0028 a0001c0036 a0003c0028	2	HG02622.hp2 HG02922.hp1 HG02622.hp2 HG02922.hp1	synonymous_variant	LOW	c.2049C>T c.2049C>T	p.Thr683Thr p.Thr683Thr	GPLD1	ENSG00000112293.15	transcript	ENST00000230036.2	protein_coding	21/25	2116/5790	2049/2523	683/840	chr6	24437261
chr6:24445601	G G	A A	9	a0001c0001 a0001c0016 a0001c0038 others(6): Show a0001c0001 a0001c0016 a0001c0038 a0003c0008 a0006c0041 a0011c0018 a0030c0040 a0032c0037 a0034c0044	87	HG00099.hp2 HG00140.hp1 HG00423.hp2 others(84): Show HG00099.hp2 HG00140.hp1 HG00423.hp2 HG00438.hp1 HG00558.hp2 HG00621.hp1 HG00733.hp2 HG01175.hp1 HG01257.hp1 HG01258.hp1 HG01358.hp2 HG01361.hp2 HG01884.hp1 HG01891.hp1 HG01928.hp2 HG01943.hp1 HG01975.hp2 HG01993.hp2 HG02040.hp1 HG02056.hp1 HG02080.hp1 HG02083.hp1 HG02135.hp1 HG02280.hp1 HG02300.hp2 HG02698.hp1 HG02738.hp2 HG03516.hp1 HG03669.hp1 HG03710.hp1 HG03831.hp1 HG03942.hp1 HG04184.hp2 NA18747.hp1 NA18747.hp2 NA18941.hp2 NA18942.hp2 NA18943.hp1 NA18946.hp2 NA18949.hp2 NA18952.hp2 NA18954.hp1 NA18954.hp2 NA18956.hp1 NA18957.hp1 NA18957.hp2 NA18960.hp1 NA18962.hp2 NA18963.hp2 NA18964.hp2 NA18966.hp1 NA18968.hp1 NA18969.hp1 NA18971.hp1 NA18971.hp2 NA18973.hp2 NA18979.hp1 NA18980.hp2 NA18982.hp1 NA18983.hp1 NA18985.hp1 NA18986.hp2 NA18991.hp1 NA18991.hp2 NA18992.hp1 NA18994.hp1 NA18994.hp2 NA18995.hp1 NA18995.hp2 NA18999.hp2 NA19002.hp2 NA19003.hp1 NA19005.hp2 NA19030.hp2 NA19054.hp1 NA19055.hp1 NA19063.hp1 NA19064.hp2 NA19067.hp2 NA19070.hp2 NA19082.hp1 NA19085.hp2 NA19087.hp2 NA19091.hp2 NA19240.hp2 NA20129.hp1 NA20905.hp1	synonymous_variant	LOW	c.1965C>T c.1965C>T	p.His655His p.His655His	GPLD1	ENSG00000112293.15	transcript	ENST00000230036.2	protein_coding	20/25	2032/5790	1965/2523	655/840	chr6	24445601
chr6:24446948	C C	T T	1	a0005c0046 a0005c0046	1	NA21309.hp2 NA21309.hp2	synonymous_variant	LOW	c.1710G>A c.1710G>A	p.Thr570Thr p.Thr570Thr	GPLD1	ENSG00000112293.15	transcript	ENST00000230036.2	protein_coding	18/25	1777/5790	1710/2523	570/840	chr6	24446948
chr6:24446969	G G	A A	1	a0005c0047 a0005c0047	1	HG01243.hp2 HG01243.hp2	synonymous_variant	LOW	c.1689C>T c.1689C>T	p.Asn563Asn p.Asn563Asn	GPLD1	ENSG00000112293.15	transcript	ENST00000230036.2	protein_coding	18/25	1756/5790	1689/2523	563/840	chr6	24446969
chr6:24447959	G G	A A	1	a0001c0038 a0001c0038	1	NA19005.hp2 NA19005.hp2	synonymous_variant	LOW	c.1596C>T c.1596C>T	p.Ile532Ile p.Ile532Ile	GPLD1	ENSG00000112293.15	transcript	ENST00000230036.2	protein_coding	17/25	1663/5790	1596/2523	532/840	chr6	24447959
chr6:24448152	G G	A A	1	a0017c0039 a0017c0039	1	HG03471.hp2 HG03471.hp2	synonymous_variant	LOW	c.1503C>T c.1503C>T	p.Asn501Asn p.Asn501Asn	GPLD1	ENSG00000112293.15	transcript	ENST00000230036.2	protein_coding	16/25	1570/5790	1503/2523	501/840	chr6	24448152
chr6:24454135	G G	A A	1	a0002c0019 a0002c0019	2	HG01069.hp2 HG01071.hp1 HG01069.hp2 HG01071.hp1	synonymous_variant	LOW	c.1215C>T c.1215C>T	p.Tyr405Tyr p.Tyr405Tyr	GPLD1	ENSG00000112293.15	transcript	ENST00000230036.2	protein_coding	14/25	1282/5790	1215/2523	405/840	chr6	24454135
chr6:24454168	C C	A A	5	a0003c0029 a0006c0020 a0007c0049 others(2): Show a0003c0029 a0006c0020 a0007c0049 a0022c0051 a0027c0045	6	HG01070.hp2 HG01433.hp2 HG01891.hp2 others(3): Show HG01070.hp2 HG01433.hp2 HG01891.hp2 HG02683.hp1 HG04204.hp1 HG06807.hp1	synonymous_variant	LOW	c.1182G>T c.1182G>T	p.Gly394Gly p.Gly394Gly	GPLD1	ENSG00000112293.15	transcript	ENST00000230036.2	protein_coding	14/25	1249/5790	1182/2523	394/840	chr6	24454168
chr6:24466808	A A	C C	1	a0001c0016 a0001c0016	2	NA18995.hp2 NA19087.hp2 NA18995.hp2 NA19087.hp2	synonymous_variant	LOW	c.693T>G c.693T>G	p.Thr231Thr p.Thr231Thr	GPLD1	ENSG00000112293.15	transcript	ENST00000230036.2	protein_coding	10/25	760/5790	693/2523	231/840	chr6	24466808
chr6:24467265	T T	C C	1	a0029c0031 a0029c0031	1	HG03098.hp2 HG03098.hp2	synonymous_variant	LOW	c.555A>G c.555A>G	p.Pro185Pro p.Pro185Pro	GPLD1	ENSG00000112293.15	transcript	ENST00000230036.2	protein_coding	8/25	622/5790	555/2523	185/840	chr6	24467265
chr6:24479885	T T	C C	2	a0019c0022 a0021c0023 a0019c0022 a0021c0023	2	HG00140.hp2 HG01346.hp1 HG00140.hp2 HG01346.hp1	synonymous_variant	LOW	c.228A>G c.228A>G	p.Lys76Lys p.Lys76Lys	GPLD1	ENSG00000112293.15	transcript	ENST00000230036.2	protein_coding	3/25	295/5790	228/2523	76/840	chr6	24479885

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chr6:24489282	C C	G G	2	a0001c0004t0087g0144 a0017c0039t0079g0143 a0001c0004t0087g0144 a0017c0039t0079g0143	2	HG02809.hp2 HG03471.hp2 HG02809.hp2 HG03471.hp2	intron_variant	MODIFIER	c.97+133G>C c.97+133G>C	GPLD1	ENSG00000112293.15	transcript	ENST00000230036.2	protein_coding	1/24	chr6	24489282
chr6:24489284	G G	A A	1	a0002c0002t0002g0341 a0002c0002t0002g0341	1	HG02735.hp1 HG02735.hp1	intron_variant	MODIFIER	c.97+131C>T c.97+131C>T	GPLD1	ENSG00000112293.15	transcript	ENST00000230036.2	protein_coding	1/24	chr6	24489284
chr6:24489285	C C	A A	1	a0002c0002t0002g0341 a0002c0002t0002g0341	1	HG02735.hp1 HG02735.hp1	intron_variant	MODIFIER	c.97+130G>T c.97+130G>T	GPLD1	ENSG00000112293.15	transcript	ENST00000230036.2	protein_coding	1/24	chr6	24489285

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GPLD1_chr6_24420832_24494578 Genic Haplotype Structure on iGV

Translation Multiple Alignment View

Gene Summary (with MANE)

Amino acid(protein) Level Haplotype Info (Total: 34)

Coding Level Haplotype Info (Total: 51)

Transcript Level Haplotype Info (Total: 129)

Genebody Level Haplotype Info (Total: 341)

Haplotype Details by Sample (Haploid Level) (Total: 358)

Amino acid(protein) Level Haplotype Related Variants (Effect to Protein Coding Variants) (Total: 18)

Coding Level Variants (On coding region but no effect to protein coding variants: Synonymous Mutations) (Total: 14)

Transcript Level Haplotype Variants (Exon) (Total: 60)

Genebody Level Haplotype Variants (Intron) (Total: 1135)

Annotation (Repeats)

Annotation (SNP Array)