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chr2:176123138	C C	T T	1	a0004 a0004	2	HG04115.hp1 HG04115.hp2 HG04115.hp1 HG04115.hp2	missense_variant	MODERATE	c.370C>T c.370C>T	p.Pro124Ser p.Pro124Ser	HOXD9	ENSG00000128709.13	transcript	ENST00000249499.8	protein_coding	1/2	420/1871	370/1059	124/352		chr2	176123138
chr2:176123562	C C	CGCA CGCA	3	a0002 a0005 a0007 a0002 a0005 a0007	146	HG00280.hp1 HG00280.hp2 HG00323.hp2 others(143): Show HG00280.hp1 HG00280.hp2 HG00323.hp2 HG00423.hp1 HG00438.hp1 HG00544.hp1 HG00558.hp1 HG00597.hp2 HG00639.hp2 HG00642.hp1 HG00642.hp2 HG00673.hp1 HG00673.hp2 HG00733.hp1 HG00741.hp1 HG01074.hp1 HG01099.hp1 HG01106.hp2 HG01167.hp2 HG01168.hp1 HG01257.hp1 HG01257.hp2 HG01258.hp1 HG01261.hp2 HG01346.hp1 HG01346.hp2 HG01433.hp1 HG01515.hp2 HG01517.hp1 HG01928.hp2 HG01943.hp1 HG01943.hp2 HG01952.hp1 HG01952.hp2 HG01981.hp1 HG02004.hp1 HG02004.hp2 HG02015.hp2 HG02040.hp2 HG02056.hp2 HG02071.hp1 HG02083.hp2 HG02129.hp1 HG02129.hp2 HG02135.hp1 HG02145.hp1 HG02148.hp1 HG02148.hp2 HG02293.hp1 HG02293.hp2 HG02300.hp1 HG02451.hp2 HG02602.hp2 HG02647.hp1 HG02683.hp1 HG02683.hp2 HG02738.hp1 HG02738.hp2 HG02886.hp1 HG02896.hp1 HG02970.hp2 HG03041.hp1 HG03225.hp2 HG03239.hp1 HG03239.hp2 HG03654.hp1 HG03688.hp1 HG03710.hp1 HG03834.hp1 HG03942.hp1 HG03942.hp2 HG04184.hp1 HG04228.hp1 NA18612.hp2 NA18940.hp2 NA18941.hp1 NA18944.hp2 NA18945.hp2 NA18946.hp1 NA18947.hp2 NA18948.hp1 NA18949.hp1 NA18951.hp1 NA18951.hp2 NA18952.hp2 NA18956.hp1 NA18957.hp1 NA18959.hp1 NA18959.hp2 NA18961.hp2 NA18962.hp1 NA18964.hp2 NA18965.hp1 NA18966.hp1 NA18966.hp2 NA18968.hp1 NA18969.hp1 NA18969.hp2 NA18975.hp2 NA18977.hp1 NA18978.hp1 NA18978.hp2 NA18979.hp1 NA18982.hp2 NA18985.hp1 NA18985.hp2 NA18986.hp1 NA18989.hp2 NA18990.hp2 NA18992.hp1 NA18993.hp1 NA18993.hp2 NA18994.hp2 NA19000.hp1 NA19000.hp2 NA19001.hp1 NA19002.hp1 NA19005.hp2 NA19007.hp2 NA19010.hp1 NA19011.hp1 NA19011.hp2 NA19054.hp1 NA19054.hp2 NA19055.hp2 NA19057.hp1 NA19060.hp1 NA19063.hp1 NA19064.hp2 NA19067.hp1 NA19070.hp1 NA19070.hp2 NA19074.hp1 NA19074.hp2 NA19079.hp1 NA19080.hp1 NA19084.hp1 NA19084.hp2 NA19085.hp1 NA19086.hp2 NA19087.hp1 NA19088.hp1 NA19090.hp1 NA20752.hp2 NA20805.hp1 homoSapiens_chm13v2.hp1	disruptive_inframe_insertion	MODERATE	c.804_806dupGCA c.804_806dupGCA	p.Gln269dup p.Gln269dup	HOXD9	ENSG00000128709.13	transcript	ENST00000249499.8	protein_coding	1/2	857/1871	807/1059	269/352	INFO_REALIGN_3_PRIME	chr2	176123562
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chr2:176124031	C C	T T	1	a0002c0012 a0002c0012	1	NA18992.hp1 NA18992.hp1	synonymous_variant	LOW	c.915C>T c.915C>T	p.Leu305Leu p.Leu305Leu	HOXD9	ENSG00000128709.13	transcript	ENST00000249499.8	protein_coding	2/2	965/1871	915/1059	305/352	chr2	176124031
chr2:176124037	C C	T T	1	a0001c0004 a0001c0004	4	HG02965.hp1 HG03098.hp2 NA18522.hp2 others(1): Show HG02965.hp1 HG03098.hp2 NA18522.hp2 NA18906.hp2	synonymous_variant	LOW	c.921C>T c.921C>T	p.Asn307Asn p.Asn307Asn	HOXD9	ENSG00000128709.13	transcript	ENST00000249499.8	protein_coding	2/2	971/1871	921/1059	307/352	chr2	176124037

chr:pos	ref	alt	# # of thapid:transcript level	thapids	# # of haplotypeids	haplotypeids	annotation	impact	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	status	chr	pos
chr2:176122728	C C	A A	1	a0001c0001t0006 a0001c0001t0006	1	HG00741.hp2 HG00741.hp2	5_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.-41C>A c.-41C>A	HOXD9	ENSG00000128709.13	transcript	ENST00000249499.8	protein_coding	1/2	41		chr2	176122728
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chr2:176124285	ACTT ACTT	A A	1	a0001c0001t0004 a0001c0001t0004	4	HG01891.hp2 HG02647.hp2 HG03130.hp1 others(1): Show HG01891.hp2 HG02647.hp2 HG03130.hp1 NA19030.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.120_122delCTT c.120_122delCTT	HOXD9	ENSG00000128709.13	transcript	ENST00000249499.8	protein_coding	2/2	120	INFO_REALIGN_3_PRIME	chr2	176124285
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chr2:176123684	C C	T T	5	a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0004g0002 a0001c0003t0001g0002 others(2): Show a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0004g0002 a0001c0003t0001g0002 a0003c0005t0001g0002 a0003c0005t0008g0002	39	HG01243.hp1 HG01884.hp1 HG01884.hp2 others(36): Show HG01243.hp1 HG01884.hp1 HG01884.hp2 HG01891.hp1 HG01891.hp2 HG02055.hp1 HG02055.hp2 HG02109.hp1 HG02109.hp2 HG02145.hp2 HG02257.hp2 HG02486.hp2 HG02559.hp2 HG02572.hp2 HG02630.hp1 HG02647.hp2 HG02717.hp2 HG02723.hp2 HG02895.hp1 HG02897.hp2 HG02922.hp1 HG02965.hp2 HG02976.hp1 HG02976.hp2 HG03098.hp1 HG03130.hp1 HG03130.hp2 HG03139.hp2 HG03209.hp1 HG03453.hp1 HG03486.hp1 HG03491.hp2 HG03516.hp2 HG03540.hp1 HG03540.hp2 NA19030.hp1 NA19240.hp1 NA20129.hp1 NA20129.hp2	intron_variant	MODIFIER	c.817+99C>T c.817+99C>T		HOXD9	ENSG00000128709.13	transcript	ENST00000249499.8	protein_coding	1/1						chr2	176123684
chr2:176123847	T T	C C	1	a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0003	5	HG02258.hp2 HG02922.hp2 HG03486.hp2 others(2): Show HG02258.hp2 HG02922.hp2 HG03486.hp2 NA19043.hp1 NA19240.hp2	intron_variant	MODIFIER	c.818-87T>C c.818-87T>C		HOXD9	ENSG00000128709.13	transcript	ENST00000249499.8	protein_coding	1/1						chr2	176123847

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🧬 JoGo Online Haplotype Explorer HOXD9_chr2_176117719_176129937

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ACTG-Haplotype Mutation Positions 3D Viewer

🧬 Gene Summary

AAmino acid(protein) Level Haplotype Info (Total: 9)

CCoding Level Haplotype Info (Total: 13)

TTranscript Level Haplotype Info (Total: 11)

GGenebody Level Haplotype Info (Total: 3)

A C AC Level (Amino Acid + Coding) Haplotype Info (Total: 13)

A C T ACT Level (Amino Acid + Coding + Transcript) Haplotype Info (Total: 24)

A C T G ACTG Level (Amino Acid + Coding + Transcript + Genebody) Haplotype Info (Total: 27)

Haplotype Details by Sample (Haploid Level) (Total: 404)

AAmino acid(protein) Level Haplotype Related Variants (Effect to Protein Coding Variants) (Total: 8)

CCoding Level Variants (Synonymous Mutations) (Total: 4)

TTranscript Level Haplotype Variants (5'UTR+3'UTR) (Total: 10)

GGenebody Level Haplotype Variants (Intron) (Total: 2)

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Annotation (Repeats)

Annotation (SNP Array)