Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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NA21309	hp1	a0001	c0001	t0076	g0320	AFR	LWK	IPO9_chr1_201824157_201889291	IPO9	chr1	201824157	201889291
NA21309	hp2	a0001	c0001	t0079	g0152	AFR	LWK	IPO9_chr1_201824157_201889291	IPO9	chr1	201824157	201889291
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chr1:201829283	T T	C C	1	a0003 a0003	1	HG00673.hp2 HG00673.hp2	missense_variant	MODERATE	c.74T>C c.74T>C	p.Leu25Ser p.Leu25Ser	IPO9	ENSG00000198700.10	transcript	ENST00000361565.9	protein_coding	1/24	127/11416	74/3126	25/1041	chr1	201829283
chr1:201847564	A A	G G	1	a0008 a0008	1	NA19011.hp2 NA19011.hp2	missense_variant	MODERATE	c.238A>G c.238A>G	p.Ile80Val p.Ile80Val	IPO9	ENSG00000198700.10	transcript	ENST00000361565.9	protein_coding	3/24	291/11416	238/3126	80/1041	chr1	201847564
chr1:201853041	G G	A A	1	a0007 a0007	1	NA18966.hp1 NA18966.hp1	missense_variant	MODERATE	c.634G>A c.634G>A	p.Val212Met p.Val212Met	IPO9	ENSG00000198700.10	transcript	ENST00000361565.9	protein_coding	6/24	687/11416	634/3126	212/1041	chr1	201853041
chr1:201855809	G G	A A	1	a0002 a0002	3	NA19060.hp2 NA19063.hp1 NA19090.hp1 NA19060.hp2 NA19063.hp1 NA19090.hp1	missense_variant	MODERATE	c.997G>A c.997G>A	p.Val333Ile p.Val333Ile	IPO9	ENSG00000198700.10	transcript	ENST00000361565.9	protein_coding	10/24	1050/11416	997/3126	333/1041	chr1	201855809
chr1:201874302	C C	G G	1	a0005 a0005	1	HG03017.hp2 HG03017.hp2	missense_variant	MODERATE	c.2763C>G c.2763C>G	p.Ile921Met p.Ile921Met	IPO9	ENSG00000198700.10	transcript	ENST00000361565.9	protein_coding	21/24	2816/11416	2763/3126	921/1041	chr1	201874302
chr1:201874841	A A	G G	1	a0006 a0006	1	NA18612.hp1 NA18612.hp1	missense_variant	MODERATE	c.2843A>G c.2843A>G	p.Asn948Ser p.Asn948Ser	IPO9	ENSG00000198700.10	transcript	ENST00000361565.9	protein_coding	22/24	2896/11416	2843/3126	948/1041	chr1	201874841
chr1:201876028	C C	T T	1	a0004 a0004	1	HG03017.hp1 HG03017.hp1	stop_gained	HIGH	c.3100C>T c.3100C>T	p.Arg1034* p.Arg1034*	IPO9	ENSG00000198700.10	transcript	ENST00000361565.9	protein_coding	24/24	3153/11416	3100/3126	1034/1041	chr1	201876028

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chr1:201829272	A A	G G	1	a0001c0004 a0001c0004	4	HG01109.hp1 HG03195.hp1 HG03540.hp2 others(1): Show HG01109.hp1 HG03195.hp1 HG03540.hp2 NA20300.hp1	synonymous_variant	LOW	c.63A>G c.63A>G	p.Leu21Leu p.Leu21Leu	IPO9	ENSG00000198700.10	transcript	ENST00000361565.9	protein_coding	1/24	116/11416	63/3126	21/1041	chr1	201829272
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chr1:201874929	T T	C C	1	a0001c0002 a0001c0002	6	HG00408.hp2 HG02027.hp1 NA18997.hp1 others(3): Show HG00408.hp2 HG02027.hp1 NA18997.hp1 NA19001.hp2 NA19007.hp1 NA19012.hp2	synonymous_variant	LOW	c.2931T>C c.2931T>C	p.Ser977Ser p.Ser977Ser	IPO9	ENSG00000198700.10	transcript	ENST00000361565.9	protein_coding	22/24	2984/11416	2931/3126	977/1041	chr1	201874929

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chr1:201876181	G G	T T	4	a0001c0001t0020 a0001c0001t0091 a0001c0003t0020 others(1): Show a0001c0001t0020 a0001c0001t0091 a0001c0003t0020 a0001c0003t0090	7	HG01361.hp2 HG02602.hp1 HG02735.hp2 others(4): Show HG01361.hp2 HG02602.hp1 HG02735.hp2 HG03654.hp1 HG04184.hp2 HG04199.hp1 HG04228.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.127G>T c.127G>T	IPO9	ENSG00000198700.10	transcript	ENST00000361565.9	protein_coding	24/24	127		chr1	201876181
chr1:201876185	G G	T T	2	a0001c0004t0032 a0001c0004t0089 a0001c0004t0032 a0001c0004t0089	4	HG01109.hp1 HG03195.hp1 HG03540.hp2 others(1): Show HG01109.hp1 HG03195.hp1 HG03540.hp2 NA20300.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.131G>T c.131G>T	IPO9	ENSG00000198700.10	transcript	ENST00000361565.9	protein_coding	24/24	131		chr1	201876185
chr1:201876267	C C	T T	2	a0001c0004t0032 a0001c0004t0089 a0001c0004t0032 a0001c0004t0089	4	HG01109.hp1 HG03195.hp1 HG03540.hp2 others(1): Show HG01109.hp1 HG03195.hp1 HG03540.hp2 NA20300.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.213C>T c.213C>T	IPO9	ENSG00000198700.10	transcript	ENST00000361565.9	protein_coding	24/24	213		chr1	201876267
chr1:201876278	G G	C C	5	a0001c0001t0045 a0001c0001t0046 a0001c0001t0047 others(2): Show a0001c0001t0045 a0001c0001t0046 a0001c0001t0047 a0001c0004t0032 a0001c0004t0089	7	HG01109.hp1 HG02922.hp2 HG03041.hp2 others(4): Show HG01109.hp1 HG02922.hp2 HG03041.hp2 HG03195.hp1 HG03471.hp1 HG03540.hp2 NA20300.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.224G>C c.224G>C	IPO9	ENSG00000198700.10	transcript	ENST00000361565.9	protein_coding	24/24	224		chr1	201876278
chr1:201876304	C C	T T	9	a0001c0001t0006 a0001c0001t0010 a0001c0001t0031 others(6): Show a0001c0001t0006 a0001c0001t0010 a0001c0001t0031 a0001c0001t0083 a0001c0001t0084 a0001c0001t0085 a0001c0001t0086 a0001c0001t0087 a0001c0001t0088	40	HG00408.hp1 HG00558.hp1 HG00642.hp1 others(37): Show HG00408.hp1 HG00558.hp1 HG00642.hp1 HG00733.hp2 HG00741.hp2 HG01070.hp2 HG01081.hp1 HG01257.hp1 HG01261.hp2 HG01358.hp2 HG01515.hp1 HG01517.hp2 HG01928.hp1 HG01934.hp2 HG01975.hp1 HG01978.hp1 HG01993.hp1 HG02004.hp1 HG02056.hp2 HG02273.hp2 HG02300.hp2 HG02523.hp1 HG02572.hp2 HG03098.hp2 HG03195.hp2 HG03490.hp2 HG03834.hp2 HG04204.hp2 HG04228.hp2 NA18947.hp2 NA18951.hp2 NA18964.hp1 NA18983.hp2 NA18990.hp1 NA19000.hp2 NA19004.hp1 NA19066.hp1 NA19082.hp2 NA20300.hp2 NA20905.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.250C>T c.250C>T	IPO9	ENSG00000198700.10	transcript	ENST00000361565.9	protein_coding	24/24	250		chr1	201876304
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IPO9_chr1_201824157_201889291 Genic Haplotype Structure on iGV

Translation Multiple Alignment View

Gene Summary (with MANE)

Amino acid(protein) Level Haplotype Info (Total: 8)

Coding Level Haplotype Info (Total: 11)

Transcript Level Haplotype Info (Total: 99)

Genebody Level Haplotype Info (Total: 360)

Haplotype Details by Sample (Haploid Level) (Total: 396)

Amino acid(protein) Level Haplotype Related Variants (Effect to Protein Coding Variants) (Total: 7)

Coding Level Variants (On coding region but no effect to protein coding variants: Synonymous Mutations) (Total: 3)

Transcript Level Haplotype Variants (Exon) (Total: 114)

Genebody Level Haplotype Variants (Intron) (Total: 545)

Annotation (Repeats)

Annotation (SNP Array)