Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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chr2:160126549	G G	C C	3	a0001c0002 a0001c0013 a0007c0020 a0001c0002 a0001c0013 a0007c0020	80	HG00140.hp2 HG00408.hp2 HG00423.hp2 others(77): Show HG00140.hp2 HG00408.hp2 HG00423.hp2 HG00621.hp2 HG00735.hp1 HG01069.hp1 HG01071.hp1 HG01123.hp1 HG01192.hp2 HG01255.hp2 HG01257.hp1 HG01257.hp2 HG01258.hp1 HG01358.hp1 HG01496.hp2 HG01516.hp2 HG01884.hp2 HG01934.hp2 HG01943.hp1 HG01993.hp2 HG02040.hp1 HG02056.hp2 HG02071.hp1 HG02074.hp2 HG02129.hp2 HG02132.hp1 HG02155.hp1 HG02165.hp1 HG02273.hp1 HG02738.hp1 HG03654.hp2 HG03704.hp1 HG03710.hp2 HG04184.hp2 NA18747.hp1 NA18940.hp2 NA18941.hp1 NA18945.hp2 NA18946.hp2 NA18951.hp1 NA18954.hp2 NA18956.hp2 NA18957.hp2 NA18959.hp1 NA18960.hp1 NA18963.hp2 NA18965.hp1 NA18966.hp1 NA18968.hp1 NA18969.hp1 NA18973.hp1 NA18975.hp1 NA18977.hp2 NA18980.hp2 NA18982.hp2 NA18985.hp2 NA18986.hp2 NA18995.hp1 NA18997.hp2 NA19002.hp2 NA19003.hp2 NA19005.hp2 NA19006.hp1 NA19007.hp1 NA19009.hp1 NA19054.hp2 NA19055.hp2 NA19056.hp1 NA19057.hp2 NA19068.hp2 NA19072.hp2 NA19075.hp2 NA19078.hp2 NA19081.hp1 NA19082.hp2 NA19085.hp1 NA19086.hp2 NA19088.hp2 NA19089.hp2 NA19090.hp1	synonymous_variant	LOW	c.1713C>G c.1713C>G	p.Gly571Gly p.Gly571Gly	ITGB6	ENSG00000115221.12	transcript	ENST00000283249.7	protein_coding	11/15	1922/4641	1713/2367	571/788	chr2	160126549
chr2:160137837	C C	T T	3	a0001c0004 a0001c0015 a0002c0007 a0001c0004 a0001c0015 a0002c0007	41	HG00423.hp1 HG00609.hp2 HG00621.hp1 others(38): Show HG00423.hp1 HG00609.hp2 HG00621.hp1 HG00673.hp2 HG02027.hp2 HG02040.hp2 HG02071.hp2 HG02074.hp1 HG02080.hp1 HG02129.hp1 HG02683.hp2 HG02698.hp2 HG02735.hp1 HG03654.hp1 HG03834.hp2 HG03942.hp1 HG04184.hp1 HG04199.hp2 NA18747.hp2 NA18946.hp1 NA18951.hp2 NA18953.hp1 NA18961.hp1 NA18963.hp1 NA18965.hp2 NA18968.hp2 NA18969.hp2 NA18982.hp1 NA18985.hp1 NA18994.hp1 NA18995.hp2 NA18997.hp1 NA18998.hp1 NA19009.hp2 NA19055.hp1 NA19058.hp2 NA19068.hp1 NA19070.hp2 NA19079.hp2 NA19082.hp1 NA19091.hp1	synonymous_variant	LOW	c.1257G>A c.1257G>A	p.Val419Val p.Val419Val	ITGB6	ENSG00000115221.12	transcript	ENST00000283249.7	protein_coding	10/15	1466/4641	1257/2367	419/788	chr2	160137837
chr2:160138119	G G	A A	1	a0001c0015 a0001c0015	1	NA19058.hp2 NA19058.hp2	synonymous_variant	LOW	c.1188C>T c.1188C>T	p.Asn396Asn p.Asn396Asn	ITGB6	ENSG00000115221.12	transcript	ENST00000283249.7	protein_coding	9/15	1397/4641	1188/2367	396/788	chr2	160138119
chr2:160169287	T T	C C	1	a0001c0018 a0001c0018	1	HG02027.hp1 HG02027.hp1	synonymous_variant	LOW	c.942A>G c.942A>G	p.Gln314Gln p.Gln314Gln	ITGB6	ENSG00000115221.12	transcript	ENST00000283249.7	protein_coding	7/15	1151/4641	942/2367	314/788	chr2	160169287
chr2:160172707	G G	A A	4	a0001c0002 a0001c0005 a0001c0019 others(1): Show a0001c0002 a0001c0005 a0001c0019 a0007c0020	97	HG00099.hp1 HG00140.hp1 HG00140.hp2 others(94): Show HG00099.hp1 HG00140.hp1 HG00140.hp2 HG00280.hp1 HG00408.hp2 HG00423.hp2 HG00621.hp2 HG00639.hp2 HG00642.hp2 HG00733.hp1 HG00735.hp1 HG00741.hp2 HG01069.hp1 HG01069.hp2 HG01071.hp1 HG01099.hp2 HG01123.hp1 HG01167.hp1 HG01169.hp2 HG01192.hp2 HG01255.hp2 HG01257.hp1 HG01257.hp2 HG01258.hp1 HG01358.hp1 HG01358.hp2 HG01496.hp1 HG01496.hp2 HG01516.hp2 HG01884.hp2 HG01934.hp2 HG01943.hp1 HG01993.hp2 HG02040.hp1 HG02071.hp1 HG02074.hp2 HG02129.hp2 HG02132.hp1 HG02135.hp2 HG02155.hp1 HG02165.hp1 HG02273.hp1 HG02293.hp1 HG02738.hp1 HG02965.hp2 HG03491.hp2 HG03654.hp2 HG03704.hp1 HG03710.hp2 HG04184.hp2 NA18747.hp1 NA18940.hp2 NA18941.hp1 NA18945.hp2 NA18946.hp2 NA18951.hp1 NA18954.hp2 NA18956.hp2 NA18957.hp2 NA18959.hp1 NA18960.hp1 NA18963.hp2 NA18965.hp1 NA18966.hp1 NA18968.hp1 NA18969.hp1 NA18973.hp1 NA18975.hp1 NA18977.hp2 NA18980.hp2 NA18982.hp2 NA18985.hp2 NA18986.hp2 NA18995.hp1 NA18997.hp2 NA19002.hp2 NA19003.hp2 NA19005.hp2 NA19006.hp1 NA19007.hp1 NA19009.hp1 NA19054.hp2 NA19055.hp2 NA19056.hp1 NA19057.hp2 NA19068.hp2 NA19072.hp2 NA19075.hp2 NA19078.hp2 NA19081.hp1 NA19082.hp2 NA19085.hp1 NA19086.hp2 NA19088.hp2 NA19089.hp2 NA19090.hp1 NA20805.hp1	synonymous_variant	LOW	c.783C>T c.783C>T	p.Asp261Asp p.Asp261Asp	ITGB6	ENSG00000115221.12	transcript	ENST00000283249.7	protein_coding	6/15	992/4641	783/2367	261/788	chr2	160172707
chr2:160173998	T T	C C	1	a0001c0021 a0001c0021	1	NA18959.hp2 NA18959.hp2	synonymous_variant	LOW	c.735A>G c.735A>G	p.Ala245Ala p.Ala245Ala	ITGB6	ENSG00000115221.12	transcript	ENST00000283249.7	protein_coding	5/15	944/4641	735/2367	245/788	chr2	160173998
chr2:160174016	G G	C C	1	a0001c0006 a0001c0006	5	HG02486.hp1 HG02572.hp2 HG02647.hp2 others(2): Show HG02486.hp1 HG02572.hp2 HG02647.hp2 HG03130.hp2 HG03540.hp2	synonymous_variant	LOW	c.717C>G c.717C>G	p.Pro239Pro p.Pro239Pro	ITGB6	ENSG00000115221.12	transcript	ENST00000283249.7	protein_coding	5/15	926/4641	717/2367	239/788	chr2	160174016

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chr2:160100052	C C	T T	1	a0001c0001t0017 a0001c0001t0017	1	HG01891.hp2 HG01891.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.1684G>A c.1684G>A	ITGB6	ENSG00000115221.12	transcript	ENST00000283249.7	protein_coding	15/15	1684	chr2	160100052
chr2:160100165	A A	G G	1	a0001c0002t0011 a0001c0002t0011	1	HG00408.hp2 HG00408.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.1571T>C c.1571T>C	ITGB6	ENSG00000115221.12	transcript	ENST00000283249.7	protein_coding	15/15	1571	chr2	160100165
chr2:160100219	C C	A A	1	a0001c0004t0018 a0001c0004t0018	1	NA19055.hp1 NA19055.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.1517G>T c.1517G>T	ITGB6	ENSG00000115221.12	transcript	ENST00000283249.7	protein_coding	15/15	1517	chr2	160100219
chr2:160100227	T T	C C	1	a0003c0008t0019 a0003c0008t0019	1	HG00609.hp1 HG00609.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.1509A>G c.1509A>G	ITGB6	ENSG00000115221.12	transcript	ENST00000283249.7	protein_coding	15/15	1509	chr2	160100227
chr2:160100536	T T	C C	1	a0001c0001t0012 a0001c0001t0012	1	HG04228.hp2 HG04228.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.1200A>G c.1200A>G	ITGB6	ENSG00000115221.12	transcript	ENST00000283249.7	protein_coding	15/15	1200	chr2	160100536
chr2:160100573	A A	C C	1	a0001c0001t0016 a0001c0001t0016	1	HG02965.hp1 HG02965.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.1163T>G c.1163T>G	ITGB6	ENSG00000115221.12	transcript	ENST00000283249.7	protein_coding	15/15	1163	chr2	160100573
chr2:160100629	TC TC	T T	7	a0001c0002t0002 a0001c0002t0006 a0001c0002t0009 others(4): Show a0001c0002t0002 a0001c0002t0006 a0001c0002t0009 a0001c0002t0011 a0001c0005t0005 a0001c0013t0002 a0007c0020t0002	93	HG00099.hp1 HG00140.hp1 HG00140.hp2 others(90): Show HG00099.hp1 HG00140.hp1 HG00140.hp2 HG00280.hp1 HG00408.hp2 HG00423.hp2 HG00621.hp2 HG00733.hp1 HG00735.hp1 HG00741.hp2 HG01069.hp1 HG01071.hp1 HG01099.hp2 HG01123.hp1 HG01167.hp1 HG01169.hp2 HG01192.hp2 HG01255.hp2 HG01257.hp1 HG01257.hp2 HG01258.hp1 HG01358.hp1 HG01358.hp2 HG01496.hp1 HG01496.hp2 HG01516.hp2 HG01884.hp2 HG01934.hp2 HG01943.hp1 HG01993.hp2 HG02040.hp1 HG02056.hp2 HG02071.hp1 HG02074.hp2 HG02129.hp2 HG02132.hp1 HG02155.hp1 HG02165.hp1 HG02273.hp1 HG02293.hp1 HG02738.hp1 HG02965.hp2 HG03654.hp2 HG03704.hp1 HG03710.hp2 HG04184.hp2 NA18747.hp1 NA18940.hp2 NA18941.hp1 NA18945.hp2 NA18946.hp2 NA18951.hp1 NA18954.hp2 NA18956.hp2 NA18957.hp2 NA18959.hp1 NA18960.hp1 NA18963.hp2 NA18965.hp1 NA18966.hp1 NA18968.hp1 NA18969.hp1 NA18973.hp1 NA18975.hp1 NA18977.hp2 NA18980.hp2 NA18982.hp2 NA18985.hp2 NA18986.hp2 NA18995.hp1 NA18997.hp2 NA19002.hp2 NA19003.hp2 NA19005.hp2 NA19006.hp1 NA19007.hp1 NA19009.hp1 NA19054.hp2 NA19055.hp2 NA19056.hp1 NA19057.hp2 NA19068.hp2 NA19072.hp2 NA19075.hp2 NA19078.hp2 NA19081.hp1 NA19082.hp2 NA19085.hp1 NA19086.hp2 NA19088.hp2 NA19089.hp2 NA19090.hp1 NA20805.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.1106delG c.1106delG	ITGB6	ENSG00000115221.12	transcript	ENST00000283249.7	protein_coding	15/15	1106	chr2	160100629
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