Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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chr4:17874545	G G	C C	1	a0005 a0005	6	HG02145.hp2 HG02572.hp1 HG02818.hp2 others(3): Show HG02145.hp2 HG02572.hp1 HG02818.hp2 HG03209.hp1 HG03540.hp2 NA19240.hp1	missense_variant	MODERATE	c.4445C>G c.4445C>G	p.Thr1482Ser p.Thr1482Ser	LCORL	ENSG00000178177.17	transcript	ENST00000635767.2	protein_coding	7/8	4449/10321	4445/5616	1482/1871	chr4	17874545
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chr4:17877444	T T	G G	1	a0013 a0013	2	HG02004.hp1 HG02735.hp1 HG02004.hp1 HG02735.hp1	missense_variant	MODERATE	c.1546A>C c.1546A>C	p.Thr516Pro p.Thr516Pro	LCORL	ENSG00000178177.17	transcript	ENST00000635767.2	protein_coding	7/8	1550/10321	1546/5616	516/1871	chr4	17877444
chr4:17877650	T T	G G	1	a0015 a0015	2	HG03490.hp2 HG03669.hp2 HG03490.hp2 HG03669.hp2	missense_variant	MODERATE	c.1340A>C c.1340A>C	p.Glu447Ala p.Glu447Ala	LCORL	ENSG00000178177.17	transcript	ENST00000635767.2	protein_coding	7/8	1344/10321	1340/5616	447/1871	chr4	17877650
chr4:17877912	G G	T T	2	a0014 a0022 a0014 a0022	3	HG02630.hp2 HG03139.hp1 NA18522.hp2 HG02630.hp2 HG03139.hp1 NA18522.hp2	missense_variant	MODERATE	c.1078C>A c.1078C>A	p.Pro360Thr p.Pro360Thr	LCORL	ENSG00000178177.17	transcript	ENST00000635767.2	protein_coding	7/8	1082/10321	1078/5616	360/1871	chr4	17877912
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chr4:17909179	A A	T T	1	a0008 a0008	3	HG01109.hp2 HG01243.hp1 HG01884.hp1 HG01109.hp2 HG01243.hp1 HG01884.hp1	missense_variant	MODERATE	c.597T>A c.597T>A	p.Asn199Lys p.Asn199Lys	LCORL	ENSG00000178177.17	transcript	ENST00000635767.2	protein_coding	5/8	601/10321	597/5616	199/1871	chr4	17909179
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chr4:17874928	G G	A A	1	a0001c0025 a0001c0025	1	HG01192.hp1 HG01192.hp1	synonymous_variant	LOW	c.4062C>T c.4062C>T	p.Asn1354Asn p.Asn1354Asn	LCORL	ENSG00000178177.17	transcript	ENST00000635767.2	protein_coding	7/8	4066/10321	4062/5616	1354/1871	chr4	17874928
chr4:17875135	A A	G G	1	a0013c0027 a0013c0027	1	HG02735.hp1 HG02735.hp1	synonymous_variant	LOW	c.3855T>C c.3855T>C	p.Asn1285Asn p.Asn1285Asn	LCORL	ENSG00000178177.17	transcript	ENST00000635767.2	protein_coding	7/8	3859/10321	3855/5616	1285/1871	chr4	17875135
chr4:17875423	G G	A A	1	a0002c0026 a0002c0026	1	NA19043.hp2 NA19043.hp2	synonymous_variant	LOW	c.3567C>T c.3567C>T	p.Asp1189Asp p.Asp1189Asp	LCORL	ENSG00000178177.17	transcript	ENST00000635767.2	protein_coding	7/8	3571/10321	3567/5616	1189/1871	chr4	17875423
chr4:17875735	A A	T T	2	a0006c0007 a0021c0017 a0006c0007 a0021c0017	6	HG01358.hp2 HG02451.hp1 HG02683.hp2 others(3): Show HG01358.hp2 HG02451.hp1 HG02683.hp2 HG03139.hp2 HG03209.hp2 HG03516.hp2	synonymous_variant	LOW	c.3255T>A c.3255T>A	p.Gly1085Gly p.Gly1085Gly	LCORL	ENSG00000178177.17	transcript	ENST00000635767.2	protein_coding	7/8	3259/10321	3255/5616	1085/1871	chr4	17875735
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LCORL_chr4_17836187_18026755 Genic Haplotype Structure on iGV

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Gene Summary (with MANE)

Amino acid(protein) Level Haplotype Info (Total: 22)

Coding Level Haplotype Info (Total: 29)

Transcript Level Haplotype Info (Total: 70)

Genebody Level Haplotype Info (Total: 290)

Haplotype Details by Sample (Haploid Level) (Total: 292)

Amino acid(protein) Level Haplotype Related Variants (Effect to Protein Coding Variants) (Total: 23)

Coding Level Variants (On coding region but no effect to protein coding variants: Synonymous Mutations) (Total: 8)

Transcript Level Haplotype Variants (Exon) (Total: 45)

Genebody Level Haplotype Variants (Intron) (Total: 1663)

Annotation (Repeats)

Annotation (SNP Array)