Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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chr5:38481829	C C	T T	1	a0001c0015 a0001c0015	1	HG02735.hp1 HG02735.hp1	synonymous_variant	LOW	c.3060G>A c.3060G>A	p.Glu1020Glu p.Glu1020Glu	LIFR	ENSG00000113594.10	transcript	ENST00000453190.7	protein_coding	20/20	3392/10553	3060/3294	1020/1097	chr5	38481829
chr5:38482123	A A	G G	1	a0001c0007 a0001c0007	3	HG02055.hp1 HG02258.hp2 NA19240.hp1 HG02055.hp1 HG02258.hp2 NA19240.hp1	synonymous_variant	LOW	c.2766T>C c.2766T>C	p.Asp922Asp p.Asp922Asp	LIFR	ENSG00000113594.10	transcript	ENST00000453190.7	protein_coding	20/20	3098/10553	2766/3294	922/1097	chr5	38482123
chr5:38490218	G G	A A	1	a0011c0014 a0011c0014	1	HG00735.hp2 HG00735.hp2	synonymous_variant	LOW	c.2139C>T c.2139C>T	p.Arg713Arg p.Arg713Arg	LIFR	ENSG00000113594.10	transcript	ENST00000453190.7	protein_coding	15/20	2471/10553	2139/3294	713/1097	chr5	38490218
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chr5:38523524	T T	C C	1	a0003c0020 a0003c0020	1	HG01928.hp1 HG01928.hp1	synonymous_variant	LOW	c.456A>G c.456A>G	p.Thr152Thr p.Thr152Thr	LIFR	ENSG00000113594.10	transcript	ENST00000453190.7	protein_coding	5/20	788/10553	456/3294	152/1097	chr5	38523524
chr5:38523560	C C	T T	1	a0001c0010 a0001c0010	2	HG03041.hp1 NA18906.hp2 HG03041.hp1 NA18906.hp2	synonymous_variant	LOW	c.420G>A c.420G>A	p.Glu140Glu p.Glu140Glu	LIFR	ENSG00000113594.10	transcript	ENST00000453190.7	protein_coding	5/20	752/10553	420/3294	140/1097	chr5	38523560

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chr5:38474954	C C	CT CT	4	a0001c0001t0006 a0001c0001t0048 a0013c0019t0063 others(1): Show a0001c0001t0006 a0001c0001t0048 a0013c0019t0063 a0014c0018t0006	16	HG01891.hp1 HG02109.hp2 HG02257.hp1 others(13): Show HG01891.hp1 HG02109.hp2 HG02257.hp1 HG02280.hp2 HG02451.hp1 HG02572.hp2 HG02809.hp2 HG02818.hp1 HG02886.hp1 HG02970.hp1 HG03130.hp1 HG03195.hp1 HG03516.hp2 HG03540.hp1 NA18522.hp2 NA19030.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.6640dupA c.6640dupA	LIFR	ENSG00000113594.10	transcript	ENST00000453190.7	protein_coding	20/20	6640	chr5	38474954
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chr5:38475279	G G	A A	2	a0001c0001t0020 a0001c0001t0045 a0001c0001t0020 a0001c0001t0045	3	HG02257.hp2 HG02922.hp2 HG03130.hp2 HG02257.hp2 HG02922.hp2 HG03130.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.6316C>T c.6316C>T	LIFR	ENSG00000113594.10	transcript	ENST00000453190.7	protein_coding	20/20	6316	chr5	38475279
chr5:38475405	G G	A A	19	a0001c0001t0001 a0001c0001t0012 a0001c0001t0013 others(16): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0012 a0001c0001t0013 a0001c0001t0019 a0001c0001t0023 a0001c0001t0029 a0001c0001t0034 a0001c0001t0035 a0001c0001t0036 a0001c0001t0037 a0001c0001t0038 a0001c0001t0039 a0001c0001t0056 a0001c0015t0033 a0002c0002t0003 a0002c0002t0026 a0002c0002t0027 a0002c0002t0052 a0008c0006t0013	167	HG00140.hp1 HG00280.hp1 HG00323.hp1 others(164): Show HG00140.hp1 HG00280.hp1 HG00323.hp1 HG00408.hp1 HG00408.hp2 HG00423.hp2 HG00544.hp1 HG00558.hp2 HG00733.hp1 HG00735.hp1 HG00741.hp2 HG01069.hp1 HG01071.hp2 HG01099.hp1 HG01106.hp2 HG01109.hp1 HG01109.hp2 HG01123.hp2 HG01169.hp1 HG01243.hp2 HG01255.hp1 HG01256.hp2 HG01257.hp2 HG01346.hp1 HG01346.hp2 HG01358.hp2 HG01361.hp2 HG01433.hp1 HG01517.hp2 HG01891.hp2 HG01934.hp2 HG01943.hp2 HG01975.hp1 HG01978.hp1 HG01981.hp2 HG01993.hp1 HG02015.hp1 HG02015.hp2 HG02027.hp2 HG02071.hp1 HG02074.hp2 HG02080.hp1 HG02109.hp1 HG02132.hp1 HG02135.hp1 HG02148.hp1 HG02155.hp2 HG02165.hp2 HG02258.hp1 HG02273.hp1 HG02300.hp1 HG02523.hp2 HG02559.hp1 HG02602.hp1 HG02735.hp1 HG02818.hp2 HG02965.hp2 HG03041.hp2 HG03225.hp2 HG03239.hp2 HG03490.hp1 HG03491.hp1 HG03579.hp2 HG03654.hp2 HG03669.hp1 HG03704.hp2 HG03831.hp1 HG04115.hp1 HG04199.hp1 HG04204.hp1 NA18612.hp1 NA18747.hp1 NA18747.hp2 NA18906.hp1 NA18939.hp1 NA18939.hp2 NA18941.hp1 NA18942.hp1 NA18943.hp1 NA18944.hp1 NA18944.hp2 NA18946.hp1 NA18949.hp1 NA18949.hp2 NA18950.hp1 NA18954.hp1 NA18955.hp1 NA18955.hp2 NA18956.hp1 NA18956.hp2 NA18957.hp1 NA18960.hp2 NA18961.hp2 NA18964.hp2 NA18965.hp2 NA18966.hp1 NA18966.hp2 NA18968.hp1 NA18968.hp2 NA18969.hp1 NA18970.hp1 NA18971.hp2 NA18972.hp1 NA18972.hp2 NA18973.hp1 NA18975.hp1 NA18977.hp1 NA18978.hp1 NA18978.hp2 NA18979.hp2 NA18980.hp2 NA18981.hp2 NA18982.hp2 NA18983.hp1 NA18983.hp2 NA18984.hp2 NA18985.hp1 NA18987.hp2 NA18988.hp2 NA18993.hp1 NA18994.hp1 NA18994.hp2 NA18998.hp1 NA18998.hp2 NA19000.hp2 NA19001.hp1 NA19001.hp2 NA19004.hp1 NA19005.hp2 NA19006.hp1 NA19006.hp2 NA19010.hp1 NA19054.hp1 NA19055.hp1 NA19056.hp1 NA19058.hp1 NA19060.hp1 NA19060.hp2 NA19063.hp1 NA19064.hp2 NA19065.hp1 NA19065.hp2 NA19066.hp1 NA19066.hp2 NA19067.hp2 NA19074.hp1 NA19074.hp2 NA19077.hp1 NA19079.hp1 NA19079.hp2 NA19082.hp1 NA19082.hp2 NA19083.hp1 NA19083.hp2 NA19084.hp2 NA19086.hp1 NA19086.hp2 NA19087.hp1 NA19088.hp1 NA19089.hp1 NA19089.hp2 NA19090.hp1 NA19091.hp1 NA19240.hp2 NA20752.hp1 NA20805.hp2 NA20905.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.6190C>T c.6190C>T	LIFR	ENSG00000113594.10	transcript	ENST00000453190.7	protein_coding	20/20	6190	chr5	38475405
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LIFR_chr5_38469668_38561646 Genic Haplotype Structure on iGV

Translation Multiple Alignment View

Gene Summary (with MANE)

Amino acid(protein) Level Haplotype Info (Total: 15)

Coding Level Haplotype Info (Total: 20)

Transcript Level Haplotype Info (Total: 76)

Genebody Level Haplotype Info (Total: 357)

Haplotype Details by Sample (Haploid Level) (Total: 374)

Amino acid(protein) Level Haplotype Related Variants (Effect to Protein Coding Variants) (Total: 14)

Coding Level Variants (On coding region but no effect to protein coding variants: Synonymous Mutations) (Total: 7)

Transcript Level Haplotype Variants (Exon) (Total: 71)

Genebody Level Haplotype Variants (Intron) (Total: 920)

Annotation (Repeats)

Annotation (SNP Array)