Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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chr12:12343152	C C	T T	2	a0002 a0006 a0002 a0006	22	HG00140.hp1 HG00735.hp1 HG00735.hp2 others(19): Show HG00140.hp1 HG00735.hp1 HG00735.hp2 HG01109.hp2 HG01123.hp2 HG01255.hp2 HG01261.hp1 HG01361.hp2 HG01516.hp1 HG01517.hp2 HG03831.hp1 HG04204.hp2 NA18747.hp2 NA18943.hp2 NA18944.hp2 NA18947.hp1 NA18963.hp1 NA18998.hp2 NA19060.hp1 NA19066.hp1 NA19068.hp2 NA20752.hp1	missense_variant	MODERATE	c.163G>A c.163G>A	p.Val55Ile p.Val55Ile	MANSC1	ENSG00000111261.14	transcript	ENST00000535902.6	protein_coding	2/4	428/5532	163/1296	55/431	chr12	12343152

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chr12:12330096	C C	T T	1	a0001c0008 a0001c0008	2	HG01433.hp2 HG04228.hp1 HG01433.hp2 HG04228.hp1	synonymous_variant	LOW	c.1227G>A c.1227G>A	p.Ser409Ser p.Ser409Ser	MANSC1	ENSG00000111261.14	transcript	ENST00000535902.6	protein_coding	4/4	1492/5532	1227/1296	409/431	chr12	12330096
chr12:12330341	G G	A A	8	a0001c0002 a0001c0004 a0001c0005 others(5): Show a0001c0002 a0001c0004 a0001c0005 a0001c0008 a0001c0009 a0001c0014 a0002c0007 a0005c0012	152	HG00140.hp2 HG00280.hp2 HG00323.hp1 others(149): Show HG00140.hp2 HG00280.hp2 HG00323.hp1 HG00408.hp1 HG00423.hp1 HG00544.hp2 HG00558.hp2 HG00597.hp1 HG00609.hp2 HG00639.hp1 HG00639.hp2 HG00642.hp1 HG00642.hp2 HG00733.hp1 HG00733.hp2 HG00741.hp1 HG00741.hp2 HG01069.hp1 HG01069.hp2 HG01081.hp1 HG01081.hp2 HG01099.hp1 HG01099.hp2 HG01109.hp1 HG01123.hp1 HG01167.hp1 HG01168.hp1 HG01243.hp1 HG01255.hp1 HG01256.hp1 HG01256.hp2 HG01258.hp2 HG01346.hp1 HG01346.hp2 HG01358.hp1 HG01361.hp1 HG01433.hp1 HG01433.hp2 HG01496.hp2 HG01516.hp2 HG01517.hp1 HG01884.hp1 HG01891.hp1 HG01891.hp2 HG01934.hp1 HG01943.hp2 HG01952.hp1 HG01975.hp1 HG01978.hp2 HG02004.hp1 HG02080.hp2 HG02083.hp1 HG02145.hp1 HG02145.hp2 HG02148.hp1 HG02148.hp2 HG02155.hp1 HG02165.hp2 HG02257.hp1 HG02257.hp2 HG02293.hp2 HG02451.hp1 HG02451.hp2 HG02615.hp1 HG02615.hp2 HG02622.hp1 HG02647.hp2 HG02723.hp1 HG02723.hp2 HG02818.hp1 HG02970.hp2 HG03139.hp1 HG03139.hp2 HG03195.hp2 HG03209.hp2 HG03225.hp1 HG03225.hp2 HG03239.hp1 HG03492.hp1 HG03492.hp2 HG03516.hp2 HG03540.hp2 HG03579.hp2 HG03654.hp1 HG03669.hp1 HG03710.hp2 HG03831.hp2 HG04115.hp1 HG04184.hp1 HG04199.hp1 HG04228.hp1 NA18612.hp1 NA18906.hp1 NA18943.hp2 NA18944.hp1 NA18944.hp2 NA18947.hp2 NA18949.hp1 NA18950.hp1 NA18950.hp2 NA18951.hp2 NA18957.hp1 NA18959.hp1 NA18959.hp2 NA18963.hp1 NA18963.hp2 NA18966.hp1 NA18971.hp1 NA18973.hp2 NA18975.hp1 NA18975.hp2 NA18977.hp1 NA18977.hp2 NA18978.hp1 NA18978.hp2 NA18979.hp1 NA18979.hp2 NA18981.hp1 NA18983.hp1 NA18986.hp1 NA18992.hp1 NA18992.hp2 NA18993.hp1 NA18995.hp2 NA18997.hp2 NA18998.hp1 NA19004.hp2 NA19005.hp2 NA19009.hp2 NA19012.hp2 NA19060.hp2 NA19062.hp2 NA19064.hp2 NA19065.hp2 NA19067.hp2 NA19074.hp1 NA19078.hp1 NA19079.hp1 NA19081.hp1 NA19082.hp1 NA19083.hp1 NA19085.hp1 NA19085.hp2 NA19086.hp2 NA19088.hp2 NA19091.hp2 NA20129.hp1 NA20752.hp2 NA20905.hp1 NA20905.hp2 NA21309.hp1 NA21309.hp2	synonymous_variant	LOW	c.982C>T c.982C>T	p.Leu328Leu p.Leu328Leu	MANSC1	ENSG00000111261.14	transcript	ENST00000535902.6	protein_coding	4/4	1247/5532	982/1296	328/431	chr12	12330341
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chr12:12330779	A A	G G	7	a0001c0002 a0001c0004 a0001c0005 others(4): Show a0001c0002 a0001c0004 a0001c0005 a0001c0008 a0001c0014 a0002c0007 a0005c0012	150	HG00140.hp2 HG00280.hp2 HG00323.hp1 others(147): Show HG00140.hp2 HG00280.hp2 HG00323.hp1 HG00408.hp1 HG00423.hp1 HG00544.hp2 HG00558.hp2 HG00597.hp1 HG00609.hp2 HG00639.hp1 HG00639.hp2 HG00642.hp1 HG00642.hp2 HG00733.hp1 HG00733.hp2 HG00741.hp1 HG00741.hp2 HG01069.hp1 HG01069.hp2 HG01081.hp1 HG01081.hp2 HG01099.hp1 HG01099.hp2 HG01109.hp1 HG01123.hp1 HG01167.hp1 HG01168.hp1 HG01243.hp1 HG01255.hp1 HG01256.hp1 HG01256.hp2 HG01258.hp2 HG01346.hp1 HG01346.hp2 HG01358.hp1 HG01361.hp1 HG01433.hp1 HG01433.hp2 HG01496.hp2 HG01516.hp2 HG01517.hp1 HG01884.hp1 HG01891.hp2 HG01934.hp1 HG01943.hp2 HG01952.hp1 HG01975.hp1 HG01978.hp2 HG02004.hp1 HG02080.hp2 HG02083.hp1 HG02145.hp1 HG02145.hp2 HG02148.hp1 HG02148.hp2 HG02155.hp1 HG02165.hp2 HG02257.hp1 HG02257.hp2 HG02293.hp2 HG02451.hp1 HG02451.hp2 HG02615.hp1 HG02622.hp1 HG02647.hp2 HG02723.hp1 HG02723.hp2 HG02818.hp1 HG02970.hp2 HG03139.hp1 HG03139.hp2 HG03195.hp2 HG03209.hp2 HG03225.hp1 HG03225.hp2 HG03239.hp1 HG03492.hp1 HG03492.hp2 HG03516.hp2 HG03540.hp2 HG03579.hp2 HG03654.hp1 HG03669.hp1 HG03710.hp2 HG03831.hp2 HG04115.hp1 HG04184.hp1 HG04199.hp1 HG04228.hp1 NA18612.hp1 NA18906.hp1 NA18943.hp2 NA18944.hp1 NA18944.hp2 NA18947.hp2 NA18949.hp1 NA18950.hp1 NA18950.hp2 NA18951.hp2 NA18957.hp1 NA18959.hp1 NA18959.hp2 NA18963.hp1 NA18963.hp2 NA18966.hp1 NA18971.hp1 NA18973.hp2 NA18975.hp1 NA18975.hp2 NA18977.hp1 NA18977.hp2 NA18978.hp1 NA18978.hp2 NA18979.hp1 NA18979.hp2 NA18981.hp1 NA18983.hp1 NA18986.hp1 NA18992.hp1 NA18992.hp2 NA18993.hp1 NA18995.hp2 NA18997.hp2 NA18998.hp1 NA19004.hp2 NA19005.hp2 NA19009.hp2 NA19012.hp2 NA19060.hp2 NA19062.hp2 NA19064.hp2 NA19065.hp2 NA19067.hp2 NA19074.hp1 NA19078.hp1 NA19079.hp1 NA19081.hp1 NA19082.hp1 NA19083.hp1 NA19085.hp1 NA19085.hp2 NA19086.hp2 NA19088.hp2 NA19091.hp2 NA20129.hp1 NA20752.hp2 NA20905.hp1 NA20905.hp2 NA21309.hp1 NA21309.hp2	synonymous_variant	LOW	c.544T>C c.544T>C	p.Leu182Leu p.Leu182Leu	MANSC1	ENSG00000111261.14	transcript	ENST00000535902.6	protein_coding	4/4	809/5532	544/1296	182/431	chr12	12330779
chr12:12338421	T T	C C	1	a0001c0014 a0001c0014	1	NA20905.hp2 NA20905.hp2	splice_region_variant&synonymous_variant	LOW	c.363A>G c.363A>G	p.Thr121Thr p.Thr121Thr	MANSC1	ENSG00000111261.14	transcript	ENST00000535902.6	protein_coding	3/4	628/5532	363/1296	121/431	chr12	12338421
chr12:12343219	C C	T T	1	a0001c0004 a0001c0004	8	NA18949.hp1 NA18951.hp2 NA18959.hp1 others(5): Show NA18949.hp1 NA18951.hp2 NA18959.hp1 NA18963.hp2 NA19074.hp1 NA19085.hp2 NA19086.hp2 NA19091.hp2	synonymous_variant	LOW	c.96G>A c.96G>A	p.Lys32Lys p.Lys32Lys	MANSC1	ENSG00000111261.14	transcript	ENST00000535902.6	protein_coding	2/4	361/5532	96/1296	32/431	chr12	12343219

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chr12:12326183	C C	T T	1	a0001c0001t0022 a0001c0001t0022	3	NA18943.hp1 NA18961.hp2 NA19005.hp1 NA18943.hp1 NA18961.hp2 NA19005.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.3844G>A c.3844G>A	MANSC1	ENSG00000111261.14	transcript	ENST00000535902.6	protein_coding	4/4	3844	chr12	12326183
chr12:12326201	T T	C C	1	a0001c0002t0061 a0001c0002t0061	1	HG00639.hp1 HG00639.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.3826A>G c.3826A>G	MANSC1	ENSG00000111261.14	transcript	ENST00000535902.6	protein_coding	4/4	3826	chr12	12326201
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MANSC1_chr12_12321056_12355242 Genic Haplotype Structure on iGV

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