Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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chr9:21862323	G G	A A	1	a0001c0001t0041 a0001c0001t0041	1	HG03239.hp2 HG03239.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.309G>A c.309G>A	MTAP	ENSG00000099810.21	transcript	ENST00000644715.2	protein_coding	8/8	309		chr9	21862323
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chr9:21862329	C C	A A	1	a0001c0001t0041 a0001c0001t0041	1	HG03239.hp2 HG03239.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.315C>A c.315C>A	MTAP	ENSG00000099810.21	transcript	ENST00000644715.2	protein_coding	8/8	315		chr9	21862329
chr9:21862332	T T	C C	1	a0001c0001t0041 a0001c0001t0041	1	HG03239.hp2 HG03239.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.318T>C c.318T>C	MTAP	ENSG00000099810.21	transcript	ENST00000644715.2	protein_coding	8/8	318		chr9	21862332
chr9:21862334	C C	T T	1	a0001c0001t0041 a0001c0001t0041	1	HG03239.hp2 HG03239.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.320C>T c.320C>T	MTAP	ENSG00000099810.21	transcript	ENST00000644715.2	protein_coding	8/8	320		chr9	21862334
chr9:21862336	T T	C C	1	a0001c0001t0041 a0001c0001t0041	1	HG03239.hp2 HG03239.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.322T>C c.322T>C	MTAP	ENSG00000099810.21	transcript	ENST00000644715.2	protein_coding	8/8	322		chr9	21862336
chr9:21862337	T T	A A	1	a0001c0001t0041 a0001c0001t0041	1	HG03239.hp2 HG03239.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.323T>A c.323T>A	MTAP	ENSG00000099810.21	transcript	ENST00000644715.2	protein_coding	8/8	323		chr9	21862337
chr9:21862338	C C	G G	1	a0001c0001t0041 a0001c0001t0041	1	HG03239.hp2 HG03239.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.324C>G c.324C>G	MTAP	ENSG00000099810.21	transcript	ENST00000644715.2	protein_coding	8/8	324		chr9	21862338
chr9:21862342	T T	C C	2	a0001c0001t0010 a0001c0001t0035 a0001c0001t0010 a0001c0001t0035	5	NA18612.hp1 NA18948.hp1 NA18990.hp2 others(2): Show NA18612.hp1 NA18948.hp1 NA18990.hp2 NA19010.hp2 NA19074.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.328T>C c.328T>C	MTAP	ENSG00000099810.21	transcript	ENST00000644715.2	protein_coding	8/8	328		chr9	21862342
chr9:21862344	C C	T T	1	a0001c0001t0041 a0001c0001t0041	1	HG03239.hp2 HG03239.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.330C>T c.330C>T	MTAP	ENSG00000099810.21	transcript	ENST00000644715.2	protein_coding	8/8	330		chr9	21862344
chr9:21862346	G G	A A	1	a0001c0001t0041 a0001c0001t0041	1	HG03239.hp2 HG03239.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.332G>A c.332G>A	MTAP	ENSG00000099810.21	transcript	ENST00000644715.2	protein_coding	8/8	332		chr9	21862346
chr9:21862347	C C	A A	1	a0001c0001t0041 a0001c0001t0041	1	HG03239.hp2 HG03239.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.333C>A c.333C>A	MTAP	ENSG00000099810.21	transcript	ENST00000644715.2	protein_coding	8/8	333		chr9	21862347
chr9:21862348	C C	A A	1	a0001c0001t0041 a0001c0001t0041	1	HG03239.hp2 HG03239.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.334C>A c.334C>A	MTAP	ENSG00000099810.21	transcript	ENST00000644715.2	protein_coding	8/8	334		chr9	21862348
chr9:21862355	T T	A A	1	a0001c0001t0041 a0001c0001t0041	1	HG03239.hp2 HG03239.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.341T>A c.341T>A	MTAP	ENSG00000099810.21	transcript	ENST00000644715.2	protein_coding	8/8	341		chr9	21862355
chr9:21862356	G G	A A	1	a0001c0001t0041 a0001c0001t0041	1	HG03239.hp2 HG03239.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.342G>A c.342G>A	MTAP	ENSG00000099810.21	transcript	ENST00000644715.2	protein_coding	8/8	342		chr9	21862356
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chr9:21862360	G G	A A	1	a0001c0001t0041 a0001c0001t0041	1	HG03239.hp2 HG03239.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.346G>A c.346G>A	MTAP	ENSG00000099810.21	transcript	ENST00000644715.2	protein_coding	8/8	346		chr9	21862360
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chr9:21861905	T T	G G	1	a0001c0001t0050g0170 a0001c0001t0050g0170	1	NA18997.hp1 NA18997.hp1	intron_variant	MODIFIER	c.814-71T>G c.814-71T>G	MTAP	ENSG00000099810.21	transcript	ENST00000644715.2	protein_coding	7/7		chr9	21861905

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MTAP_chr9_21797636_21872081 Genic Haplotype Structure on iGV

Translation Multiple Alignment View

Gene Summary (with MANE)

Amino acid(protein) Level Haplotype Info (Total: 5)

Coding Level Haplotype Info (Total: 10)

Transcript Level Haplotype Info (Total: 68)

Genebody Level Haplotype Info (Total: 338)

Haplotype Details by Sample (Haploid Level) (Total: 382)

Amino acid(protein) Level Haplotype Related Variants (Effect to Protein Coding Variants) (Total: 4)

Coding Level Variants (On coding region but no effect to protein coding variants: Synonymous Mutations) (Total: 4)

Transcript Level Haplotype Variants (Exon) (Total: 86)

Genebody Level Haplotype Variants (Intron) (Total: 827)

Annotation (Repeats)

Annotation (SNP Array)