Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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chr10:113903716	G G	A A	1	a0003 a0003	9	HG02109.hp2 HG02145.hp1 HG02818.hp2 others(6): Show HG02109.hp2 HG02145.hp1 HG02818.hp2 HG02886.hp1 HG02976.hp2 HG03098.hp1 HG03225.hp1 HG03579.hp1 NA18906.hp1	missense_variant	MODERATE	c.1684G>A c.1684G>A	p.Glu562Lys p.Glu562Lys	NHLRC2	ENSG00000196865.4	transcript	ENST00000369301.3	protein_coding	9/11	1896/11051	1684/2181	562/726	chr10	113903716
chr10:113904863	T T	C C	1	a0011 a0011	1	HG03195.hp1 HG03195.hp1	missense_variant	MODERATE	c.1751T>C c.1751T>C	p.Leu584Pro p.Leu584Pro	NHLRC2	ENSG00000196865.4	transcript	ENST00000369301.3	protein_coding	10/11	1963/11051	1751/2181	584/726	chr10	113904863
chr10:113904935	C C	T T	1	a0011 a0011	1	HG03195.hp1 HG03195.hp1	missense_variant	MODERATE	c.1823C>T c.1823C>T	p.Ala608Val p.Ala608Val	NHLRC2	ENSG00000196865.4	transcript	ENST00000369301.3	protein_coding	10/11	2035/11051	1823/2181	608/726	chr10	113904935
chr10:113908350	T T	G G	1	a0009 a0009	1	HG02970.hp2 HG02970.hp2	missense_variant	MODERATE	c.1995T>G c.1995T>G	p.Ile665Met p.Ile665Met	NHLRC2	ENSG00000196865.4	transcript	ENST00000369301.3	protein_coding	11/11	2207/11051	1995/2181	665/726	chr10	113908350
chr10:113908390	A A	G G	2	a0004 a0007 a0004 a0007	8	HG00423.hp1 HG02080.hp2 NA18947.hp2 others(5): Show HG00423.hp1 HG02080.hp2 NA18947.hp2 NA18973.hp1 NA18988.hp2 NA19081.hp2 NA19083.hp2 NA19090.hp1	missense_variant	MODERATE	c.2035A>G c.2035A>G	p.Ile679Val p.Ile679Val	NHLRC2	ENSG00000196865.4	transcript	ENST00000369301.3	protein_coding	11/11	2247/11051	2035/2181	679/726	chr10	113908390
chr10:113908487	A A	T T	1	a0010 a0010	1	HG03017.hp2 HG03017.hp2	missense_variant	MODERATE	c.2132A>T c.2132A>T	p.Asp711Val p.Asp711Val	NHLRC2	ENSG00000196865.4	transcript	ENST00000369301.3	protein_coding	11/11	2344/11051	2132/2181	711/726	chr10	113908487

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chr10:113854962	C C	T T	1	a0001c0019 a0001c0019	1	HG02523.hp1 HG02523.hp1	synonymous_variant	LOW	c.90C>T c.90C>T	p.Thr30Thr p.Thr30Thr	NHLRC2	ENSG00000196865.4	transcript	ENST00000369301.3	protein_coding	1/11	302/11051	90/2181	30/726	chr10	113854962
chr10:113854981	C C	T T	1	a0001c0018 a0001c0018	1	HG01346.hp2 HG01346.hp2	synonymous_variant	LOW	c.109C>T c.109C>T	p.Leu37Leu p.Leu37Leu	NHLRC2	ENSG00000196865.4	transcript	ENST00000369301.3	protein_coding	1/11	321/11051	109/2181	37/726	chr10	113854981
chr10:113858637	A A	G G	1	a0001c0016 a0001c0016	1	HG03710.hp1 HG03710.hp1	synonymous_variant	LOW	c.288A>G c.288A>G	p.Leu96Leu p.Leu96Leu	NHLRC2	ENSG00000196865.4	transcript	ENST00000369301.3	protein_coding	2/11	500/11051	288/2181	96/726	chr10	113858637
chr10:113858637	A A	T T	1	a0001c0017 a0001c0017	1	HG02056.hp1 HG02056.hp1	synonymous_variant	LOW	c.288A>T c.288A>T	p.Leu96Leu p.Leu96Leu	NHLRC2	ENSG00000196865.4	transcript	ENST00000369301.3	protein_coding	2/11	500/11051	288/2181	96/726	chr10	113858637
chr10:113876660	A A	G G	1	a0001c0008 a0001c0008	2	HG03491.hp2 HG03492.hp2 HG03491.hp2 HG03492.hp2	synonymous_variant	LOW	c.471A>G c.471A>G	p.Leu157Leu p.Leu157Leu	NHLRC2	ENSG00000196865.4	transcript	ENST00000369301.3	protein_coding	3/11	683/11051	471/2181	157/726	chr10	113876660
chr10:113876795	G G	A A	1	a0001c0006 a0001c0006	2	NA18955.hp2 NA18997.hp2 NA18955.hp2 NA18997.hp2	synonymous_variant	LOW	c.606G>A c.606G>A	p.Gly202Gly p.Gly202Gly	NHLRC2	ENSG00000196865.4	transcript	ENST00000369301.3	protein_coding	3/11	818/11051	606/2181	202/726	chr10	113876795
chr10:113901693	G G	A A	1	a0004c0011 a0004c0011	1	NA19081.hp2 NA19081.hp2	synonymous_variant	LOW	c.1167G>A c.1167G>A	p.Arg389Arg p.Arg389Arg	NHLRC2	ENSG00000196865.4	transcript	ENST00000369301.3	protein_coding	7/11	1379/11051	1167/2181	389/726	chr10	113901693

chr:pos	ref	alt	# # of thapid:transcript level	thapids	# # of haplotypeids	haplotypeids	annotation	impact	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	status	chr	pos
chr10:113854672	G G	A A	1	a0012c0020t0022 a0012c0020t0022	1	HG03486.hp1 HG03486.hp1	5_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.-201G>A c.-201G>A	NHLRC2	ENSG00000196865.4	transcript	ENST00000369301.3	protein_coding	1/11	201		chr10	113854672
chr10:113854812	C C	T T	1	a0001c0001t0021 a0001c0001t0021	2	HG01256.hp1 HG01258.hp2 HG01256.hp1 HG01258.hp2	5_prime_UTR_premature_start_codon_gain_variant	LOW	c.-61C>T c.-61C>T	NHLRC2	ENSG00000196865.4	transcript	ENST00000369301.3	protein_coding	1/11			chr10	113854812
chr10:113854861	C C	T T	1	a0001c0001t0069 a0001c0001t0069	1	NA18992.hp2 NA18992.hp2	5_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.-12C>T c.-12C>T	NHLRC2	ENSG00000196865.4	transcript	ENST00000369301.3	protein_coding	1/11	12		chr10	113854861
chr10:113908634	A A	T T	1	a0001c0001t0068 a0001c0001t0068	1	HG02280.hp2 HG02280.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.98A>T c.98A>T	NHLRC2	ENSG00000196865.4	transcript	ENST00000369301.3	protein_coding	11/11	98		chr10	113908634
chr10:113908751	T T	A A	1	a0011c0012t0023 a0011c0012t0023	1	HG03195.hp1 HG03195.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.215T>A c.215T>A	NHLRC2	ENSG00000196865.4	transcript	ENST00000369301.3	protein_coding	11/11	215		chr10	113908751
chr10:113908810	G G	A A	1	a0001c0001t0024 a0001c0001t0024	1	HG00609.hp1 HG00609.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.274G>A c.274G>A	NHLRC2	ENSG00000196865.4	transcript	ENST00000369301.3	protein_coding	11/11	274		chr10	113908810
chr10:113908970	G G	T T	6	a0001c0001t0013 a0001c0001t0065 a0001c0001t0066 others(3): Show a0001c0001t0013 a0001c0001t0065 a0001c0001t0066 a0001c0001t0067 a0011c0012t0023 a0013c0015t0064	8	HG02717.hp2 HG02896.hp2 HG02897.hp1 others(5): Show HG02717.hp2 HG02896.hp2 HG02897.hp1 HG02976.hp1 HG03195.hp1 HG03942.hp1 HG06807.hp2 NA21309.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.434G>T c.434G>T	NHLRC2	ENSG00000196865.4	transcript	ENST00000369301.3	protein_coding	11/11	434		chr10	113908970
chr10:113908999	C C	A A	1	a0001c0001t0025 a0001c0001t0025	1	HG02886.hp2 HG02886.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.463C>A c.463C>A	NHLRC2	ENSG00000196865.4	transcript	ENST00000369301.3	protein_coding	11/11	463		chr10	113908999
chr10:113909278	A A	T T	1	a0001c0001t0063 a0001c0001t0063	1	NA18971.hp2 NA18971.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.742A>T c.742A>T	NHLRC2	ENSG00000196865.4	transcript	ENST00000369301.3	protein_coding	11/11	742		chr10	113909278
chr10:113909371	A A	C C	1	a0006c0007t0062 a0006c0007t0062	1	HG03704.hp1 HG03704.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.835A>C c.835A>C	NHLRC2	ENSG00000196865.4	transcript	ENST00000369301.3	protein_coding	11/11	835		chr10	113909371
chr10:113909473	A A	G G	1	a0001c0001t0061 a0001c0001t0061	1	HG02451.hp2 HG02451.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.937A>G c.937A>G	NHLRC2	ENSG00000196865.4	transcript	ENST00000369301.3	protein_coding	11/11	937		chr10	113909473
chr10:113909661	T T	C C	1	a0013c0015t0064 a0013c0015t0064	1	HG03942.hp1 HG03942.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.1125T>C c.1125T>C	NHLRC2	ENSG00000196865.4	transcript	ENST00000369301.3	protein_coding	11/11	1125		chr10	113909661
chr10:113909790	G G	T T	2	a0001c0001t0067 a0011c0012t0023 a0001c0001t0067 a0011c0012t0023	2	HG03195.hp1 HG06807.hp2 HG03195.hp1 HG06807.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.1254G>T c.1254G>T	NHLRC2	ENSG00000196865.4	transcript	ENST00000369301.3	protein_coding	11/11	1254		chr10	113909790
chr10:113909794	A A	G G	1	a0001c0001t0060 a0001c0001t0060	1	HG03017.hp1 HG03017.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.1258A>G c.1258A>G	NHLRC2	ENSG00000196865.4	transcript	ENST00000369301.3	protein_coding	11/11	1258		chr10	113909794
chr10:113910111	C C	A A	1	a0011c0012t0023 a0011c0012t0023	1	HG03195.hp1 HG03195.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.1575C>A c.1575C>A	NHLRC2	ENSG00000196865.4	transcript	ENST00000369301.3	protein_coding	11/11	1575		chr10	113910111
chr10:113910203	T T	C C	1	a0013c0015t0064 a0013c0015t0064	1	HG03942.hp1 HG03942.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.1667T>C c.1667T>C	NHLRC2	ENSG00000196865.4	transcript	ENST00000369301.3	protein_coding	11/11	1667		chr10	113910203
chr10:113910220	G G	C C	1	a0001c0001t0013 a0001c0001t0013	3	HG02717.hp2 HG02896.hp2 HG02897.hp1 HG02717.hp2 HG02896.hp2 HG02897.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.1684G>C c.1684G>C	NHLRC2	ENSG00000196865.4	transcript	ENST00000369301.3	protein_coding	11/11	1684		chr10	113910220
chr10:113910261	C C	T T	1	a0001c0001t0059 a0001c0001t0059	1	NA18946.hp1 NA18946.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.1725C>T c.1725C>T	NHLRC2	ENSG00000196865.4	transcript	ENST00000369301.3	protein_coding	11/11	1725		chr10	113910261
chr10:113910287	A A	G G	1	a0001c0001t0067 a0001c0001t0067	1	HG06807.hp2 HG06807.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.1751A>G c.1751A>G	NHLRC2	ENSG00000196865.4	transcript	ENST00000369301.3	protein_coding	11/11	1751		chr10	113910287
chr10:113910319	G G	C C	4	a0001c0001t0013 a0001c0001t0065 a0001c0001t0066 others(1): Show a0001c0001t0013 a0001c0001t0065 a0001c0001t0066 a0013c0015t0064	6	HG02717.hp2 HG02896.hp2 HG02897.hp1 others(3): Show HG02717.hp2 HG02896.hp2 HG02897.hp1 HG02976.hp1 HG03942.hp1 NA21309.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.1783G>C c.1783G>C	NHLRC2	ENSG00000196865.4	transcript	ENST00000369301.3	protein_coding	11/11	1783		chr10	113910319
chr10:113910445	C C	T T	1	a0001c0001t0058 a0001c0001t0058	1	HG01175.hp2 HG01175.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.1909C>T c.1909C>T	NHLRC2	ENSG00000196865.4	transcript	ENST00000369301.3	protein_coding	11/11	1909		chr10	113910445
chr10:113910625	T T	A A	4	a0001c0001t0013 a0001c0001t0065 a0001c0001t0066 others(1): Show a0001c0001t0013 a0001c0001t0065 a0001c0001t0066 a0013c0015t0064	6	HG02717.hp2 HG02896.hp2 HG02897.hp1 others(3): Show HG02717.hp2 HG02896.hp2 HG02897.hp1 HG02976.hp1 HG03942.hp1 NA21309.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.2089T>A c.2089T>A	NHLRC2	ENSG00000196865.4	transcript	ENST00000369301.3	protein_coding	11/11	2089		chr10	113910625
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chr10:113916129	A A	C C	1	a0002c0002t0039 a0002c0002t0039	1	NA20905.hp2 NA20905.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.7593A>C c.7593A>C	NHLRC2	ENSG00000196865.4	transcript	ENST00000369301.3	protein_coding	11/11	7593		chr10	113916129
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chr10:113916137	C C	A A	1	a0002c0002t0039 a0002c0002t0039	1	NA20905.hp2 NA20905.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.7601C>A c.7601C>A	NHLRC2	ENSG00000196865.4	transcript	ENST00000369301.3	protein_coding	11/11	7601		chr10	113916137
chr10:113916140	T T	A A	1	a0002c0002t0039 a0002c0002t0039	1	NA20905.hp2 NA20905.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.7604T>A c.7604T>A	NHLRC2	ENSG00000196865.4	transcript	ENST00000369301.3	protein_coding	11/11	7604		chr10	113916140
chr10:113916141	C C	T T	1	a0002c0002t0039 a0002c0002t0039	1	NA20905.hp2 NA20905.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.7605C>T c.7605C>T	NHLRC2	ENSG00000196865.4	transcript	ENST00000369301.3	protein_coding	11/11	7605		chr10	113916141
chr10:113916142	T T	C C	1	a0002c0002t0039 a0002c0002t0039	1	NA20905.hp2 NA20905.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.7606T>C c.7606T>C	NHLRC2	ENSG00000196865.4	transcript	ENST00000369301.3	protein_coding	11/11	7606		chr10	113916142
chr10:113916153	A A	T T	1	a0002c0002t0039 a0002c0002t0039	1	NA20905.hp2 NA20905.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.7617A>T c.7617A>T	NHLRC2	ENSG00000196865.4	transcript	ENST00000369301.3	protein_coding	11/11	7617		chr10	113916153
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chr10:113916556	C C	T T	1	a0013c0015t0064 a0013c0015t0064	1	HG03942.hp1 HG03942.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.8020C>T c.8020C>T	NHLRC2	ENSG00000196865.4	transcript	ENST00000369301.3	protein_coding	11/11	8020		chr10	113916556
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chr10:113917096	G G	C C	1	a0001c0001t0018 a0001c0001t0018	2	HG02027.hp1 HG02040.hp2 HG02027.hp1 HG02040.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.8560G>C c.8560G>C	NHLRC2	ENSG00000196865.4	transcript	ENST00000369301.3	protein_coding	11/11	8560		chr10	113917096

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NHLRC2_chr10_113849661_113922194 Genic Haplotype Structure on iGV

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