Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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chr6:108064207	T T	C C	1	a0001c0009 a0001c0009	1	HG02258.hp1 HG02258.hp1	synonymous_variant	LOW	c.495A>G c.495A>G	p.Thr165Thr p.Thr165Thr	OSTM1	ENSG00000081087.16	transcript	ENST00000193322.8	protein_coding	2/6	585/4471	495/1005	165/334	chr6	108064207
chr6:108074352	C C	A A	1	a0001c0006 a0001c0006	2	HG04184.hp1 NA18951.hp1 HG04184.hp1 NA18951.hp1	synonymous_variant	LOW	c.300G>T c.300G>T	p.Gly100Gly p.Gly100Gly	OSTM1	ENSG00000081087.16	transcript	ENST00000193322.8	protein_coding	1/6	390/4471	300/1005	100/334	chr6	108074352
chr6:108074445	C C	A A	1	a0001c0002 a0001c0002	19	HG01884.hp2 HG02055.hp1 HG02055.hp2 others(16): Show HG01884.hp2 HG02055.hp1 HG02055.hp2 HG02109.hp2 HG02258.hp2 HG02615.hp1 HG02717.hp1 HG02896.hp1 HG02897.hp1 HG02922.hp1 HG02965.hp2 HG02970.hp2 HG03130.hp1 HG03195.hp2 HG03453.hp2 HG03471.hp2 HG03540.hp2 NA18906.hp2 NA19240.hp2	synonymous_variant	LOW	c.207G>T c.207G>T	p.Gly69Gly p.Gly69Gly	OSTM1	ENSG00000081087.16	transcript	ENST00000193322.8	protein_coding	1/6	297/4471	207/1005	69/334	chr6	108074445

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chr6:108041466	A A	C C	5	a0001c0001t0025 a0001c0001t0044 a0004c0005t0017 others(2): Show a0001c0001t0025 a0001c0001t0044 a0004c0005t0017 a0004c0005t0038 a0004c0005t0045	6	HG02109.hp1 HG02257.hp1 HG02572.hp2 others(3): Show HG02109.hp1 HG02257.hp1 HG02572.hp2 HG02886.hp2 HG03209.hp2 NA19030.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.3319T>G c.3319T>G	OSTM1	ENSG00000081087.16	transcript	ENST00000193322.8	protein_coding	6/6	3319	chr6	108041466
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chr6:108041862	G G	A A	1	a0001c0001t0025 a0001c0001t0025	1	HG03209.hp2 HG03209.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.2923C>T c.2923C>T	OSTM1	ENSG00000081087.16	transcript	ENST00000193322.8	protein_coding	6/6	2923	chr6	108041862
chr6:108041898	C C	T T	8	a0001c0001t0003 a0001c0001t0009 a0001c0001t0013 others(5): Show a0001c0001t0003 a0001c0001t0009 a0001c0001t0013 a0001c0001t0020 a0001c0001t0028 a0001c0001t0029 a0001c0001t0031 a0001c0001t0032	57	HG00438.hp2 HG00558.hp1 HG00621.hp2 others(54): Show HG00438.hp2 HG00558.hp1 HG00621.hp2 HG00673.hp1 HG02040.hp1 HG02071.hp1 HG02080.hp1 HG02523.hp1 HG02559.hp1 HG02572.hp1 HG02717.hp2 HG02735.hp1 HG03098.hp1 HG03098.hp2 HG03654.hp2 HG03927.hp2 HG04199.hp1 NA18747.hp2 NA18941.hp1 NA18945.hp2 NA18948.hp1 NA18950.hp2 NA18953.hp1 NA18954.hp1 NA18955.hp1 NA18956.hp1 NA18959.hp1 NA18963.hp1 NA18964.hp1 NA18968.hp1 NA18972.hp2 NA18977.hp1 NA18981.hp2 NA18983.hp2 NA18988.hp1 NA18989.hp2 NA18990.hp2 NA18991.hp2 NA18993.hp1 NA18998.hp1 NA19000.hp2 NA19002.hp2 NA19004.hp1 NA19005.hp2 NA19006.hp1 NA19009.hp1 NA19054.hp2 NA19057.hp1 NA19058.hp1 NA19064.hp2 NA19065.hp2 NA19067.hp2 NA19077.hp1 NA19083.hp1 NA19085.hp1 NA19091.hp1 NA20300.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.2887G>A c.2887G>A	OSTM1	ENSG00000081087.16	transcript	ENST00000193322.8	protein_coding	6/6	2887	chr6	108041898
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chr6:108042032	C C	T T	1	a0001c0001t0035 a0001c0001t0035	1	HG02257.hp2 HG02257.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.2753G>A c.2753G>A	OSTM1	ENSG00000081087.16	transcript	ENST00000193322.8	protein_coding	6/6	2753	chr6	108042032
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OSTM1_chr6_108036409_108079741 Genic Haplotype Structure on iGV

Translation Multiple Alignment View

Gene Summary (with MANE)

Amino acid(protein) Level Haplotype Info (Total: 5)

Coding Level Haplotype Info (Total: 10)

Transcript Level Haplotype Info (Total: 55)

Genebody Level Haplotype Info (Total: 293)

Haplotype Details by Sample (Haploid Level) (Total: 388)

Amino acid(protein) Level Haplotype Related Variants (Effect to Protein Coding Variants) (Total: 4)

Coding Level Variants (On coding region but no effect to protein coding variants: Synonymous Mutations) (Total: 5)

Transcript Level Haplotype Variants (Exon) (Total: 53)

Genebody Level Haplotype Variants (Intron) (Total: 392)

Annotation (Repeats)

Annotation (SNP Array)