Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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chr4:145133651	CAA CAA	C C	1	a0001 a0001	4	NA18994.hp2 NA19054.hp2 NA19060.hp1 others(1): Show NA18994.hp2 NA19054.hp2 NA19060.hp1 NA19086.hp1	splice_region_variant	LOW	c.3777_3778delTT c.3777_3778delTT		OTUD4	ENSG00000164164.17	transcript	ENST00000447906.8	protein_coding	21/21				chr4	145133651
chr4:145137767	T T	G G	1	a0004 a0004	1	HG00438.hp1 HG00438.hp1	missense_variant	MODERATE	c.3008A>C c.3008A>C	p.Asp1003Ala p.Asp1003Ala	OTUD4	ENSG00000164164.17	transcript	ENST00000447906.8	protein_coding	21/21	3624/7741	3008/3345	1003/1114	chr4	145137767
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chr4:145155980	C C	T T	1	a0002 a0002	3	HG00099.hp2 HG00741.hp1 HG01192.hp1 HG00099.hp2 HG00741.hp1 HG01192.hp1	missense_variant	MODERATE	c.646G>A c.646G>A	p.Ala216Thr p.Ala216Thr	OTUD4	ENSG00000164164.17	transcript	ENST00000447906.8	protein_coding	8/21	1262/7741	646/3345	216/1114	chr4	145155980

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chr4:145138162	T T	G G	1	a0001c0003 a0001c0003	4	HG02145.hp2 HG03209.hp1 NA18522.hp2 others(1): Show HG02145.hp2 HG03209.hp1 NA18522.hp2 NA19043.hp1	synonymous_variant	LOW	c.2613A>C c.2613A>C	p.Ile871Ile p.Ile871Ile	OTUD4	ENSG00000164164.17	transcript	ENST00000447906.8	protein_coding	21/21	3229/7741	2613/3345	871/1114	chr4	145138162
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chr4:145144411	A A	G G	1	a0001c0002 a0001c0002	4	NA18942.hp2 NA18990.hp2 NA18995.hp1 others(1): Show NA18942.hp2 NA18990.hp2 NA18995.hp1 NA19091.hp1	synonymous_variant	LOW	c.1446T>C c.1446T>C	p.Ala482Ala p.Ala482Ala	OTUD4	ENSG00000164164.17	transcript	ENST00000447906.8	protein_coding	15/21	2062/7741	1446/3345	482/1114	chr4	145144411
chr4:145162680	C C	T T	1	a0001c0007 a0001c0007	1	NA20805.hp2 NA20805.hp2	synonymous_variant	LOW	c.456G>A c.456G>A	p.Val152Val p.Val152Val	OTUD4	ENSG00000164164.17	transcript	ENST00000447906.8	protein_coding	6/21	1072/7741	456/3345	152/1114	chr4	145162680

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chr4:145133912	T T	A A	1	a0001c0001t0094 a0001c0001t0094	1	HG00609.hp2 HG00609.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.3518A>T c.3518A>T	OTUD4	ENSG00000164164.17	transcript	ENST00000447906.8	protein_coding	21/21	3518	chr4	145133912
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chr4:145134258	A A	G G	1	a0001c0001t0040 a0001c0001t0040	2	HG03017.hp1 HG03710.hp2 HG03017.hp1 HG03710.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.3172T>C c.3172T>C	OTUD4	ENSG00000164164.17	transcript	ENST00000447906.8	protein_coding	21/21	3172	chr4	145134258
chr4:145134683	A A	G G	1	a0001c0001t0081 a0001c0001t0081	1	HG02300.hp2 HG02300.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.2747T>C c.2747T>C	OTUD4	ENSG00000164164.17	transcript	ENST00000447906.8	protein_coding	21/21	2747	chr4	145134683
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OTUD4_chr4_145128650_145185589 Genic Haplotype Structure on iGV

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Gene Summary (with MANE)

Amino acid(protein) Level Haplotype Info (Total: 7)

Coding Level Haplotype Info (Total: 11)

Transcript Level Haplotype Info (Total: 115)

Genebody Level Haplotype Info (Total: 312)

Haplotype Details by Sample (Haploid Level) (Total: 346)

Amino acid(protein) Level Haplotype Related Variants (Effect to Protein Coding Variants) (Total: 7)

Coding Level Variants (On coding region but no effect to protein coding variants: Synonymous Mutations) (Total: 5)

Transcript Level Haplotype Variants (Exon) (Total: 51)

Genebody Level Haplotype Variants (Intron) (Total: 322)

Annotation (Repeats)

Annotation (SNP Array)