Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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chr11:117168652	T T	TC TC	4	a0001c0001t0007 a0001c0001t0016 a0001c0001t0056 others(1): Show a0001c0001t0007 a0001c0001t0016 a0001c0001t0056 a0001c0001t0073	21	HG00280.hp2 HG00597.hp1 HG01257.hp1 others(18): Show HG00280.hp2 HG00597.hp1 HG01257.hp1 HG01258.hp2 HG01346.hp1 HG01516.hp2 HG01517.hp1 HG03017.hp1 HG03239.hp2 HG03710.hp2 HG03831.hp2 HG03927.hp2 HG03942.hp2 HG04184.hp2 HG04204.hp1 HG04228.hp2 NA18955.hp1 NA18956.hp2 NA18969.hp2 NA19062.hp1 NA20905.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.956dupC c.956dupC	PAFAH1B2	ENSG00000168092.14	transcript	ENST00000527958.6	protein_coding	6/6	957	INFO_REALIGN_3_PRIME	chr11	117168652
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chr11:117168721	G G	A A	1	a0001c0001t0045 a0001c0001t0045	1	HG01891.hp1 HG01891.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.1022G>A c.1022G>A	PAFAH1B2	ENSG00000168092.14	transcript	ENST00000527958.6	protein_coding	6/6	1022		chr11	117168721
chr11:117168722	C C	A A	1	a0001c0001t0045 a0001c0001t0045	1	HG01891.hp1 HG01891.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.1023C>A c.1023C>A	PAFAH1B2	ENSG00000168092.14	transcript	ENST00000527958.6	protein_coding	6/6	1023		chr11	117168722
chr11:117168724	C C	T T	1	a0001c0001t0045 a0001c0001t0045	1	HG01891.hp1 HG01891.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.1025C>T c.1025C>T	PAFAH1B2	ENSG00000168092.14	transcript	ENST00000527958.6	protein_coding	6/6	1025		chr11	117168724
chr11:117168731	T T	A A	1	a0001c0001t0045 a0001c0001t0045	1	HG01891.hp1 HG01891.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.1032T>A c.1032T>A	PAFAH1B2	ENSG00000168092.14	transcript	ENST00000527958.6	protein_coding	6/6	1032		chr11	117168731
chr11:117168732	T T	A A	1	a0001c0001t0045 a0001c0001t0045	1	HG01891.hp1 HG01891.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.1033T>A c.1033T>A	PAFAH1B2	ENSG00000168092.14	transcript	ENST00000527958.6	protein_coding	6/6	1033		chr11	117168732
chr11:117168733	A A	C C	1	a0001c0001t0045 a0001c0001t0045	1	HG01891.hp1 HG01891.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.1034A>C c.1034A>C	PAFAH1B2	ENSG00000168092.14	transcript	ENST00000527958.6	protein_coding	6/6	1034		chr11	117168733
chr11:117168734	T T	G G	1	a0001c0001t0045 a0001c0001t0045	1	HG01891.hp1 HG01891.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.1035T>G c.1035T>G	PAFAH1B2	ENSG00000168092.14	transcript	ENST00000527958.6	protein_coding	6/6	1035		chr11	117168734
chr11:117168735	T T	A A	1	a0001c0001t0045 a0001c0001t0045	1	HG01891.hp1 HG01891.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.1036T>A c.1036T>A	PAFAH1B2	ENSG00000168092.14	transcript	ENST00000527958.6	protein_coding	6/6	1036		chr11	117168735
chr11:117168736	T T	A A	1	a0001c0001t0045 a0001c0001t0045	1	HG01891.hp1 HG01891.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.1037T>A c.1037T>A	PAFAH1B2	ENSG00000168092.14	transcript	ENST00000527958.6	protein_coding	6/6	1037		chr11	117168736
chr11:117168737	C C	G G	1	a0001c0001t0045 a0001c0001t0045	1	HG01891.hp1 HG01891.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.1038C>G c.1038C>G	PAFAH1B2	ENSG00000168092.14	transcript	ENST00000527958.6	protein_coding	6/6	1038		chr11	117168737
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chr11:117168742	T T	A A	1	a0001c0001t0045 a0001c0001t0045	1	HG01891.hp1 HG01891.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.1043T>A c.1043T>A	PAFAH1B2	ENSG00000168092.14	transcript	ENST00000527958.6	protein_coding	6/6	1043		chr11	117168742
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chr11:117166859	A A	G G	1	a0001c0001t0001g0170 a0001c0001t0001g0170	1	NA18989.hp2 NA18989.hp2	intron_variant	MODIFIER	c.412-562A>G c.412-562A>G	PAFAH1B2	ENSG00000168092.14	transcript	ENST00000527958.6	protein_coding	5/5		chr11	117166859
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chr11:117167350	C C	A A	1	a0001c0001t0072g0203 a0001c0001t0072g0203	1	HG02922.hp1 HG02922.hp1	intron_variant	MODIFIER	c.412-71C>A c.412-71C>A	PAFAH1B2	ENSG00000168092.14	transcript	ENST00000527958.6	protein_coding	5/5		chr11	117167350

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PAFAH1B2_chr11_117139287_117176045 Genic Haplotype Structure on iGV

Translation Multiple Alignment View

Gene Summary (with MANE)

Amino acid(protein) Level Haplotype Info (Total: 1)

Coding Level Haplotype Info (Total: 1)

Transcript Level Haplotype Info (Total: 84)

Genebody Level Haplotype Info (Total: 331)

Haplotype Details by Sample (Haploid Level) (Total: 432)

Amino acid(protein) Level Haplotype Related Variants (Effect to Protein Coding Variants) (Total: 0)

Coding Level Variants (On coding region but no effect to protein coding variants: Synonymous Mutations) (Total: 0)

Transcript Level Haplotype Variants (Exon) (Total: 110)

Genebody Level Haplotype Variants (Intron) (Total: 402)

Annotation (Repeats)

Annotation (SNP Array)