Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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chr6:63706849	A A	G G	1	a0001c0016 a0001c0016	1	HG02132.hp1 HG02132.hp1	synonymous_variant	LOW	c.3684A>G c.3684A>G	p.Val1228Val p.Val1228Val	PHF3	ENSG00000118482.12	transcript	ENST00000262043.8	protein_coding	13/16	4058/18797	3684/6120	1228/2039	chr6	63706849
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chr6:63713333	G G	A A	1	a0008c0020 a0008c0020	1	HG01358.hp2 HG01358.hp2	synonymous_variant	LOW	c.5745G>A c.5745G>A	p.Arg1915Arg p.Arg1915Arg	PHF3	ENSG00000118482.12	transcript	ENST00000262043.8	protein_coding	16/16	6119/18797	5745/6120	1915/2039	chr6	63713333
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chr6:63635926	C C	T T	1	a0001c0001t0023 a0001c0001t0023	3	HG01192.hp2 HG01515.hp1 HG01517.hp2 HG01192.hp2 HG01515.hp1 HG01517.hp2	5_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.-250C>T c.-250C>T	PHF3	ENSG00000118482.12	transcript	ENST00000262043.8	protein_coding	1/16	10626		chr6	63635926
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chr6:63710792	C C	G G	8	a0001c0001t0012g0019 a0001c0001t0012g0020 a0001c0001t0012g0021 others(5): Show a0001c0001t0012g0019 a0001c0001t0012g0020 a0001c0001t0012g0021 a0001c0001t0012g0023 a0001c0001t0034g0024 a0001c0001t0035g0018 a0001c0001t0065g0022 a0001c0001t0073g0088	8	HG01109.hp1 HG02109.hp1 HG02818.hp2 others(5): Show HG01109.hp1 HG02109.hp1 HG02818.hp2 HG02886.hp1 HG02897.hp1 HG03041.hp1 HG03209.hp2 NA21309.hp2	intron_variant	MODIFIER	c.3802-375C>G c.3802-375C>G	PHF3	ENSG00000118482.12	transcript	ENST00000262043.8	protein_coding	14/15		chr6	63710792
chr6:63710940	G G	A A	1	a0001c0001t0005g0060 a0001c0001t0005g0060	1	NA20905.hp1 NA20905.hp1	intron_variant	MODIFIER	c.3802-227G>A c.3802-227G>A	PHF3	ENSG00000118482.12	transcript	ENST00000262043.8	protein_coding	14/15		chr6	63710940
chr6:63710940	G G	T T	5	a0001c0001t0021g0016 a0001c0001t0021g0277 a0001c0001t0022g0276 others(2): Show a0001c0001t0021g0016 a0001c0001t0021g0277 a0001c0001t0022g0276 a0001c0001t0022g0278 a0001c0001t0022g0279	6	HG00558.hp2 HG02630.hp2 HG02896.hp1 others(3): Show HG00558.hp2 HG02630.hp2 HG02896.hp1 HG02897.hp2 HG02970.hp1 NA19062.hp1	intron_variant	MODIFIER	c.3802-227G>T c.3802-227G>T	PHF3	ENSG00000118482.12	transcript	ENST00000262043.8	protein_coding	14/15		chr6	63710940

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PHF3_chr6_63630802_63731011 Genic Haplotype Structure on iGV

Translation Multiple Alignment View

Gene Summary (with MANE)

Amino acid(protein) Level Haplotype Info (Total: 17)

Coding Level Haplotype Info (Total: 22)

Transcript Level Haplotype Info (Total: 97)

Genebody Level Haplotype Info (Total: 304)

Haplotype Details by Sample (Haploid Level) (Total: 320)

Amino acid(protein) Level Haplotype Related Variants (Effect to Protein Coding Variants) (Total: 15)

Coding Level Variants (On coding region but no effect to protein coding variants: Synonymous Mutations) (Total: 7)

Transcript Level Haplotype Variants (Exon) (Total: 95)

Genebody Level Haplotype Variants (Intron) (Total: 771)

Annotation (Repeats)

Annotation (SNP Array)