Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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chr6:78946800	A A	G G	1	a0001c0013 a0001c0013	1	HG03041.hp2 HG03041.hp2	synonymous_variant	LOW	c.4281T>C c.4281T>C	p.Ser1427Ser p.Ser1427Ser	PHIP	ENSG00000146247.15	transcript	ENST00000275034.5	protein_coding	37/40	4467/11926	4281/5466	1427/1821	chr6	78946800
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chr6:79042879	A A	G G	2	a0001c0008 a0001c0013 a0001c0008 a0001c0013	5	HG02280.hp2 HG02622.hp1 HG03041.hp2 others(2): Show HG02280.hp2 HG02622.hp1 HG03041.hp2 NA19030.hp1 NA19240.hp2	synonymous_variant	LOW	c.564T>C c.564T>C	p.Cys188Cys p.Cys188Cys	PHIP	ENSG00000146247.15	transcript	ENST00000275034.5	protein_coding	7/40	750/11926	564/5466	188/1821	chr6	79042879
chr6:79042993	C C	G G	1	a0001c0012 a0001c0012	1	HG03471.hp2 HG03471.hp2	synonymous_variant	LOW	c.450G>C c.450G>C	p.Leu150Leu p.Leu150Leu	PHIP	ENSG00000146247.15	transcript	ENST00000275034.5	protein_coding	7/40	636/11926	450/5466	150/1821	chr6	79042993

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chr6:78935410	ATT ATT	A A	1	a0001c0011t0016 a0001c0011t0016	3	NA19003.hp1 NA19065.hp2 NA19091.hp2 NA19003.hp1 NA19065.hp2 NA19091.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.5281_5282delAA c.5281_5282delAA	PHIP	ENSG00000146247.15	transcript	ENST00000275034.5	protein_coding	40/40	5281	chr6	78935410
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chr6:78935449	CTTT CTTT	C C	1	a0001c0011t0016 a0001c0011t0016	3	NA19003.hp1 NA19065.hp2 NA19091.hp2 NA19003.hp1 NA19065.hp2 NA19091.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.5241_5243delAAA c.5241_5243delAAA	PHIP	ENSG00000146247.15	transcript	ENST00000275034.5	protein_coding	40/40	5241	chr6	78935449
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PHIP_chr6_78929419_79083254 Genic Haplotype Structure on iGV

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Amino acid(protein) Level Haplotype Info (Total: 8)

Coding Level Haplotype Info (Total: 21)

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Genebody Level Haplotype Info (Total: 300)

Haplotype Details by Sample (Haploid Level) (Total: 318)

Amino acid(protein) Level Haplotype Related Variants (Effect to Protein Coding Variants) (Total: 7)

Coding Level Variants (On coding region but no effect to protein coding variants: Synonymous Mutations) (Total: 15)

Transcript Level Haplotype Variants (Exon) (Total: 62)

Genebody Level Haplotype Variants (Intron) (Total: 1503)

Annotation (Repeats)

Annotation (SNP Array)