Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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chr2:160044842	C C	T T	3	a0011 a0014 a0015 a0011 a0014 a0015	4	HG02895.hp1 HG02970.hp1 HG03225.hp1 others(1): Show HG02895.hp1 HG02970.hp1 HG03225.hp1 NA20300.hp1	missense_variant	MODERATE	c.425G>A c.425G>A	p.Arg142Gln p.Arg142Gln	PLA2R1	ENSG00000153246.13	transcript	ENST00000283243.13	protein_coding	2/30	637/14376	425/4392	142/1463	chr2	160044842
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chr2:160062390	G G	C C	1	a0010 a0010	2	HG02615.hp1 HG03486.hp2 HG02615.hp1 HG03486.hp2	missense_variant	MODERATE	c.14C>G c.14C>G	p.Pro5Arg p.Pro5Arg	PLA2R1	ENSG00000153246.13	transcript	ENST00000283243.13	protein_coding	1/30	226/14376	14/4392	5/1463	chr2	160062390

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chr2:159942149	A A	G G	1	a0001c0025 a0001c0025	1	HG01261.hp2 HG01261.hp2	synonymous_variant	LOW	c.4155T>C c.4155T>C	p.Thr1385Thr p.Thr1385Thr	PLA2R1	ENSG00000153246.13	transcript	ENST00000283243.13	protein_coding	29/30	4367/14376	4155/4392	1385/1463	chr2	159942149
chr2:159951565	G G	A A	1	a0001c0014 a0001c0014	2	HG01081.hp1 HG02698.hp1 HG01081.hp1 HG02698.hp1	synonymous_variant	LOW	c.3315C>T c.3315C>T	p.His1105His p.His1105His	PLA2R1	ENSG00000153246.13	transcript	ENST00000283243.13	protein_coding	24/30	3527/14376	3315/4392	1105/1463	chr2	159951565
chr2:159977405	C C	A A	2	a0006c0011 a0006c0029 a0006c0011 a0006c0029	3	HG02683.hp2 HG02735.hp1 HG03942.hp2 HG02683.hp2 HG02735.hp1 HG03942.hp2	synonymous_variant	LOW	c.2280G>T c.2280G>T	p.Ser760Ser p.Ser760Ser	PLA2R1	ENSG00000153246.13	transcript	ENST00000283243.13	protein_coding	15/30	2492/14376	2280/4392	760/1463	chr2	159977405
chr2:159984014	G G	A A	1	a0001c0015 a0001c0015	2	HG03453.hp1 HG06807.hp1 HG03453.hp1 HG06807.hp1	synonymous_variant	LOW	c.2097C>T c.2097C>T	p.Cys699Cys p.Cys699Cys	PLA2R1	ENSG00000153246.13	transcript	ENST00000283243.13	protein_coding	13/30	2309/14376	2097/4392	699/1463	chr2	159984014
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chr2:160033122	T T	C C	1	a0003c0020 a0003c0020	1	NA19060.hp1 NA19060.hp1	synonymous_variant	LOW	c.678A>G c.678A>G	p.Glu226Glu p.Glu226Glu	PLA2R1	ENSG00000153246.13	transcript	ENST00000283243.13	protein_coding	4/30	890/14376	678/4392	226/1463	chr2	160033122
chr2:160045006	A A	G G	13	a0001c0003 a0002c0002 a0002c0018 others(10): Show a0001c0003 a0002c0002 a0002c0018 a0003c0004 a0003c0020 a0005c0008 a0006c0006 a0006c0011 a0009c0012 a0010c0017 a0012c0019 a0013c0021 a0019c0031	149	HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00280.hp1 others(146): Show HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00280.hp1 HG00408.hp1 HG00438.hp1 HG00438.hp2 HG00544.hp1 HG00544.hp2 HG00558.hp1 HG00597.hp2 HG00639.hp2 HG00733.hp1 HG00735.hp2 HG00738.hp1 HG00738.hp2 HG00741.hp1 HG01069.hp1 HG01069.hp2 HG01071.hp2 HG01099.hp2 HG01123.hp1 HG01123.hp2 HG01168.hp2 HG01169.hp2 HG01192.hp1 HG01192.hp2 HG01257.hp1 HG01257.hp2 HG01258.hp1 HG01358.hp1 HG01358.hp2 HG01361.hp1 HG01433.hp2 HG01496.hp1 HG01496.hp2 HG01934.hp1 HG01934.hp2 HG01943.hp1 HG01943.hp2 HG01975.hp1 HG01993.hp1 HG01993.hp2 HG02004.hp2 HG02015.hp1 HG02015.hp2 HG02071.hp1 HG02083.hp1 HG02083.hp2 HG02132.hp1 HG02132.hp2 HG02135.hp2 HG02145.hp2 HG02155.hp1 HG02273.hp1 HG02273.hp2 HG02293.hp1 HG02602.hp1 HG02602.hp2 HG02615.hp1 HG02683.hp2 HG02965.hp1 HG03486.hp2 HG03491.hp1 HG03516.hp2 HG03688.hp2 HG03704.hp1 HG03710.hp2 HG03927.hp1 HG03942.hp1 HG03942.hp2 HG04184.hp2 HG04204.hp1 HG04228.hp2 NA18522.hp1 NA18612.hp1 NA18612.hp2 NA18747.hp2 NA18941.hp2 NA18945.hp1 NA18945.hp2 NA18946.hp1 NA18947.hp2 NA18950.hp1 NA18951.hp1 NA18953.hp2 NA18954.hp1 NA18954.hp2 NA18957.hp1 NA18959.hp1 NA18959.hp2 NA18960.hp1 NA18962.hp1 NA18962.hp2 NA18965.hp2 NA18968.hp1 NA18968.hp2 NA18969.hp2 NA18970.hp2 NA18973.hp1 NA18975.hp1 NA18975.hp2 NA18977.hp2 NA18980.hp1 NA18980.hp2 NA18981.hp1 NA18981.hp2 NA18982.hp2 NA18985.hp2 NA18986.hp2 NA18987.hp2 NA18988.hp2 NA18989.hp1 NA18990.hp1 NA18990.hp2 NA18997.hp2 NA18998.hp1 NA19002.hp1 NA19003.hp1 NA19005.hp1 NA19009.hp2 NA19010.hp1 NA19010.hp2 NA19055.hp2 NA19060.hp1 NA19060.hp2 NA19062.hp2 NA19067.hp1 NA19068.hp1 NA19068.hp2 NA19070.hp1 NA19070.hp2 NA19074.hp2 NA19075.hp1 NA19081.hp1 NA19081.hp2 NA19083.hp1 NA19083.hp2 NA19085.hp1 NA19086.hp1 NA19086.hp2 NA19087.hp2 NA19088.hp1 NA19090.hp1 NA19091.hp1 NA19240.hp1 NA20752.hp1 NA20752.hp2 NA20805.hp1 NA20805.hp2	synonymous_variant	LOW	c.261T>C c.261T>C	p.Ser87Ser p.Ser87Ser	PLA2R1	ENSG00000153246.13	transcript	ENST00000283243.13	protein_coding	2/30	473/14376	261/4392	87/1463	chr2	160045006
chr2:160045093	A A	G G	1	a0002c0018 a0002c0018	1	NA18986.hp2 NA18986.hp2	synonymous_variant	LOW	c.174T>C c.174T>C	p.Val58Val p.Val58Val	PLA2R1	ENSG00000153246.13	transcript	ENST00000283243.13	protein_coding	2/30	386/14376	174/4392	58/1463	chr2	160045093
chr2:160062395	C C	A A	1	a0004c0032 a0004c0032	1	HG03041.hp1 HG03041.hp1	synonymous_variant	LOW	c.9G>T c.9G>T	p.Leu3Leu p.Leu3Leu	PLA2R1	ENSG00000153246.13	transcript	ENST00000283243.13	protein_coding	1/30	221/14376	9/4392	3/1463	chr2	160062395

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PLA2R1_chr2_159927006_160067615 Genic Haplotype Structure on iGV

Translation Multiple Alignment View

Gene Summary (with MANE)

Amino acid(protein) Level Haplotype Info (Total: 19)

Coding Level Haplotype Info (Total: 32)

Transcript Level Haplotype Info (Total: 165)

Genebody Level Haplotype Info (Total: 308)

Haplotype Details by Sample (Haploid Level) (Total: 326)

Amino acid(protein) Level Haplotype Related Variants (Effect to Protein Coding Variants) (Total: 20)

Coding Level Variants (On coding region but no effect to protein coding variants: Synonymous Mutations) (Total: 9)

Transcript Level Haplotype Variants (Exon) (Total: 114)

Genebody Level Haplotype Variants (Intron) (Total: 1216)

Annotation (Repeats)

Annotation (SNP Array)