Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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chr1:56706682	C C	A A	3	a0001c0001t0195g0273 a0001c0001t0196g0156 a0001c0001t0197g0024 a0001c0001t0195g0273 a0001c0001t0196g0156 a0001c0001t0197g0024	3	HG02055.hp1 HG06807.hp1 NA19030.hp1 HG02055.hp1 HG06807.hp1 NA19030.hp1	intron_variant	MODIFIER	c.1420+464C>A c.1420+464C>A	PRKAA2	ENSG00000162409.12	transcript	ENST00000371244.9	protein_coding	8/8		chr1	56706682
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chr1:56707080	T T	A A	1	a0001c0001t0175g0300 a0001c0001t0175g0300	1	HG02622.hp2 HG02622.hp2	intron_variant	MODIFIER	c.1421-395T>A c.1421-395T>A	PRKAA2	ENSG00000162409.12	transcript	ENST00000371244.9	protein_coding	8/8		chr1	56707080
chr1:56707388	C C	T T	28	a0001c0002t0005g0001 a0001c0002t0005g0007 a0001c0002t0005g0030 others(25): Show a0001c0002t0005g0001 a0001c0002t0005g0007 a0001c0002t0005g0030 a0001c0002t0005g0032 a0001c0002t0005g0253 a0001c0002t0037g0006 a0001c0002t0037g0042 a0001c0002t0038g0028 a0001c0002t0038g0035 a0001c0002t0038g0039 a0001c0002t0041g0012 a0001c0002t0069g0043 a0001c0002t0069g0046 a0001c0002t0070g0036 a0001c0002t0070g0037 a0001c0002t0071g0040 a0001c0002t0071g0041 a0001c0002t0198g0045 a0001c0002t0200g0048 a0001c0002t0201g0047 a0001c0002t0202g0034 a0001c0002t0203g0254 a0001c0002t0204g0029 a0001c0002t0205g0025 a0001c0002t0206g0033 a0001c0002t0207g0031 a0001c0006t0199g0044 a0006c0007t0005g0001	32	HG00408.hp1 HG01256.hp2 HG02056.hp1 others(29): Show HG00408.hp1 HG01256.hp2 HG02056.hp1 HG02074.hp1 HG02602.hp1 HG03017.hp1 HG03490.hp2 HG03491.hp2 HG03492.hp1 HG03492.hp2 HG03704.hp1 HG04115.hp1 HG04228.hp1 NA18941.hp1 NA18943.hp2 NA18952.hp2 NA18954.hp1 NA18962.hp1 NA18971.hp2 NA18989.hp1 NA18990.hp1 NA18992.hp1 NA18995.hp1 NA19007.hp1 NA19009.hp1 NA19011.hp2 NA19054.hp2 NA19057.hp1 NA19065.hp1 NA19079.hp2 NA19088.hp1 NA19091.hp2	intron_variant	MODIFIER	c.1421-87C>T c.1421-87C>T	PRKAA2	ENSG00000162409.12	transcript	ENST00000371244.9	protein_coding	8/8		chr1	56707388
chr1:56707406	A A	T T	2	a0001c0001t0024g0229 a0001c0001t0024g0249 a0001c0001t0024g0229 a0001c0001t0024g0249	2	NA19068.hp2 NA19084.hp2 NA19068.hp2 NA19084.hp2	intron_variant	MODIFIER	c.1421-69A>T c.1421-69A>T	PRKAA2	ENSG00000162409.12	transcript	ENST00000371244.9	protein_coding	8/8		chr1	56707406
chr1:56707431	A A	G G	1	a0001c0003t0021g0282 a0001c0003t0021g0282	1	HG00609.hp2 HG00609.hp2	intron_variant	MODIFIER	c.1421-44A>G c.1421-44A>G	PRKAA2	ENSG00000162409.12	transcript	ENST00000371244.9	protein_coding	8/8		chr1	56707431

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PRKAA2_chr1_56640314_56720335 Genic Haplotype Structure on iGV

Translation Multiple Alignment View

Gene Summary (with MANE)

Amino acid(protein) Level Haplotype Info (Total: 6)

Coding Level Haplotype Info (Total: 12)

Transcript Level Haplotype Info (Total: 215)

Genebody Level Haplotype Info (Total: 401)

Haplotype Details by Sample (Haploid Level) (Total: 412)

Amino acid(protein) Level Haplotype Related Variants (Effect to Protein Coding Variants) (Total: 5)

Coding Level Variants (On coding region but no effect to protein coding variants: Synonymous Mutations) (Total: 6)

Transcript Level Haplotype Variants (Exon) (Total: 99)

Genebody Level Haplotype Variants (Intron) (Total: 896)

Annotation (Repeats)

Annotation (SNP Array)