Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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chr2:106424137	G G	A A	1	a0013 a0013	4	HG00639.hp2 HG01106.hp2 HG01934.hp1 others(1): Show HG00639.hp2 HG01106.hp2 HG01934.hp1 HG01978.hp2	missense_variant	MODERATE	c.3830C>T c.3830C>T	p.Pro1277Leu p.Pro1277Leu	RGPD3	ENSG00000153165.19	transcript	ENST00000409886.4	protein_coding	20/23	3955/7215	3830/5277	1277/1758	chr2	106424137
chr2:106424138	G G	A A	1	a0013 a0013	4	HG00639.hp2 HG01106.hp2 HG01934.hp1 others(1): Show HG00639.hp2 HG01106.hp2 HG01934.hp1 HG01978.hp2	missense_variant	MODERATE	c.3829C>T c.3829C>T	p.Pro1277Ser p.Pro1277Ser	RGPD3	ENSG00000153165.19	transcript	ENST00000409886.4	protein_coding	20/23	3954/7215	3829/5277	1277/1758	chr2	106424138
chr2:106424140	C C	A A	1	a0013 a0013	4	HG00639.hp2 HG01106.hp2 HG01934.hp1 others(1): Show HG00639.hp2 HG01106.hp2 HG01934.hp1 HG01978.hp2	missense_variant	MODERATE	c.3827G>T c.3827G>T	p.Ser1276Ile p.Ser1276Ile	RGPD3	ENSG00000153165.19	transcript	ENST00000409886.4	protein_coding	20/23	3952/7215	3827/5277	1276/1758	chr2	106424140
chr2:106424142	A A	T T	1	a0013 a0013	4	HG00639.hp2 HG01106.hp2 HG01934.hp1 others(1): Show HG00639.hp2 HG01106.hp2 HG01934.hp1 HG01978.hp2	missense_variant	MODERATE	c.3825T>A c.3825T>A	p.Ser1275Arg p.Ser1275Arg	RGPD3	ENSG00000153165.19	transcript	ENST00000409886.4	protein_coding	20/23	3950/7215	3825/5277	1275/1758	chr2	106424142
chr2:106424143	C C	T T	1	a0013 a0013	4	HG00639.hp2 HG01106.hp2 HG01934.hp1 others(1): Show HG00639.hp2 HG01106.hp2 HG01934.hp1 HG01978.hp2	missense_variant	MODERATE	c.3824G>A c.3824G>A	p.Ser1275Asn p.Ser1275Asn	RGPD3	ENSG00000153165.19	transcript	ENST00000409886.4	protein_coding	20/23	3949/7215	3824/5277	1275/1758	chr2	106424143
chr2:106424339	T T	C C	1	a0015 a0015	4	HG02818.hp2 HG03225.hp1 HG03471.hp1 others(1): Show HG02818.hp2 HG03225.hp1 HG03471.hp1 HG03540.hp2	missense_variant	MODERATE	c.3628A>G c.3628A>G	p.Thr1210Ala p.Thr1210Ala	RGPD3	ENSG00000153165.19	transcript	ENST00000409886.4	protein_coding	20/23	3753/7215	3628/5277	1210/1758	chr2	106424339
chr2:106424462	G G	A A	1	a0038 a0038	1	NA18984.hp1 NA18984.hp1	missense_variant	MODERATE	c.3505C>T c.3505C>T	p.Arg1169Trp p.Arg1169Trp	RGPD3	ENSG00000153165.19	transcript	ENST00000409886.4	protein_coding	20/23	3630/7215	3505/5277	1169/1758	chr2	106424462
chr2:106424507	G G	A A	1	a0023 a0023	1	HG01358.hp2 HG01358.hp2	missense_variant	MODERATE	c.3460C>T c.3460C>T	p.Pro1154Ser p.Pro1154Ser	RGPD3	ENSG00000153165.19	transcript	ENST00000409886.4	protein_coding	20/23	3585/7215	3460/5277	1154/1758	chr2	106424507
chr2:106424665	T T	C C	1	a0019 a0019	2	HG00609.hp1 NA18983.hp1 HG00609.hp1 NA18983.hp1	missense_variant	MODERATE	c.3302A>G c.3302A>G	p.Gln1101Arg p.Gln1101Arg	RGPD3	ENSG00000153165.19	transcript	ENST00000409886.4	protein_coding	20/23	3427/7215	3302/5277	1101/1758	chr2	106424665
chr2:106424813	T T	C C	1	a0031 a0031	1	HG03139.hp2 HG03139.hp2	missense_variant	MODERATE	c.3154A>G c.3154A>G	p.Thr1052Ala p.Thr1052Ala	RGPD3	ENSG00000153165.19	transcript	ENST00000409886.4	protein_coding	20/23	3279/7215	3154/5277	1052/1758	chr2	106424813
chr2:106425099	C C	A A	1	a0017 a0017	3	HG02615.hp2 HG02970.hp2 HG03041.hp2 HG02615.hp2 HG02970.hp2 HG03041.hp2	missense_variant	MODERATE	c.2868G>T c.2868G>T	p.Lys956Asn p.Lys956Asn	RGPD3	ENSG00000153165.19	transcript	ENST00000409886.4	protein_coding	20/23	2993/7215	2868/5277	956/1758	chr2	106425099
chr2:106425104	G G	A A	1	a0040 a0040	1	NA18993.hp1 NA18993.hp1	missense_variant	MODERATE	c.2863C>T c.2863C>T	p.Arg955Trp p.Arg955Trp	RGPD3	ENSG00000153165.19	transcript	ENST00000409886.4	protein_coding	20/23	2988/7215	2863/5277	955/1758	chr2	106425104
chr2:106432991	C C	T T	1	a0034 a0034	1	HG04228.hp1 HG04228.hp1	missense_variant	MODERATE	c.2413G>A c.2413G>A	p.Ala805Thr p.Ala805Thr	RGPD3	ENSG00000153165.19	transcript	ENST00000409886.4	protein_coding	17/23	2538/7215	2413/5277	805/1758	chr2	106432991
chr2:106432992	C C	T T	1	a0039 a0039	1	NA18990.hp1 NA18990.hp1	stop_gained	HIGH	c.2412G>A c.2412G>A	p.Trp804* p.Trp804*	RGPD3	ENSG00000153165.19	transcript	ENST00000409886.4	protein_coding	17/23	2537/7215	2412/5277	804/1758	chr2	106432992
chr2:106433003	G G	A A	1	a0042 a0042	1	NA19007.hp1 NA19007.hp1	missense_variant	MODERATE	c.2401C>T c.2401C>T	p.Pro801Ser p.Pro801Ser	RGPD3	ENSG00000153165.19	transcript	ENST00000409886.4	protein_coding	17/23	2526/7215	2401/5277	801/1758	chr2	106433003
chr2:106433137	T T	C C	6	a0007 a0020 a0021 others(3): Show a0007 a0020 a0021 a0032 a0036 a0038	22	HG01496.hp2 HG02027.hp1 HG02056.hp1 others(19): Show HG01496.hp2 HG02027.hp1 HG02056.hp1 HG02135.hp1 HG02148.hp2 HG02523.hp1 HG03516.hp2 NA18747.hp2 NA18955.hp1 NA18957.hp2 NA18961.hp1 NA18966.hp2 NA18967.hp1 NA18968.hp1 NA18970.hp1 NA18970.hp2 NA18972.hp1 NA18973.hp1 NA18979.hp2 NA18984.hp1 NA19070.hp2 NA19087.hp1	missense_variant	MODERATE	c.2354A>G c.2354A>G	p.Lys785Arg p.Lys785Arg	RGPD3	ENSG00000153165.19	transcript	ENST00000409886.4	protein_coding	16/23	2479/7215	2354/5277	785/1758	chr2	106433137
chr2:106433225	T T	C C	2	a0025 a0033 a0025 a0033	2	HG01891.hp2 HG03579.hp2 HG01891.hp2 HG03579.hp2	missense_variant	MODERATE	c.2266A>G c.2266A>G	p.Asn756Asp p.Asn756Asp	RGPD3	ENSG00000153165.19	transcript	ENST00000409886.4	protein_coding	16/23	2391/7215	2266/5277	756/1758	chr2	106433225
chr2:106433247	C C	A A	2	a0016 a0033 a0016 a0033	4	HG02258.hp2 HG03486.hp1 HG03579.hp2 others(1): Show HG02258.hp2 HG03486.hp1 HG03579.hp2 HG06807.hp1	missense_variant	MODERATE	c.2244G>T c.2244G>T	p.Lys748Asn p.Lys748Asn	RGPD3	ENSG00000153165.19	transcript	ENST00000409886.4	protein_coding	16/23	2369/7215	2244/5277	748/1758	chr2	106433247
chr2:106434739	G G	T T	4	a0011 a0027 a0028 others(1): Show a0011 a0027 a0028 a0032	9	HG02109.hp1 HG02572.hp2 HG02630.hp2 others(6): Show HG02109.hp1 HG02572.hp2 HG02630.hp2 HG02809.hp2 HG02818.hp1 HG02886.hp2 HG02896.hp1 HG03486.hp2 HG03516.hp2	missense_variant	MODERATE	c.1956C>A c.1956C>A	p.His652Gln p.His652Gln	RGPD3	ENSG00000153165.19	transcript	ENST00000409886.4	protein_coding	14/23	2081/7215	1956/5277	652/1758	chr2	106434739
chr2:106435190	T T	G G	1	a0020 a0020	2	NA18955.hp1 NA18972.hp1 NA18955.hp1 NA18972.hp1	missense_variant	MODERATE	c.1771A>C c.1771A>C	p.Asn591His p.Asn591His	RGPD3	ENSG00000153165.19	transcript	ENST00000409886.4	protein_coding	13/23	1896/7215	1771/5277	591/1758	chr2	106435190
chr2:106436152	C C	G G	1	a0010 a0010	6	HG01884.hp1 HG01891.hp1 HG02895.hp1 others(3): Show HG01884.hp1 HG01891.hp1 HG02895.hp1 HG02897.hp2 HG03195.hp1 NA20300.hp1	missense_variant	MODERATE	c.1729G>C c.1729G>C	p.Val577Leu p.Val577Leu	RGPD3	ENSG00000153165.19	transcript	ENST00000409886.4	protein_coding	12/23	1854/7215	1729/5277	577/1758	chr2	106436152
chr2:106436444	G G	A A	1	a0010 a0010	6	HG01884.hp1 HG01891.hp1 HG02895.hp1 others(3): Show HG01884.hp1 HG01891.hp1 HG02895.hp1 HG02897.hp2 HG03195.hp1 NA20300.hp1	missense_variant	MODERATE	c.1604C>T c.1604C>T	p.Ala535Val p.Ala535Val	RGPD3	ENSG00000153165.19	transcript	ENST00000409886.4	protein_coding	11/23	1729/7215	1604/5277	535/1758	chr2	106436444
chr2:106439003	T T	C C	1	a0035 a0035	1	NA18941.hp2 NA18941.hp2	missense_variant	MODERATE	c.1241A>G c.1241A>G	p.Glu414Gly p.Glu414Gly	RGPD3	ENSG00000153165.19	transcript	ENST00000409886.4	protein_coding	9/23	1366/7215	1241/5277	414/1758	chr2	106439003
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chr2:106424913	G G	A A	1	a0002c0045 a0002c0045	1	HG04204.hp2 HG04204.hp2	synonymous_variant	LOW	c.3054C>T c.3054C>T	p.Ser1018Ser p.Ser1018Ser	RGPD3	ENSG00000153165.19	transcript	ENST00000409886.4	protein_coding	20/23	3179/7215	3054/5277	1018/1758	chr2	106424913
chr2:106429698	C C	T T	2	a0004c0054 a0005c0053 a0004c0054 a0005c0053	2	HG01358.hp1 NA18988.hp1 HG01358.hp1 NA18988.hp1	synonymous_variant	LOW	c.2553G>A c.2553G>A	p.Ser851Ser p.Ser851Ser	RGPD3	ENSG00000153165.19	transcript	ENST00000409886.4	protein_coding	18/23	2678/7215	2553/5277	851/1758	chr2	106429698
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chr2:106436171	G G	T T	1	a0001c0052 a0001c0052	1	NA18947.hp2 NA18947.hp2	synonymous_variant	LOW	c.1710C>A c.1710C>A	p.Gly570Gly p.Gly570Gly	RGPD3	ENSG00000153165.19	transcript	ENST00000409886.4	protein_coding	12/23	1835/7215	1710/5277	570/1758	chr2	106436171
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chr2:106436560	G G	A A	1	a0010c0012 a0010c0012	6	HG01884.hp1 HG01891.hp1 HG02895.hp1 others(3): Show HG01884.hp1 HG01891.hp1 HG02895.hp1 HG02897.hp2 HG03195.hp1 NA20300.hp1	synonymous_variant	LOW	c.1488C>T c.1488C>T	p.Ser496Ser p.Ser496Ser	RGPD3	ENSG00000153165.19	transcript	ENST00000409886.4	protein_coding	11/23	1613/7215	1488/5277	496/1758	chr2	106436560
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RGPD3_chr2_106398406_106473413 Genic Haplotype Structure on iGV

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