Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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chr4:138241815	C C	T T	1	a0001c0008 a0001c0008	1	HG01981.hp1 HG01981.hp1	synonymous_variant	LOW	c.255G>A c.255G>A	p.Val85Val p.Val85Val	SLC7A11	ENSG00000151012.13	transcript	ENST00000280612.9	protein_coding	1/12	535/9645	255/1506	85/501	chr4	138241815
chr4:138241893	T T	G G	1	a0005c0016 a0005c0016	1	HG03704.hp2 HG03704.hp2	synonymous_variant	LOW	c.177A>C c.177A>C	p.Gly59Gly p.Gly59Gly	SLC7A11	ENSG00000151012.13	transcript	ENST00000280612.9	protein_coding	1/12	457/9645	177/1506	59/501	chr4	138241893
chr4:138241902	G G	C C	1	a0005c0016 a0005c0016	1	HG03704.hp2 HG03704.hp2	synonymous_variant	LOW	c.168C>G c.168C>G	p.Thr56Thr p.Thr56Thr	SLC7A11	ENSG00000151012.13	transcript	ENST00000280612.9	protein_coding	1/12	448/9645	168/1506	56/501	chr4	138241902
chr4:138241914	A A	G G	1	a0005c0016 a0005c0016	1	HG03704.hp2 HG03704.hp2	synonymous_variant	LOW	c.156T>C c.156T>C	p.Ile52Ile p.Ile52Ile	SLC7A11	ENSG00000151012.13	transcript	ENST00000280612.9	protein_coding	1/12	436/9645	156/1506	52/501	chr4	138241914
chr4:138242043	G G	A A	1	a0001c0017 a0001c0017	1	HG00323.hp2 HG00323.hp2	synonymous_variant	LOW	c.27C>T c.27C>T	p.Thr9Thr p.Thr9Thr	SLC7A11	ENSG00000151012.13	transcript	ENST00000280612.9	protein_coding	1/12	307/9645	27/1506	9/501	chr4	138242043

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chr4:138164150	A A	AAAAT AAAAT	2	a0001c0001t0040 a0001c0003t0121 a0001c0001t0040 a0001c0003t0121	3	HG02717.hp1 HG03195.hp1 NA19030.hp2 HG02717.hp1 HG03195.hp1 NA19030.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.7802_7805dupATTT c.7802_7805dupATTT	SLC7A11	ENSG00000151012.13	transcript	ENST00000280612.9	protein_coding	12/12	7805	chr4	138164150
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chr4:138237715	ATATATAT others(18): Show ATATATATATATATATATATATATTT	A A	1	a0001c0003t0137g0124 a0001c0003t0137g0124	1	HG03579.hp2 HG03579.hp2	intron_variant	MODIFIER	c.278-1289_278-1265d others(27): Show c.278-1289_278-1265delAAATATATATATATATATATATATA	SLC7A11	ENSG00000151012.13	transcript	ENST00000280612.9	protein_coding	1/11	chr4	138237715
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chr4:138237719	ATATATAT others(19): Show ATATATATATATATATATATTTTTTTT	A A	1	a0001c0001t0013g0074 a0001c0001t0013g0074	1	HG01069.hp1 HG01069.hp1	intron_variant	MODIFIER	c.278-1294_278-1269d others(28): Show c.278-1294_278-1269delAAAAAAAATATATATATATATATATA	SLC7A11	ENSG00000151012.13	transcript	ENST00000280612.9	protein_coding	1/11	chr4	138237719
chr4:138237721	ATATATAT others(10): Show ATATATATATATATATAT	A A	2	a0001c0001t0002g0103 a0001c0001t0125g0100 a0001c0001t0002g0103 a0001c0001t0125g0100	2	HG01361.hp1 HG02896.hp1 HG01361.hp1 HG02896.hp1	intron_variant	MODIFIER	c.278-1287_278-1271d others(19): Show c.278-1287_278-1271delATATATATATATATATA	SLC7A11	ENSG00000151012.13	transcript	ENST00000280612.9	protein_coding	1/11	chr4	138237721
chr4:138237721	ATATATAT others(11): Show ATATATATATATATATATT	A A	3	a0001c0003t0043g0082 a0001c0003t0046g0083 a0001c0003t0121g0101 a0001c0003t0043g0082 a0001c0003t0046g0083 a0001c0003t0121g0101	3	HG02257.hp2 HG02922.hp1 NA19030.hp2 HG02257.hp2 HG02922.hp1 NA19030.hp2	intron_variant	MODIFIER	c.278-1288_278-1271d others(20): Show c.278-1288_278-1271delAATATATATATATATATA	SLC7A11	ENSG00000151012.13	transcript	ENST00000280612.9	protein_coding	1/11	chr4	138237721
chr4:138237721	ATATATAT others(12): Show ATATATATATATATATATTT	A A	1	a0001c0001t0141g0099 a0001c0001t0141g0099	1	HG02451.hp2 HG02451.hp2	intron_variant	MODIFIER	c.278-1289_278-1271d others(21): Show c.278-1289_278-1271delAAATATATATATATATATA	SLC7A11	ENSG00000151012.13	transcript	ENST00000280612.9	protein_coding	1/11	chr4	138237721
chr4:138237721	ATATATAT others(17): Show ATATATATATATATATATTTTTTTT	A A	5	a0001c0001t0069g0066 a0001c0003t0020g0068 a0001c0003t0070g0067 others(2): Show a0001c0001t0069g0066 a0001c0003t0020g0068 a0001c0003t0070g0067 a0001c0007t0143g0348 a0001c0014t0129g0272	5	HG02258.hp2 HG02559.hp1 HG02559.hp2 others(2): Show HG02258.hp2 HG02559.hp1 HG02559.hp2 HG02615.hp2 HG03225.hp1	intron_variant	MODIFIER	c.278-1294_278-1271d others(26): Show c.278-1294_278-1271delAAAAAAAATATATATATATATATA	SLC7A11	ENSG00000151012.13	transcript	ENST00000280612.9	protein_coding	1/11	chr4	138237721
chr4:138237723	ATATATAT others(10): Show ATATATATATATATATTT	A A	1	a0001c0003t0045g0104 a0001c0003t0045g0104	1	HG03540.hp2 HG03540.hp2	intron_variant	MODIFIER	c.278-1289_278-1273d others(19): Show c.278-1289_278-1273delAAATATATATATATATA	SLC7A11	ENSG00000151012.13	transcript	ENST00000280612.9	protein_coding	1/11	chr4	138237723
chr4:138237723	ATATATAT others(15): Show ATATATATATATATATTTTTTTT	A A	1	a0006c0012t0075g0106 a0006c0012t0075g0106	1	HG04184.hp1 HG04184.hp1	intron_variant	MODIFIER	c.278-1294_278-1273d others(24): Show c.278-1294_278-1273delAAAAAAAATATATATATATATA	SLC7A11	ENSG00000151012.13	transcript	ENST00000280612.9	protein_coding	1/11	chr4	138237723
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chr4:138241775	A A	T T	1	a0005c0016t0053g0015 a0005c0016t0053g0015	1	HG03704.hp2 HG03704.hp2	intron_variant	MODIFIER	c.277+18T>A c.277+18T>A	SLC7A11	ENSG00000151012.13	transcript	ENST00000280612.9	protein_coding	1/11	chr4	138241775
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chr4:138241785	G G	GGTGTGGC others(9): Show GGTGTGGCCAAGACCTT	1	a0005c0016t0053g0015 a0005c0016t0053g0015	1	HG03704.hp2 HG03704.hp2	splice_region_variant&intron_variant	LOW	c.277+7_277+8insAAGG others(12): Show c.277+7_277+8insAAGGTCTTGGCCACAC	SLC7A11	ENSG00000151012.13	transcript	ENST00000280612.9	protein_coding	1/11	chr4	138241785

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SLC7A11_chr4_138159097_138247349 Genic Haplotype Structure on iGV

Translation Multiple Alignment View

Gene Summary (with MANE)

Amino acid(protein) Level Haplotype Info (Total: 7)

Coding Level Haplotype Info (Total: 17)

Transcript Level Haplotype Info (Total: 165)

Genebody Level Haplotype Info (Total: 348)

Haplotype Details by Sample (Haploid Level) (Total: 364)

Amino acid(protein) Level Haplotype Related Variants (Effect to Protein Coding Variants) (Total: 25)

Coding Level Variants (On coding region but no effect to protein coding variants: Synonymous Mutations) (Total: 11)

Transcript Level Haplotype Variants (Exon) (Total: 165)

Genebody Level Haplotype Variants (Intron) (Total: 1008)

Annotation (Repeats)

Annotation (SNP Array)