Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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chr17:35442019	C C	A A	8	a0010 a0016 a0020 others(5): Show a0010 a0016 a0020 a0021 a0025 a0028 a0031 a0036	29	HG00597.hp2 HG01516.hp1 HG02015.hp1 others(26): Show HG00597.hp2 HG01516.hp1 HG02015.hp1 HG02145.hp1 HG02258.hp2 HG02818.hp2 HG03098.hp1 HG03453.hp2 HG03927.hp1 NA18942.hp2 NA18946.hp2 NA18949.hp1 NA18949.hp2 NA18952.hp2 NA18967.hp2 NA18972.hp1 NA18977.hp1 NA18979.hp1 NA18982.hp2 NA18988.hp1 NA18991.hp1 NA18993.hp1 NA18997.hp2 NA19001.hp1 NA19006.hp2 NA19011.hp1 NA19060.hp2 NA19077.hp1 NA19078.hp1	missense_variant	MODERATE	c.1466G>T c.1466G>T	p.Arg489Leu p.Arg489Leu	SLFN13	ENSG00000154760.14	transcript	ENST00000285013.11	protein_coding	5/6	1671/8398	1466/2694	489/897	chr17	35442019
chr17:35442020	G G	A A	1	a0016 a0016	2	HG03139.hp2 NA20300.hp1 HG03139.hp2 NA20300.hp1	missense_variant	MODERATE	c.1465C>T c.1465C>T	p.Arg489Cys p.Arg489Cys	SLFN13	ENSG00000154760.14	transcript	ENST00000285013.11	protein_coding	5/6	1670/8398	1465/2694	489/897	chr17	35442020
chr17:35442118	C C	T T	1	a0023 a0023	2	HG02280.hp2 NA18906.hp1 HG02280.hp2 NA18906.hp1	missense_variant	MODERATE	c.1367G>A c.1367G>A	p.Gly456Glu p.Gly456Glu	SLFN13	ENSG00000154760.14	transcript	ENST00000285013.11	protein_coding	5/6	1572/8398	1367/2694	456/897	chr17	35442118
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chr17:35442192	C C	T T	1	a0019 a0019	3	HG01884.hp2 HG02559.hp2 HG03225.hp2 HG01884.hp2 HG02559.hp2 HG03225.hp2	missense_variant	MODERATE	c.1293G>A c.1293G>A	p.Met431Ile p.Met431Ile	SLFN13	ENSG00000154760.14	transcript	ENST00000285013.11	protein_coding	5/6	1498/8398	1293/2694	431/897	chr17	35442192
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chr17:35444765	C C	G G	2	a0016 a0031 a0016 a0031	5	HG02258.hp2 HG03098.hp1 HG03139.hp2 others(2): Show HG02258.hp2 HG03098.hp1 HG03139.hp2 HG03453.hp2 NA20300.hp1	missense_variant	MODERATE	c.916G>C c.916G>C	p.Glu306Gln p.Glu306Gln	SLFN13	ENSG00000154760.14	transcript	ENST00000285013.11	protein_coding	3/6	1121/8398	916/2694	306/897	chr17	35444765
chr17:35444977	G G	A A	8	a0005 a0018 a0020 others(5): Show a0005 a0018 a0020 a0025 a0026 a0032 a0035 a0037	44	HG00408.hp2 HG00621.hp1 HG00733.hp2 others(41): Show HG00408.hp2 HG00621.hp1 HG00733.hp2 HG01943.hp1 HG01978.hp2 HG02155.hp2 HG02300.hp1 HG03491.hp1 HG03492.hp2 HG03669.hp2 NA18612.hp1 NA18941.hp1 NA18943.hp2 NA18944.hp2 NA18949.hp2 NA18952.hp2 NA18955.hp2 NA18957.hp2 NA18962.hp2 NA18967.hp1 NA18971.hp2 NA18979.hp1 NA18980.hp2 NA18981.hp1 NA18983.hp1 NA18984.hp1 NA18987.hp2 NA18990.hp2 NA18991.hp2 NA18992.hp2 NA18994.hp1 NA18997.hp1 NA18999.hp1 NA19001.hp1 NA19059.hp1 NA19062.hp2 NA19067.hp1 NA19070.hp1 NA19072.hp2 NA19074.hp1 NA19077.hp1 NA19079.hp2 NA19084.hp2 NA19089.hp1	missense_variant	MODERATE	c.704C>T c.704C>T	p.Ser235Phe p.Ser235Phe	SLFN13	ENSG00000154760.14	transcript	ENST00000285013.11	protein_coding	3/6	909/8398	704/2694	235/897	chr17	35444977
chr17:35445310	T T	C C	2	a0013 a0015 a0013 a0015	13	HG01891.hp2 HG02055.hp2 HG02647.hp1 others(10): Show HG01891.hp2 HG02055.hp2 HG02647.hp1 HG02886.hp1 HG02965.hp1 HG02965.hp2 HG03041.hp2 HG03195.hp1 HG03195.hp2 HG03471.hp1 HG03579.hp2 NA18906.hp2 NA19043.hp1	missense_variant	MODERATE	c.371A>G c.371A>G	p.Asn124Ser p.Asn124Ser	SLFN13	ENSG00000154760.14	transcript	ENST00000285013.11	protein_coding	3/6	576/8398	371/2694	124/897	chr17	35445310
chr17:35445527	C C	T T	1	a0024 a0024	2	HG02895.hp2 HG02896.hp1 HG02895.hp2 HG02896.hp1	missense_variant	MODERATE	c.154G>A c.154G>A	p.Ala52Thr p.Ala52Thr	SLFN13	ENSG00000154760.14	transcript	ENST00000285013.11	protein_coding	3/6	359/8398	154/2694	52/897	chr17	35445527
chr17:35445533	C C	T T	2	a0016 a0031 a0016 a0031	5	HG02258.hp2 HG03098.hp1 HG03139.hp2 others(2): Show HG02258.hp2 HG03098.hp1 HG03139.hp2 HG03453.hp2 NA20300.hp1	missense_variant	MODERATE	c.148G>A c.148G>A	p.Ala50Thr p.Ala50Thr	SLFN13	ENSG00000154760.14	transcript	ENST00000285013.11	protein_coding	3/6	353/8398	148/2694	50/897	chr17	35445533
chr17:35445639	G G	T T	1	a0002 a0002	59	HG00099.hp1 HG00140.hp2 HG00408.hp1 others(56): Show HG00099.hp1 HG00140.hp2 HG00408.hp1 HG00544.hp2 HG00558.hp2 HG00609.hp1 HG00673.hp2 HG00741.hp2 HG01109.hp2 HG01243.hp1 HG01243.hp2 HG01433.hp2 HG02027.hp2 HG02071.hp2 HG02165.hp1 HG02165.hp2 HG02280.hp1 HG02818.hp1 HG02970.hp1 HG03130.hp1 HG03209.hp2 HG03225.hp1 HG03471.hp2 HG03486.hp2 HG03516.hp2 HG03831.hp2 NA18747.hp1 NA18939.hp1 NA18948.hp1 NA18952.hp1 NA18954.hp1 NA18954.hp2 NA18956.hp1 NA18957.hp1 NA18959.hp1 NA18960.hp2 NA18961.hp2 NA18963.hp2 NA18966.hp1 NA18974.hp2 NA18980.hp1 NA18982.hp1 NA18984.hp2 NA18987.hp1 NA18992.hp1 NA19001.hp2 NA19007.hp2 NA19009.hp1 NA19055.hp2 NA19057.hp1 NA19058.hp1 NA19062.hp1 NA19063.hp2 NA19064.hp1 NA19067.hp2 NA19068.hp2 NA19077.hp2 NA19083.hp1 NA19086.hp1	stop_gained	HIGH	c.42C>A c.42C>A	p.Tyr14* p.Tyr14*	SLFN13	ENSG00000154760.14	transcript	ENST00000285013.11	protein_coding	3/6	247/8398	42/2694	14/897	chr17	35445639
chr17:35445670	T T	C C	5	a0012 a0014 a0017 others(2): Show a0012 a0014 a0017 a0030 a0040	23	HG00280.hp1 HG00639.hp1 HG00733.hp1 others(20): Show HG00280.hp1 HG00639.hp1 HG00733.hp1 HG01069.hp2 HG01071.hp1 HG01099.hp2 HG01358.hp1 HG01943.hp2 HG02523.hp1 HG02735.hp1 HG03017.hp2 HG03669.hp1 HG03942.hp2 HG04115.hp1 HG04199.hp2 HG04228.hp1 NA18940.hp1 NA18944.hp1 NA19007.hp1 NA19010.hp2 NA19057.hp2 NA19081.hp1 NA19091.hp2	missense_variant	MODERATE	c.11A>G c.11A>G	p.Asn4Ser p.Asn4Ser	SLFN13	ENSG00000154760.14	transcript	ENST00000285013.11	protein_coding	3/6	216/8398	11/2694	4/897	chr17	35445670

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chr17:35441075	G G	A A	3	a0013c0017 a0013c0022 a0015c0016 a0013c0017 a0013c0022 a0015c0016	13	HG01891.hp2 HG02055.hp2 HG02647.hp1 others(10): Show HG01891.hp2 HG02055.hp2 HG02647.hp1 HG02886.hp1 HG02965.hp1 HG02965.hp2 HG03041.hp2 HG03195.hp1 HG03195.hp2 HG03471.hp1 HG03579.hp2 NA18906.hp2 NA19043.hp1	synonymous_variant	LOW	c.2214C>T c.2214C>T	p.Ala738Ala p.Ala738Ala	SLFN13	ENSG00000154760.14	transcript	ENST00000285013.11	protein_coding	6/6	2419/8398	2214/2694	738/897	chr17	35441075
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chr17:35441991	T T	C C	1	a0026c0035 a0026c0035	2	NA18971.hp2 NA18984.hp1 NA18971.hp2 NA18984.hp1	synonymous_variant	LOW	c.1494A>G c.1494A>G	p.Leu498Leu p.Leu498Leu	SLFN13	ENSG00000154760.14	transcript	ENST00000285013.11	protein_coding	5/6	1699/8398	1494/2694	498/897	chr17	35441991
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SLFN13_chr17_35430096_35453766 Genic Haplotype Structure on iGV

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Amino acid(protein) Level Haplotype Info (Total: 40)

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Annotation (SNP Array)