Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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chr12:53382766	T T	C C	1	a0001c0006 a0001c0006	1	HG01884.hp2 HG01884.hp2	synonymous_variant	LOW	c.819T>C c.819T>C	p.Ser273Ser p.Ser273Ser	SP1	ENSG00000185591.10	transcript	ENST00000327443.9	protein_coding	3/6	935/7680	819/2358	273/785	chr12	53382766
chr12:53383387	A A	G G	3	a0001c0002 a0002c0004 a0006c0007 a0001c0002 a0002c0004 a0006c0007	99	HG00280.hp2 HG00323.hp1 HG00597.hp1 others(96): Show HG00280.hp2 HG00323.hp1 HG00597.hp1 HG00609.hp1 HG00673.hp1 HG00733.hp2 HG01167.hp2 HG01168.hp2 HG01169.hp1 HG01169.hp2 HG01175.hp2 HG01255.hp2 HG01358.hp1 HG01361.hp1 HG01496.hp1 HG01496.hp2 HG01891.hp1 HG01943.hp2 HG01952.hp2 HG01993.hp1 HG02074.hp2 HG02080.hp2 HG02145.hp2 HG02165.hp1 HG02257.hp1 HG02257.hp2 HG02451.hp2 HG02486.hp2 HG02622.hp2 HG02683.hp1 HG02683.hp2 HG02723.hp1 HG02723.hp2 HG02809.hp2 HG02886.hp1 HG02922.hp1 HG02922.hp2 HG02970.hp1 HG03130.hp1 HG03195.hp2 HG03225.hp1 HG03453.hp2 HG03490.hp1 HG03491.hp2 HG03492.hp1 HG03492.hp2 HG03516.hp1 HG03834.hp1 HG03834.hp2 HG03927.hp1 HG04115.hp1 NA18522.hp1 NA18612.hp1 NA18944.hp1 NA18945.hp1 NA18946.hp1 NA18947.hp1 NA18947.hp2 NA18948.hp1 NA18951.hp1 NA18954.hp1 NA18959.hp1 NA18961.hp2 NA18962.hp1 NA18964.hp2 NA18965.hp1 NA18965.hp2 NA18968.hp2 NA18971.hp2 NA18972.hp1 NA18973.hp2 NA18975.hp2 NA18978.hp2 NA18981.hp1 NA18982.hp2 NA18987.hp2 NA18994.hp2 NA18995.hp2 NA18997.hp2 NA18998.hp1 NA18999.hp1 NA19000.hp2 NA19002.hp2 NA19004.hp2 NA19005.hp2 NA19062.hp1 NA19063.hp1 NA19065.hp2 NA19066.hp2 NA19068.hp1 NA19070.hp2 NA19081.hp1 NA19082.hp1 NA19084.hp1 NA19086.hp1 NA19088.hp1 NA19089.hp2 NA19091.hp1 NA20300.hp1	synonymous_variant	LOW	c.1440A>G c.1440A>G	p.Gln480Gln p.Gln480Gln	SP1	ENSG00000185591.10	transcript	ENST00000327443.9	protein_coding	3/6	1556/7680	1440/2358	480/785	chr12	53383387
chr12:53406706	C C	T T	1	a0001c0010 a0001c0010	1	NA19068.hp2 NA19068.hp2	synonymous_variant	LOW	c.1797C>T c.1797C>T	p.Thr599Thr p.Thr599Thr	SP1	ENSG00000185591.10	transcript	ENST00000327443.9	protein_coding	4/6	1913/7680	1797/2358	599/785	chr12	53406706
chr12:53409443	C C	T T	1	a0001c0008 a0001c0008	1	HG01167.hp1 HG01167.hp1	synonymous_variant	LOW	c.1926C>T c.1926C>T	p.His642His p.His642His	SP1	ENSG00000185591.10	transcript	ENST00000327443.9	protein_coding	5/6	2042/7680	1926/2358	642/785	chr12	53409443

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chr12:53380176	A A	AC AC	13	a0001c0001t0008 a0001c0001t0015 a0001c0001t0019 others(10): Show a0001c0001t0008 a0001c0001t0015 a0001c0001t0019 a0001c0001t0020 a0001c0001t0035 a0001c0001t0036 a0001c0001t0037 a0001c0001t0038 a0001c0002t0009 a0001c0002t0021 a0001c0002t0022 a0001c0002t0039 a0001c0002t0040	27	HG00597.hp1 HG00597.hp2 HG01175.hp1 others(24): Show HG00597.hp1 HG00597.hp2 HG01175.hp1 HG01192.hp1 HG01192.hp2 HG01433.hp1 HG01496.hp2 HG01934.hp1 HG01993.hp1 HG02135.hp1 HG02135.hp2 HG02145.hp2 HG02602.hp2 HG02615.hp1 HG02647.hp1 HG02809.hp2 HG03130.hp2 HG03209.hp2 HG04115.hp1 HG04184.hp1 HG04199.hp1 NA18947.hp1 NA18962.hp1 NA18968.hp1 NA18968.hp2 NA18998.hp1 NA19000.hp1	5_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.-108dupC c.-108dupC	SP1	ENSG00000185591.10	transcript	ENST00000327443.9	protein_coding	1/6	107	INFO_REALIGN_3_PRIME	chr12	53380176
chr12:53380185	T T	C C	1	a0001c0001t0034 a0001c0001t0034	1	HG02809.hp1 HG02809.hp1	5_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.-107T>C c.-107T>C	SP1	ENSG00000185591.10	transcript	ENST00000327443.9	protein_coding	1/6	107		chr12	53380185
chr12:53380240	C C	T T	1	a0001c0002t0040 a0001c0002t0040	1	HG04115.hp1 HG04115.hp1	5_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.-52C>T c.-52C>T	SP1	ENSG00000185591.10	transcript	ENST00000327443.9	protein_coding	1/6	52		chr12	53380240
chr12:53411253	G G	A A	1	a0001c0002t0023 a0001c0002t0023	2	HG01167.hp2 HG01169.hp2 HG01167.hp2 HG01169.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.13G>A c.13G>A	SP1	ENSG00000185591.10	transcript	ENST00000327443.9	protein_coding	6/6	13		chr12	53411253
chr12:53411518	C C	G G	1	a0001c0001t0092 a0001c0001t0092	1	NA18959.hp2 NA18959.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.278C>G c.278C>G	SP1	ENSG00000185591.10	transcript	ENST00000327443.9	protein_coding	6/6	278		chr12	53411518
chr12:53411575	C C	A A	1	a0001c0002t0041 a0001c0002t0041	1	NA18961.hp2 NA18961.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.335C>A c.335C>A	SP1	ENSG00000185591.10	transcript	ENST00000327443.9	protein_coding	6/6	335		chr12	53411575
chr12:53411654	T T	TTA TTA	40	a0001c0001t0005 a0001c0001t0014 a0001c0001t0017 others(37): Show a0001c0001t0005 a0001c0001t0014 a0001c0001t0017 a0001c0001t0030 a0001c0001t0032 a0001c0001t0034 a0001c0001t0037 a0001c0001t0038 a0001c0001t0078 a0001c0001t0079 a0001c0001t0080 a0001c0001t0082 a0001c0001t0084 a0001c0001t0086 a0001c0001t0089 a0001c0001t0090 a0001c0002t0002 a0001c0002t0006 a0001c0002t0009 a0001c0002t0021 a0001c0002t0022 a0001c0002t0023 a0001c0002t0027 a0001c0002t0028 a0001c0002t0029 a0001c0002t0031 a0001c0002t0033 a0001c0002t0040 a0001c0002t0041 a0001c0002t0074 a0001c0002t0075 a0001c0002t0077 a0001c0002t0081 a0001c0002t0085 a0001c0002t0087 a0001c0002t0088 a0002c0004t0002 a0002c0004t0076 a0004c0009t0083 a0006c0007t0002	129	HG00280.hp2 HG00323.hp1 HG00597.hp1 others(126): Show HG00280.hp2 HG00323.hp1 HG00597.hp1 HG00609.hp1 HG00673.hp1 HG00733.hp2 HG00741.hp1 HG01099.hp1 HG01109.hp1 HG01167.hp2 HG01168.hp2 HG01169.hp1 HG01169.hp2 HG01175.hp2 HG01255.hp2 HG01358.hp1 HG01361.hp1 HG01496.hp1 HG01496.hp2 HG01891.hp1 HG01891.hp2 HG01943.hp2 HG01952.hp2 HG01993.hp1 HG02055.hp2 HG02074.hp2 HG02080.hp2 HG02145.hp2 HG02165.hp1 HG02257.hp1 HG02257.hp2 HG02451.hp2 HG02486.hp2 HG02559.hp1 HG02572.hp1 HG02622.hp1 HG02622.hp2 HG02630.hp1 HG02630.hp2 HG02647.hp1 HG02647.hp2 HG02683.hp1 HG02683.hp2 HG02723.hp1 HG02723.hp2 HG02735.hp2 HG02809.hp1 HG02809.hp2 HG02818.hp1 HG02886.hp1 HG02922.hp1 HG02922.hp2 HG02965.hp1 HG02970.hp1 HG02970.hp2 HG03041.hp1 HG03130.hp1 HG03130.hp2 HG03195.hp2 HG03225.hp1 HG03453.hp1 HG03453.hp2 HG03486.hp2 HG03490.hp1 HG03491.hp2 HG03492.hp1 HG03492.hp2 HG03516.hp1 HG03540.hp2 HG03579.hp2 HG03688.hp2 HG03704.hp1 HG03834.hp1 HG03834.hp2 HG03927.hp1 HG04115.hp1 NA18522.hp1 NA18522.hp2 NA18747.hp1 NA18747.hp2 NA18944.hp1 NA18945.hp1 NA18945.hp2 NA18946.hp1 NA18948.hp1 NA18954.hp1 NA18959.hp1 NA18961.hp2 NA18962.hp1 NA18964.hp2 NA18965.hp1 NA18965.hp2 NA18968.hp2 NA18971.hp2 NA18972.hp1 NA18973.hp2 NA18975.hp2 NA18978.hp2 NA18981.hp1 NA18982.hp1 NA18982.hp2 NA18987.hp2 NA18994.hp2 NA18995.hp2 NA18997.hp2 NA18998.hp1 NA18999.hp1 NA19000.hp2 NA19002.hp2 NA19004.hp2 NA19005.hp2 NA19062.hp1 NA19065.hp2 NA19066.hp2 NA19068.hp1 NA19070.hp2 NA19081.hp1 NA19082.hp1 NA19082.hp2 NA19084.hp1 NA19086.hp1 NA19088.hp1 NA19089.hp2 NA19091.hp1 NA20129.hp1 NA20129.hp2 NA20300.hp1 NA20752.hp2 NA21309.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.435_436dupTA c.435_436dupTA	SP1	ENSG00000185591.10	transcript	ENST00000327443.9	protein_coding	6/6	437	INFO_REALIGN_3_PRIME	chr12	53411654
chr12:53411654	T T	TTATA TTATA	3	a0001c0001t0091 a0001c0002t0018 a0001c0002t0039 a0001c0001t0091 a0001c0002t0018 a0001c0002t0039	5	HG02896.hp1 NA18612.hp1 NA18947.hp1 others(2): Show HG02896.hp1 NA18612.hp1 NA18947.hp1 NA18947.hp2 NA18951.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.433_436dupTATA c.433_436dupTATA	SP1	ENSG00000185591.10	transcript	ENST00000327443.9	protein_coding	6/6	437	INFO_REALIGN_3_PRIME	chr12	53411654
chr12:53412076	T T	C C	1	a0001c0001t0042 a0001c0001t0042	1	HG02145.hp1 HG02145.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.836T>C c.836T>C	SP1	ENSG00000185591.10	transcript	ENST00000327443.9	protein_coding	6/6	836		chr12	53412076
chr12:53412152	G G	T T	1	a0001c0001t0073 a0001c0001t0073	1	NA18981.hp2 NA18981.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.912G>T c.912G>T	SP1	ENSG00000185591.10	transcript	ENST00000327443.9	protein_coding	6/6	912		chr12	53412152
chr12:53412344	C C	T T	2	a0001c0001t0071 a0001c0001t0072 a0001c0001t0071 a0001c0001t0072	2	HG02818.hp2 HG02886.hp2 HG02818.hp2 HG02886.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.1104C>T c.1104C>T	SP1	ENSG00000185591.10	transcript	ENST00000327443.9	protein_coding	6/6	1104		chr12	53412344
chr12:53412350	C C	G G	1	a0001c0001t0026 a0001c0001t0026	2	HG01257.hp2 HG01516.hp1 HG01257.hp2 HG01516.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.1110C>G c.1110C>G	SP1	ENSG00000185591.10	transcript	ENST00000327443.9	protein_coding	6/6	1110		chr12	53412350
chr12:53412453	A A	G G	1	a0001c0001t0070 a0001c0001t0070	1	HG03688.hp1 HG03688.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.1213A>G c.1213A>G	SP1	ENSG00000185591.10	transcript	ENST00000327443.9	protein_coding	6/6	1213		chr12	53412453
chr12:53412871	C C	T T	3	a0001c0001t0013 a0001c0001t0020 a0001c0001t0069 a0001c0001t0013 a0001c0001t0020 a0001c0001t0069	7	HG00280.hp1 HG00639.hp2 HG01192.hp1 others(4): Show HG00280.hp1 HG00639.hp2 HG01192.hp1 HG01243.hp1 HG01934.hp1 HG02055.hp1 NA21309.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.1631C>T c.1631C>T	SP1	ENSG00000185591.10	transcript	ENST00000327443.9	protein_coding	6/6	1631		chr12	53412871
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SP1_chr12_53375176_53421446 Genic Haplotype Structure on iGV

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