Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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chr10:114199192	G G	A A	1	a0008 a0008	1	HG02630.hp2 HG02630.hp2	missense_variant	MODERATE	c.404G>A c.404G>A	p.Arg135His p.Arg135His	TDRD1	ENSG00000095627.10	transcript	ENST00000695399.1	protein_coding	4/25	474/8149	404/3543	135/1180	chr10	114199192
chr10:114203108	A A	G G	1	a0005 a0005	1	HG00735.hp1 HG00735.hp1	missense_variant	MODERATE	c.733A>G c.733A>G	p.Ile245Val p.Ile245Val	TDRD1	ENSG00000095627.10	transcript	ENST00000695399.1	protein_coding	7/25	803/8149	733/3543	245/1180	chr10	114203108
chr10:114204789	C C	T T	1	a0010 a0010	1	NA19063.hp2 NA19063.hp2	missense_variant	MODERATE	c.1193C>T c.1193C>T	p.Ala398Val p.Ala398Val	TDRD1	ENSG00000095627.10	transcript	ENST00000695399.1	protein_coding	10/25	1263/8149	1193/3543	398/1180	chr10	114204789
chr10:114213474	G G	T T	1	a0009 a0009	1	NA19057.hp2 NA19057.hp2	missense_variant	MODERATE	c.1960G>T c.1960G>T	p.Asp654Tyr p.Asp654Tyr	TDRD1	ENSG00000095627.10	transcript	ENST00000695399.1	protein_coding	15/25	2030/8149	1960/3543	654/1180	chr10	114213474
chr10:114227093	G G	A A	1	a0007 a0007	1	HG02145.hp2 HG02145.hp2	missense_variant	MODERATE	c.3197G>A c.3197G>A	p.Ser1066Asn p.Ser1066Asn	TDRD1	ENSG00000095627.10	transcript	ENST00000695399.1	protein_coding	23/25	3267/8149	3197/3543	1066/1180	chr10	114227093
chr10:114227919	A A	G G	1	a0002 a0002	6	HG02258.hp2 HG02280.hp2 HG03225.hp1 others(3): Show HG02258.hp2 HG02280.hp2 HG03225.hp1 HG03540.hp1 NA18522.hp1 NA20129.hp1	missense_variant	MODERATE	c.3413A>G c.3413A>G	p.Tyr1138Cys p.Tyr1138Cys	TDRD1	ENSG00000095627.10	transcript	ENST00000695399.1	protein_coding	24/25	3483/8149	3413/3543	1138/1180	chr10	114227919

chr:pos	ref	alt	# # of chapid	chapids	# # of haplotypeids	haplotypeids	annotation	impact	hgvs_c	hgvs_p	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	cdna cdna pos length	cds cds pos length	aa aa pos length	chr	pos
chr10:114190965	C C	T T	1	a0001c0004 a0001c0004	3	HG01891.hp2 HG03139.hp1 NA18906.hp2 HG01891.hp2 HG03139.hp1 NA18906.hp2	synonymous_variant	LOW	c.330C>T c.330C>T	p.Asn110Asn p.Asn110Asn	TDRD1	ENSG00000095627.10	transcript	ENST00000695399.1	protein_coding	3/25	400/8149	330/3543	110/1180	chr10	114190965
chr10:114190968	A A	G G	2	a0001c0015 a0006c0016 a0001c0015 a0006c0016	2	HG01109.hp1 HG02055.hp2 HG01109.hp1 HG02055.hp2	synonymous_variant	LOW	c.333A>G c.333A>G	p.Ser111Ser p.Ser111Ser	TDRD1	ENSG00000095627.10	transcript	ENST00000695399.1	protein_coding	3/25	403/8149	333/3543	111/1180	chr10	114190968
chr10:114204790	T T	C C	1	a0010c0013 a0010c0013	1	NA19063.hp2 NA19063.hp2	synonymous_variant	LOW	c.1194T>C c.1194T>C	p.Ala398Ala p.Ala398Ala	TDRD1	ENSG00000095627.10	transcript	ENST00000695399.1	protein_coding	10/25	1264/8149	1194/3543	398/1180	chr10	114204790
chr10:114210960	G G	A A	1	a0001c0002 a0001c0002	7	NA18961.hp2 NA18970.hp2 NA18982.hp2 others(4): Show NA18961.hp2 NA18970.hp2 NA18982.hp2 NA18998.hp2 NA19012.hp1 NA19056.hp2 NA19082.hp2	synonymous_variant	LOW	c.1653G>A c.1653G>A	p.Gln551Gln p.Gln551Gln	TDRD1	ENSG00000095627.10	transcript	ENST00000695399.1	protein_coding	13/25	1723/8149	1653/3543	551/1180	chr10	114210960
chr10:114213404	T T	C C	1	a0001c0008 a0001c0008	1	NA20300.hp2 NA20300.hp2	synonymous_variant	LOW	c.1890T>C c.1890T>C	p.Leu630Leu p.Leu630Leu	TDRD1	ENSG00000095627.10	transcript	ENST00000695399.1	protein_coding	15/25	1960/8149	1890/3543	630/1180	chr10	114213404
chr10:114213515	C C	T T	1	a0001c0011 a0001c0011	1	HG03834.hp1 HG03834.hp1	synonymous_variant	LOW	c.2001C>T c.2001C>T	p.Leu667Leu p.Leu667Leu	TDRD1	ENSG00000095627.10	transcript	ENST00000695399.1	protein_coding	15/25	2071/8149	2001/3543	667/1180	chr10	114213515
chr10:114214059	G G	A A	1	a0001c0009 a0001c0009	1	HG01099.hp2 HG01099.hp2	synonymous_variant	LOW	c.2157G>A c.2157G>A	p.Val719Val p.Val719Val	TDRD1	ENSG00000095627.10	transcript	ENST00000695399.1	protein_coding	16/25	2227/8149	2157/3543	719/1180	chr10	114214059

chr:pos	ref	alt	# # of thapid:transcript level	thapids	# # of haplotypeids	haplotypeids	annotation	impact	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	status	chr	pos
chr10:114187830	C C	T T	2	a0001c0004t0080 a0001c0004t0081 a0001c0004t0080 a0001c0004t0081	2	HG03139.hp1 NA18906.hp2 HG03139.hp1 NA18906.hp2	5_prime_UTR_premature_start_codon_gain_variant	LOW	c.-2C>T c.-2C>T	TDRD1	ENSG00000095627.10	transcript	ENST00000695399.1	protein_coding	2/25			chr10	114187830
chr10:114228172	A A	C C	2	a0001c0001t0019 a0001c0001t0079 a0001c0001t0019 a0001c0001t0079	5	HG00099.hp2 HG00642.hp1 HG01106.hp2 others(2): Show HG00099.hp2 HG00642.hp1 HG01106.hp2 HG02148.hp2 HG03490.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.42A>C c.42A>C	TDRD1	ENSG00000095627.10	transcript	ENST00000695399.1	protein_coding	25/25	42		chr10	114228172
chr10:114228223	A A	G G	1	a0001c0001t0078 a0001c0001t0078	1	HG02148.hp1 HG02148.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.93A>G c.93A>G	TDRD1	ENSG00000095627.10	transcript	ENST00000695399.1	protein_coding	25/25	93		chr10	114228223
chr10:114228241	C C	T T	1	a0006c0016t0077 a0006c0016t0077	1	HG01109.hp1 HG01109.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.111C>T c.111C>T	TDRD1	ENSG00000095627.10	transcript	ENST00000695399.1	protein_coding	25/25	111		chr10	114228241
chr10:114228242	G G	A A	1	a0008c0007t0031 a0008c0007t0031	1	HG02630.hp2 HG02630.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.112G>A c.112G>A	TDRD1	ENSG00000095627.10	transcript	ENST00000695399.1	protein_coding	25/25	112		chr10	114228242
chr10:114228320	G G	A A	1	a0001c0015t0032 a0001c0015t0032	1	HG02055.hp2 HG02055.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.190G>A c.190G>A	TDRD1	ENSG00000095627.10	transcript	ENST00000695399.1	protein_coding	25/25	190		chr10	114228320
chr10:114228549	C C	G G	1	a0007c0010t0076 a0007c0010t0076	1	HG02145.hp2 HG02145.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.419C>G c.419C>G	TDRD1	ENSG00000095627.10	transcript	ENST00000695399.1	protein_coding	25/25	419		chr10	114228549
chr10:114228550	A A	G G	2	a0001c0001t0074 a0001c0001t0075 a0001c0001t0074 a0001c0001t0075	2	HG02451.hp2 HG02965.hp2 HG02451.hp2 HG02965.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.420A>G c.420A>G	TDRD1	ENSG00000095627.10	transcript	ENST00000695399.1	protein_coding	25/25	420		chr10	114228550
chr10:114228582	C C	T T	17	a0001c0001t0007 a0001c0001t0011 a0001c0001t0018 others(14): Show a0001c0001t0007 a0001c0001t0011 a0001c0001t0018 a0001c0001t0021 a0001c0001t0030 a0001c0001t0067 a0001c0001t0068 a0001c0001t0069 a0001c0001t0070 a0001c0001t0072 a0001c0001t0073 a0001c0004t0066 a0001c0011t0021 a0002c0003t0013 a0002c0003t0071 a0003c0006t0011 a0008c0007t0031	38	HG00280.hp2 HG00323.hp2 HG00642.hp2 others(35): Show HG00280.hp2 HG00323.hp2 HG00642.hp2 HG00738.hp1 HG01099.hp1 HG01123.hp1 HG01243.hp1 HG01256.hp2 HG01258.hp1 HG01346.hp1 HG01891.hp2 HG02258.hp2 HG02280.hp2 HG02451.hp1 HG02486.hp2 HG02572.hp2 HG02622.hp2 HG02630.hp2 HG02698.hp2 HG02818.hp2 HG02922.hp1 HG03041.hp2 HG03130.hp1 HG03139.hp2 HG03225.hp1 HG03453.hp2 HG03471.hp1 HG03540.hp1 HG03704.hp1 HG03704.hp2 HG03834.hp1 NA18522.hp1 NA18941.hp1 NA18967.hp2 NA19240.hp2 NA20129.hp1 NA20752.hp1 NA20805.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.452C>T c.452C>T	TDRD1	ENSG00000095627.10	transcript	ENST00000695399.1	protein_coding	25/25	452		chr10	114228582
chr10:114228658	A A	G G	6	a0001c0001t0005 a0001c0001t0012 a0001c0001t0062 others(3): Show a0001c0001t0005 a0001c0001t0012 a0001c0001t0062 a0001c0001t0063 a0001c0001t0064 a0001c0001t0065	23	HG00733.hp1 HG01074.hp2 HG01106.hp1 others(20): Show HG00733.hp1 HG01074.hp2 HG01106.hp1 HG01175.hp1 HG01361.hp2 HG01928.hp1 HG02004.hp1 HG02135.hp1 HG02293.hp1 HG04184.hp2 NA18945.hp2 NA18956.hp2 NA18959.hp1 NA18961.hp1 NA18970.hp1 NA18973.hp1 NA18992.hp1 NA19000.hp2 NA19007.hp2 NA19056.hp1 NA19089.hp1 NA19090.hp1 NA20805.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.528A>G c.528A>G	TDRD1	ENSG00000095627.10	transcript	ENST00000695399.1	protein_coding	25/25	528		chr10	114228658
chr10:114228778	G G	A A	8	a0001c0001t0007 a0001c0001t0021 a0001c0001t0030 others(5): Show a0001c0001t0007 a0001c0001t0021 a0001c0001t0030 a0001c0001t0067 a0001c0001t0068 a0001c0001t0069 a0001c0004t0066 a0001c0011t0021	18	HG00323.hp2 HG00642.hp2 HG01099.hp1 others(15): Show HG00323.hp2 HG00642.hp2 HG01099.hp1 HG01243.hp1 HG01256.hp2 HG01258.hp1 HG01891.hp2 HG02451.hp1 HG02698.hp2 HG02922.hp1 HG03139.hp2 HG03704.hp1 HG03834.hp1 NA18941.hp1 NA18967.hp2 NA19240.hp2 NA20752.hp1 NA20805.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.648G>A c.648G>A	TDRD1	ENSG00000095627.10	transcript	ENST00000695399.1	protein_coding	25/25	648		chr10	114228778
chr10:114228784	A A	G G	1	a0001c0001t0061 a0001c0001t0061	1	NA18951.hp1 NA18951.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.654A>G c.654A>G	TDRD1	ENSG00000095627.10	transcript	ENST00000695399.1	protein_coding	25/25	654		chr10	114228784
chr10:114228832	C C	T T	1	a0001c0015t0032 a0001c0015t0032	1	HG02055.hp2 HG02055.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.702C>T c.702C>T	TDRD1	ENSG00000095627.10	transcript	ENST00000695399.1	protein_coding	25/25	702		chr10	114228832
chr10:114228852	G G	T T	1	a0001c0001t0075 a0001c0001t0075	1	HG02965.hp2 HG02965.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.722G>T c.722G>T	TDRD1	ENSG00000095627.10	transcript	ENST00000695399.1	protein_coding	25/25	722		chr10	114228852
chr10:114228868	G G	C C	1	a0001c0001t0075 a0001c0001t0075	1	HG02965.hp2 HG02965.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.738G>C c.738G>C	TDRD1	ENSG00000095627.10	transcript	ENST00000695399.1	protein_coding	25/25	738		chr10	114228868
chr10:114228889	G G	T T	1	a0001c0001t0075 a0001c0001t0075	1	HG02965.hp2 HG02965.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.759G>T c.759G>T	TDRD1	ENSG00000095627.10	transcript	ENST00000695399.1	protein_coding	25/25	759		chr10	114228889
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chr10:114228940	G G	C C	1	a0001c0001t0075 a0001c0001t0075	1	HG02965.hp2 HG02965.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.810G>C c.810G>C	TDRD1	ENSG00000095627.10	transcript	ENST00000695399.1	protein_coding	25/25	810		chr10	114228940
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chr10:114227814	C C	T T	2	a0001c0001t0019g0182 a0001c0001t0019g0227 a0001c0001t0019g0182 a0001c0001t0019g0227	2	HG00099.hp2 HG01106.hp2 HG00099.hp2 HG01106.hp2	intron_variant	MODIFIER	c.3404-96C>T c.3404-96C>T	TDRD1	ENSG00000095627.10	transcript	ENST00000695399.1	protein_coding	23/24		chr10	114227814
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TDRD1_chr10_114174353_114237666 Genic Haplotype Structure on iGV

Translation Multiple Alignment View

Gene Summary (with MANE)

Amino acid(protein) Level Haplotype Info (Total: 10)

Coding Level Haplotype Info (Total: 16)

Transcript Level Haplotype Info (Total: 91)

Genebody Level Haplotype Info (Total: 293)

Haplotype Details by Sample (Haploid Level) (Total: 304)

Amino acid(protein) Level Haplotype Related Variants (Effect to Protein Coding Variants) (Total: 9)

Coding Level Variants (On coding region but no effect to protein coding variants: Synonymous Mutations) (Total: 7)

Transcript Level Haplotype Variants (Exon) (Total: 90)

Genebody Level Haplotype Variants (Intron) (Total: 468)

Annotation (Repeats)

Annotation (SNP Array)