Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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chr16:24790147	C C	G G	2	a0004 a0016 a0004 a0016	7	HG00642.hp2 HG01168.hp1 HG01169.hp2 others(4): Show HG00642.hp2 HG01168.hp1 HG01169.hp2 HG04204.hp1 NA18942.hp2 NA19086.hp1 NA19090.hp2	missense_variant	MODERATE	c.1505C>G c.1505C>G	p.Thr502Ser p.Thr502Ser	TNRC6A	ENSG00000090905.19	transcript	ENST00000395799.8	protein_coding	6/25	1696/8491	1505/5889	502/1962		chr16	24790147
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chr16:24791004	C C	T T	2	a0002 a0003 a0002 a0003	48	HG00735.hp1 HG01074.hp1 HG01106.hp1 others(45): Show HG00735.hp1 HG01074.hp1 HG01106.hp1 HG01167.hp1 HG01167.hp2 HG01169.hp1 HG01255.hp1 HG01884.hp2 HG01928.hp2 HG01975.hp2 HG01978.hp1 HG02027.hp2 HG02109.hp2 HG02280.hp1 HG02293.hp2 HG02486.hp2 HG02615.hp1 HG02622.hp1 HG02630.hp1 HG02698.hp1 HG02809.hp1 HG02818.hp1 HG03098.hp1 HG03139.hp2 HG03453.hp2 HG03490.hp1 HG03654.hp2 HG03704.hp1 HG03710.hp1 HG03927.hp1 HG03942.hp1 HG06807.hp2 NA18522.hp1 NA18943.hp1 NA18948.hp1 NA18949.hp1 NA18950.hp1 NA18969.hp2 NA18970.hp1 NA18973.hp2 NA18979.hp1 NA18988.hp1 NA18989.hp1 NA19006.hp1 NA19060.hp1 NA19070.hp2 NA20300.hp2 NA21309.hp2	missense_variant	MODERATE	c.2362C>T c.2362C>T	p.Pro788Ser p.Pro788Ser	TNRC6A	ENSG00000090905.19	transcript	ENST00000395799.8	protein_coding	6/25	2553/8491	2362/5889	788/1962		chr16	24791004
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chr16:24791045	G G	A A	1	a0001c0010 a0001c0010	3	HG02055.hp2 HG03540.hp1 NA20300.hp1 HG02055.hp2 HG03540.hp1 NA20300.hp1	synonymous_variant	LOW	c.2403G>A c.2403G>A	p.Gln801Gln p.Gln801Gln	TNRC6A	ENSG00000090905.19	transcript	ENST00000395799.8	protein_coding	6/25	2594/8491	2403/5889	801/1962	chr16	24791045
chr16:24791138	G G	A A	1	a0001c0018 a0001c0018	1	NA18948.hp2 NA18948.hp2	synonymous_variant	LOW	c.2496G>A c.2496G>A	p.Ser832Ser p.Ser832Ser	TNRC6A	ENSG00000090905.19	transcript	ENST00000395799.8	protein_coding	6/25	2687/8491	2496/5889	832/1962	chr16	24791138
chr16:24791483	C C	T T	1	a0012c0020 a0012c0020	1	HG02280.hp2 HG02280.hp2	synonymous_variant	LOW	c.2841C>T c.2841C>T	p.Asn947Asn p.Asn947Asn	TNRC6A	ENSG00000090905.19	transcript	ENST00000395799.8	protein_coding	6/25	3032/8491	2841/5889	947/1962	chr16	24791483
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TNRC6A_chr16_24724651_24831218 Genic Haplotype Structure on iGV

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Gene Summary (with MANE)

Amino acid(protein) Level Haplotype Info (Total: 20)

Coding Level Haplotype Info (Total: 34)

Transcript Level Haplotype Info (Total: 139)

Genebody Level Haplotype Info (Total: 352)

Haplotype Details by Sample (Haploid Level) (Total: 352)

Amino acid(protein) Level Haplotype Related Variants (Effect to Protein Coding Variants) (Total: 24)

Coding Level Variants (On coding region but no effect to protein coding variants: Synonymous Mutations) (Total: 11)

Transcript Level Haplotype Variants (Exon) (Total: 49)

Genebody Level Haplotype Variants (Intron) (Total: 930)

Annotation (Repeats)

Annotation (SNP Array)